| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-68页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第13-67页 |
| ·基因组学(Genomics) | 第13-15页 |
| ·蛋白质组学(Proteomics) | 第15-23页 |
| ·生物信息学 | 第23-28页 |
| ·基因组学中的生物信息学 | 第23-26页 |
| ·蛋白组学中的生物信息学 | 第26-28页 |
| ·海洋石油污染的生物修复(Bioremediation) | 第28-32页 |
| ·烷烃降解菌的分布 | 第32-35页 |
| ·微生物烷烃降解途径的机理和研究进展 | 第35-55页 |
| ·烷烃的需氧降解途径 | 第36-51页 |
| ·烷烃的厌氧降解途径 | 第51-55页 |
| ·Pusillimonas属及Pusillimonas sp.T7-7的研究意义及背景 | 第55-67页 |
| 第二节 立题依据、研究内容及创新性 | 第67-68页 |
| ·立题依据 | 第67页 |
| ·研究内容 | 第67页 |
| ·本项工作的创新性 | 第67-68页 |
| 第二章 材料与方法 | 第68-98页 |
| 第一节 实验材料 | 第68-80页 |
| ·菌株 | 第68-70页 |
| ·质粒 | 第70-73页 |
| ·引物 | 第73-76页 |
| ·主要酶与试剂 | 第76页 |
| ·主要培养基与与试剂的配制方法 | 第76-79页 |
| ·软件、程序以及数据库 | 第79-80页 |
| 第二节 实验方法 | 第80-98页 |
| ·菌株T7-7基因组DNA的提取 | 第80-81页 |
| ·T7-7基因组的破译 | 第81-83页 |
| ·T7-7基因组序列的获得 | 第81-82页 |
| ·T7-7基因组序列的注释 | 第82-83页 |
| ·T7-7蛋白组学数据的获得 | 第83-87页 |
| ·T7-7全细胞蛋白样品的制备 | 第83-84页 |
| ·二维电泳之等电聚焦 | 第84-85页 |
| ·二维电泳之SDS—PAGE | 第85-86页 |
| ·图像分析 | 第86页 |
| ·蛋白的胶内酶解和质谱鉴定 | 第86-87页 |
| ·T7-7中特定基因的转录情况的监测 | 第87-88页 |
| ·RNA的提取 | 第87页 |
| ·荧光定量PCR | 第87-88页 |
| ·T7-7中烷烃氧化基因功能鉴定 | 第88-98页 |
| ·pCom8与pET28a质粒的碱裂法提取 | 第88-89页 |
| ·目的基因片段的获得 | 第89-90页 |
| ·重组质粒的构建 | 第90-92页 |
| ·体内互补实验验证基因功能 | 第92页 |
| ·体外表达纯化目的基因 | 第92-95页 |
| ·烷烃单加氧酶基因的体外酶活测定 | 第95-97页 |
| ·单加氧酶大小亚基之间的体内相互作用 | 第97-98页 |
| 第三章 结果与分析 | 第98-165页 |
| 第一节 T7-7基因组的破译 | 第98-105页 |
| 第二节 T7-7蛋白组学研究的结果 | 第105-130页 |
| ·T7-7在不同碳源中的生长曲线 | 第105-106页 |
| ·T7-7在不同碳源中的蛋白组学分析 | 第106-128页 |
| ·T7-7与烷烃降解相关的蛋白组数据 | 第128-130页 |
| 第三节 T7-7中特定基因的转录水平研究结果 | 第130-133页 |
| 第四节 T7-7中单加氧酶基因的体内互补与过表达方法鉴定 | 第133-136页 |
| ·T7-7中单加氧酶基因的异源体内互补鉴定 | 第133-135页 |
| ·T7-7中单加氧酶基因的本体过表达方法鉴定 | 第135-136页 |
| 第五节 Rieske单加氧酶基因的序列分析 | 第136-151页 |
| ·Rieske单加氧酶基因的蛋白序列比对 | 第136-140页 |
| ·Rieske单加氧酶基因的结构预测 | 第140-141页 |
| ·Rieske单加氧酶基因的分类 | 第141-151页 |
| 第六节 Rieske单加氧酶基因的体外表达 | 第151-165页 |
| ·重组质粒的构建 | 第151页 |
| ·重组蛋白的诱导表达及纯化 | 第151-154页 |
| ·重组蛋白的体外活性鉴定 | 第154-165页 |
| 第四章 讨论 | 第165-167页 |
| 第五章 结论与展望 | 第167-169页 |
| 第一节 结论 | 第167-168页 |
| 第二节 展望 | 第168-169页 |
| 参考文献 | 第169-186页 |
| 致谢 | 第186-187页 |
| 作者简介及科研成果 | 第187-188页 |
