| 中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-21页 |
| ·基于 CRE 扫描的转录调控研究 | 第14-16页 |
| ·基于 CHIP-Seq 的转录调控研究 | 第16-17页 |
| ·基于 RNA-Seq 的转录调控研究 | 第17-19页 |
| ·棉花基因组转录调控研究进展 | 第19-20页 |
| ·研究的目的与意义 | 第20-21页 |
| 第二章 CRE 在拟南芥和雷蒙德氏棉基因组的分布 | 第21-35页 |
| ·数据来源与研究方法 | 第22-24页 |
| ·基因组序列数据来源 | 第22页 |
| ·研究方法 | 第22-24页 |
| ·结果与分析 | 第24-32页 |
| ·基因数量的对比 | 第24页 |
| ·启动子中不同位点碱基含量 | 第24-25页 |
| ·CRE 在染色体上的分布 | 第25-26页 |
| ·CRE 在启动子中的分布 | 第26-32页 |
| ·讨论 | 第32-34页 |
| ·CRE 在雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中的保守性 | 第32-33页 |
| ·雷蒙德氏棉和拟南芥顺式作用元件在启动子中的位置差异 | 第33页 |
| ·重要 CRE 在启动子中的相对位置关系 | 第33-34页 |
| ·总结 | 第34-35页 |
| 第三章 雷蒙德氏棉基因表达相关性分析 | 第35-73页 |
| ·实验材料 | 第36页 |
| ·实验方法 | 第36-40页 |
| ·数据的解压 | 第36页 |
| ·数据的质量检测和数据清洗 | 第36-37页 |
| ·数据读段定位到基因组 | 第37页 |
| ·计算每个基因的 RPKM | 第37-38页 |
| ·序列相似基因对的剔除 | 第38页 |
| ·提取特定条件的 RPKM 序列，计算基因表达相关系数 | 第38-40页 |
| ·多基因相关网络与基因功能分析 | 第40页 |
| ·结果分析 | 第40-70页 |
| ·基因表达相关性网络分析 | 第40-54页 |
| ·基因表达相关与转录调控 | 第54-61页 |
| ·差异表达基因 | 第61-70页 |
| ·讨论 | 第70-72页 |
| ·基因表达相关与基因功能相关的关系 | 第70-71页 |
| ·基因表达相关与转录调控的关系 | 第71-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 第四章 全文结论 | 第73-75页 |
| 结论 | 第73-74页 |
| 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-85页 |
| 附录 | 第85-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 作者简历 | 第90页 |
