| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 表格索引 | 第13-14页 |
| 插图索引 | 第14-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-26页 |
| ·研究背景及意义 | 第16-17页 |
| ·大规模计算技术的现状和发展趋势 | 第17-20页 |
| ·本文研究内容 | 第20-23页 |
| ·全局数据表示模型 | 第20页 |
| ·高效算法和尽快求解算法模式设计 | 第20-21页 |
| ·并行化尽快求解算法 | 第21页 |
| ·三个应用问题研究 | 第21-23页 |
| ·论文组织 | 第23-26页 |
| 第二章 生物序列及应用问题介绍 | 第26-38页 |
| ·生物序列概念 | 第26-31页 |
| ·DNA序列 | 第26-27页 |
| ·蛋白质序列 | 第27-29页 |
| ·其他序列 | 第29-31页 |
| ·应用问题1：单体型及分型 | 第31-33页 |
| ·应用问题2：生物序列的模体 | 第33-35页 |
| ·应用问题3：最长公共子序列 | 第35-36页 |
| ·本章小结 | 第36-38页 |
| 第三章 单体分型问题 | 第38-62页 |
| ·问题定义 | 第38-39页 |
| ·相关工作 | 第39-41页 |
| ·单体分型的网络流图模型 | 第41-48页 |
| ·网络流模型 | 第42-43页 |
| ·单体分型到网络流的转化 | 第43-45页 |
| ·基于网络流模型的推导规则分析 | 第45-48页 |
| ·基于网络流图的分型算法：FNphasing | 第48-57页 |
| ·FNphasing算法框架 | 第48-49页 |
| ·FNphasing算法初始化 | 第49-50页 |
| ·路径片段选择 | 第50-52页 |
| ·重组位点检测 | 第52-55页 |
| ·复杂性分析 | 第55-57页 |
| ·实验结果与分析 | 第57-60页 |
| ·准确性度量标准 | 第57-58页 |
| ·三种数据集上的结果 | 第58-60页 |
| ·本章小结 | 第60-62页 |
| 第四章 模体发现问题 | 第62-74页 |
| ·问题定义 | 第62页 |
| ·相关工作 | 第62-64页 |
| ·模体发现精确算法：CVoting | 第64-69页 |
| ·CVoting算法 | 第64-65页 |
| ·分支限界策略 | 第65-67页 |
| ·复杂性分析 | 第67-69页 |
| ·实验结果与分析 | 第69-72页 |
| ·本章小结 | 第72-74页 |
| 第五章 最长公共子序列问题 | 第74-112页 |
| ·问题定义 | 第74-75页 |
| ·相关工作 | 第75-79页 |
| ·精确算法 | 第75-77页 |
| ·近似算法 | 第77页 |
| ·并行算法 | 第77-78页 |
| ·anytime搜索算法 | 第78-79页 |
| ·空间有效搜索算法 | 第79页 |
| ·最长公共子序列搜索图 | 第79-81页 |
| ·最长公共子序列anytime算法：Pro-MLCS | 第81-90页 |
| ·Pro-MLCS算法框架 | 第82页 |
| ·支配点计算与优先级队列维护 | 第82-87页 |
| ·剪枝策略 | 第87-89页 |
| ·复杂性分析 | 第89-90页 |
| ·最长公共子序列空间受限anytime算法：SLA-MLCS | 第90-97页 |
| ·空间增长缓慢的anytime算法：SA-MLCS | 第91-94页 |
| ·基于SA-MLCS的空间受限算法：SLA-MLCS | 第94-95页 |
| ·复杂度分析 | 第95-97页 |
| ·基于分布式集群的并行算法：DSDPro-MLCS | 第97-100页 |
| ·分布式存储的并行算法：DPro-MLCS | 第97-98页 |
| ·分布式-共享分层存储环境下的并行算法：DSDPro-MLCS | 第98-99页 |
| ·复杂性分析 | 第99-100页 |
| ·实验结果与分析 | 第100-110页 |
| ·Pro-MLCS实验结果与分析 | 第100-102页 |
| ·SA-MLCS与SLA-MLCS实验结果与分析 | 第102-108页 |
| ·DPro-MLCS与DSDPro-MLCS实验结果与分析 | 第108-110页 |
| ·本章小结 | 第110-112页 |
| 第六章 总结 | 第112-116页 |
| ·本文工作 | 第112-113页 |
| ·本文贡献与创新之处 | 第113-115页 |
| ·进一步的工作 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-124页 |
| 致谢 | 第124-126页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第126页 |
