| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 前言 | 第10-26页 |
| ·链霉菌 | 第10-13页 |
| ·链霉菌简介 | 第10-12页 |
| ·链霉菌生产的丰富的次级代谢产物产物及其作用 | 第12-13页 |
| ·抗生素生物合成基因簇克隆策略 | 第13-15页 |
| ·互补克隆 | 第13-14页 |
| ·抗性基因克隆 | 第14页 |
| ·直接克隆 | 第14页 |
| ·人工合成寡核苷酸作为探针的方法 | 第14页 |
| ·利用同源性较高的异源DNA作为探针的杂交法 | 第14页 |
| ·利用PCR的方法 | 第14页 |
| ·基因组扫描(Genome scanning) | 第14-15页 |
| ·基因组挖掘(Genome mining) | 第15页 |
| ·“不可培养微生物(Uncultured microorganisms)”的培养与宏基因组学 | 第15页 |
| ·测序技术及应用 | 第15-23页 |
| ·测序技术 | 第15-21页 |
| ·应用 | 第21-23页 |
| ·bagremycin | 第23-25页 |
| ·bagremycin简介 | 第23页 |
| ·bagremycin的结构 | 第23-24页 |
| ·bagremycin的生物学活性 | 第24页 |
| ·bagremycin生物合成途径的推测 | 第24-25页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第25-26页 |
| 第2章 材料和方法 | 第26-41页 |
| ·实验材料 | 第26-32页 |
| ·菌株 | 第26页 |
| ·质粒 | 第26-27页 |
| ·培养基 | 第27页 |
| ·试剂和缓冲液 | 第27-30页 |
| ·引物 | 第30-32页 |
| ·实验仪器和设备 | 第32页 |
| ·实验方法 | 第32-41页 |
| ·菌株培养和保藏 | 第32页 |
| ·大肠杆菌质粒DNA的提取 | 第32-33页 |
| ·链霉菌原生质体的制备 | 第33-34页 |
| ·链霉菌基因组DNA的提取 | 第34页 |
| ·链霉菌总RNA的提取 | 第34-35页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第35页 |
| ·大肠杆菌CaCl_2法转化质粒 | 第35页 |
| ·大肠杆菌-链霉菌属间接合转移 | 第35页 |
| ·DNA片段的回收(GenClean柱式琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒,捷瑞) | 第35-36页 |
| ·DNA的纯化 | 第36页 |
| ·载体的去磷酸化 | 第36页 |
| ·高效-热不对称交错聚合酶链式反应(HE-TAIL PCR) | 第36-37页 |
| ·逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR) | 第37页 |
| ·DNA琼脂糖凝胶电泳 | 第37页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第37-38页 |
| ·重组BagA'蛋白和BagA蛋白的酶活测定 | 第38页 |
| ·Southern blot杂交(DIG DNA Labeling and Detection Kit,Roche) | 第38-39页 |
| ·链霉菌的发酵及次级代谢产物的分离提取 | 第39页 |
| ·高压液相色谱(HPLC)分析 | 第39页 |
| ·全基因组测序 | 第39页 |
| ·生物信息学分析 | 第39-41页 |
| 第3章 大肠杆菌-Streptomyces sp.Tu 4128属间接合转移系统的建立 | 第41-48页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-47页 |
| ·大肠杆菌-链霉菌属间接合转移影响因素的优化 | 第42-44页 |
| ·接合转移子的鉴定 | 第44-45页 |
| ·attB位点的克隆和分析 | 第45-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第4章 bagremycin生物合成基因bagB和bagC的克隆和体内功能研究 | 第48-67页 |
| ·引言 | 第48页 |
| ·结果和讨论 | 第48-65页 |
| ·bagremycin生物合成途径的推测 | 第48-50页 |
| ·bagB基因的克隆、测序和序列分析 | 第50-53页 |
| ·bagC基因的克隆、测序和序列分析 | 第53-57页 |
| ·bagB和bagC基因的RT-PCR分析 | 第57-58页 |
| ·bagB和bagC基因的敲除 | 第58-63页 |
| ·bagB和bagC基因突变株的代谢产物分析 | 第63-65页 |
| ·小结 | 第65-67页 |
| 第5章 bagremycin生物合成基因bagA的克隆、体外和体内功能研究 | 第67-82页 |
| ·引言 | 第67页 |
| ·结果和讨论 | 第67-80页 |
| ·bagremycin生物合成途径的推测 | 第67-68页 |
| ·bagA’基因的克隆、测序、体外表达和测活 | 第68-71页 |
| ·bagA基因的克隆、测序和序列分析 | 第71-73页 |
| ·bagA基因在大肠杆菌系统中的体外表达和测活 | 第73-77页 |
| ·bagA基因的敲除 | 第77-79页 |
| ·bagA基因中断突变株和p-香豆酸回补的代谢产物分析 | 第79-80页 |
| ·小结 | 第80-82页 |
| 第6章 Streptomyces sp.Tu 4128全基因组扫描以及bagremycin生物合成相关基因的生物信息学分析 | 第82-97页 |
| ·引言 | 第82页 |
| ·结果和讨论 | 第82-95页 |
| ·Streptomyces sp.Tu 4128全基因组扫描的数据组装分析 | 第82-83页 |
| ·基因组的基本特征 | 第83页 |
| ·染色体基因的功能分类 | 第83-85页 |
| ·次级代谢生物合成基因簇预测 | 第85-91页 |
| ·bagremycin生物合成基因簇的生物信息学分析 | 第91-95页 |
| ·小结 | 第95-97页 |
| 第7章 结论与展望 | 第97-99页 |
| ·结论 | 第97-98页 |
| ·创新点 | 第98页 |
| ·展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第112页 |
