| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-29页 |
| ·离子通道概述 | 第16-23页 |
| ·离子通道与膜电位 | 第16-18页 |
| ·离子通道的结构与分类 | 第18-22页 |
| ·离子通道的基因突变与疾病 | 第22-23页 |
| ·离子通道的主要特性与研究进展 | 第23-27页 |
| ·离子选择性导通机制研究进展 | 第23-26页 |
| ·C 型失活机制研究进展 | 第26-27页 |
| ·本文主要研究内容 | 第27-29页 |
| 第二章 理论与研究方法 | 第29-44页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第29-37页 |
| ·初始原子速度设定 | 第29-30页 |
| ·分子力场与势函数 | 第30-31页 |
| ·Newton 运动方程及其数值解法 | 第31-33页 |
| ·时间步长的选取 | 第33-34页 |
| ·非键相互作用计算 | 第34-36页 |
| ·拉伸分子动力学 | 第36-37页 |
| ·系综及系综调节 | 第37-41页 |
| ·系综概述 | 第37-38页 |
| ·温度控制 | 第38-40页 |
| ·压强控制 | 第40-41页 |
| ·建模流程及常用软件 | 第41-43页 |
| ·从晶体结构到计算模型 | 第42-43页 |
| ·序列比对及同源建模 | 第43页 |
| ·NAMD 程序包 | 第43-44页 |
| 第三章 NaK 通道过滤器的结构、稳定性及其离子绑定特性 | 第44-59页 |
| 摘要 | 第44页 |
| ·研究背景 | 第44-45页 |
| ·建模及计算方法 | 第45-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-58页 |
| ·过滤器的结构特征 | 第48-49页 |
| ·钙离子堵塞对通道特性的影响 | 第49-57页 |
| ·无钙离子堵塞时过滤器的稳定性及离子绑定特性 | 第57-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 水合阀调控的非选择性离子导通机制 | 第59-73页 |
| 摘要 | 第59页 |
| ·研究背景 | 第59-61页 |
| ·建模与计算方法 | 第61-63页 |
| ·结果与讨论 | 第63-71页 |
| ·水合阀及其中水分子的动态特性 | 第63-66页 |
| ·钾、钠离子的导通特性 | 第66-69页 |
| ·钾、钠离子的导通自由能 | 第69-71页 |
| ·本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 闭式钠钾通道中侧通道的结构与功能 | 第73-82页 |
| 摘要 | 第73页 |
| ·研究背景 | 第73-74页 |
| ·建模与计算方法 | 第74-75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-80页 |
| ·侧通道的结构与润湿特性 | 第75-77页 |
| ·侧通道和中央孔道中离子导通特性与能垒 | 第77-79页 |
| ·离子通道中激活门的位置和作用 | 第79-80页 |
| ·本章小结 | 第80-82页 |
| 第六章 激活门与 C 型失活门的门控耦合 | 第82-91页 |
| 摘要 | 第82页 |
| ·研究背景 | 第82-84页 |
| ·建模与计算方法 | 第84-85页 |
| ·巨正则蒙特卡洛模拟方法(GCMC) | 第84页 |
| ·建模与分子动力学模拟设置 | 第84-85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-90页 |
| ·容水孔腔中受限水分子的构型 | 第85页 |
| ·通道激活对过滤器结构的影响 | 第85-87页 |
| ·通道激活门与 C 型失活门残基间的相互作用 | 第87-88页 |
| ·NaK 开式构型中过滤器的自发堵塞 | 第88-89页 |
| ·前庭–容水孔腔复合结构中水分子的作用 | 第89-90页 |
| ·本章小结 | 第90-91页 |
| 第七章 NaK 通道变异体的离子绑定与动力学特性 | 第91-102页 |
| 摘要 | 第91页 |
| ·研究背景 | 第91-93页 |
| ·建模与计算方法 | 第93-94页 |
| ·结果与讨论 | 第94-101页 |
| ·NaK2K 通道过滤器中离子的稳定构型和转换能垒 | 第94-97页 |
| ·NaK2K 通道过滤器结构的动态特性 | 第97-98页 |
| ·NaK2K 通道过滤器周围的关键氢键相互作用 | 第98-101页 |
| ·本章小结 | 第101-102页 |
| 第八章 总结与展望 | 第102-106页 |
| ·全文内容及创新点总结 | 第102-104页 |
| ·工作展望 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第127-129页 |
| 附录 | 第129页 |