| 作者简介 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| ·研究背景 | 第11-12页 |
| ·研究进展 | 第12-17页 |
| ·生物网络及其拓扑结构分析 | 第13-14页 |
| ·生物网络与复杂疾病 | 第14-15页 |
| ·生物网络与基因功能 | 第15-16页 |
| ·基因功能失调与复杂疾病 | 第16-17页 |
| ·课题研究内容及意义 | 第17-18页 |
| ·论文组织结构 | 第18-21页 |
| 第二章 基于混合网络模型的疾病基因预测算法 | 第21-37页 |
| ·引言 | 第21-23页 |
| ·疾病基因预测方法的原理概述 | 第23-24页 |
| ·混合网络构建 | 第24-26页 |
| ·疾病相似性网络的构建 | 第24-25页 |
| ·蛋白质相互作用网络的构建 | 第25页 |
| ·疾病与基因关联网络的构建 | 第25-26页 |
| ·疾病基因预测算法的设计与实现 | 第26-28页 |
| ·算法设计 | 第26-27页 |
| ·参数调试及算法实现 | 第27-28页 |
| ·算法的分析与评价 | 第28-32页 |
| ·交叉验证实验及测试数据集的构建 | 第28-29页 |
| ·在不同参照集上的性能比较及鲁棒性分析 | 第29-30页 |
| ·与 PRINCE 方法的比较 | 第30-32页 |
| ·疾病基因预测结果的案例分析 | 第32-35页 |
| ·乳腺癌案例分析 | 第32-34页 |
| ·阿尔茨海默病案例分析 | 第34页 |
| ·二型糖尿病案例分析 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-37页 |
| 第三章 长非编码 RNA 的特征分析 | 第37-49页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·长非编码RNA鉴定及数据库 | 第38-40页 |
| ·长非编码RNA发掘 | 第38-39页 |
| ·长非编码RNA编码能力预测 | 第39页 |
| ·长非编码RNA数据库 | 第39-40页 |
| ·长非编码RNA的生物特征分析 | 第40-45页 |
| ·ORF长度 | 第40页 |
| ·密码子偏好性 | 第40-41页 |
| ·密码子替换频率 | 第41页 |
| ·序列保守性 | 第41-42页 |
| ·二级结构特征 | 第42-45页 |
| ·长非编码RNA功能特异性分析 | 第45页 |
| ·本章小结 | 第45-49页 |
| 第四章 基于双色网络模型的长非编码 RNA 功能预测算法 | 第49-73页 |
| ·引言 | 第49-51页 |
| ·lnc-GFP的原理概述 | 第51-52页 |
| ·双色网络构建 | 第52-54页 |
| ·全局传播算法设计与实现 | 第54-59页 |
| ·分类函数的定义及其迭代计算 | 第54-55页 |
| ·局部功能富集的计算 | 第55-56页 |
| ·参数设置 | 第56-58页 |
| ·算法的实现 | 第58-59页 |
| ·算法评价 | 第59-63页 |
| ·交叉验证实验 | 第59-60页 |
| ·网络构建的验证 | 第60页 |
| ·算法的性能分析 | 第60-63页 |
| ·实验数据及长非编码RNA的功能预测结果 | 第63-66页 |
| ·数据集 | 第63页 |
| ·长非编码RNA的功能预测结果 | 第63-66页 |
| ·长非编码RNA功能预测结果验证 | 第66-70页 |
| ·与其它预测结果的比较 | 第66-68页 |
| ·与KEGG pathway富集性的比较分析 | 第68-69页 |
| ·文献验证及案例分析 | 第69-70页 |
| ·人的同源长非编码RNA的功能验证 | 第70页 |
| ·本章小结 | 第70-73页 |
| 第五章 长非编码 RNA 功能注释软件 ncFANs | 第73-85页 |
| ·引言 | 第73-74页 |
| ·ncFANs 2.0 功能注释平台的框架设计 | 第74-75页 |
| ·全局功能预测模块的设计与实现 | 第75-78页 |
| ·lnc-GFP的处理流程 | 第75-76页 |
| ·数据预处理 | 第76-77页 |
| ·数据索引及双色网络的构建 | 第77-78页 |
| ·全局功能预测模块在ncFANs 2.0 中的集成 | 第78-83页 |
| ·全局功能预测模块的数据结构设计与实现 | 第78-79页 |
| ·输入接口的设计与实现 | 第79-80页 |
| ·输出接口的设计与实现 | 第80页 |
| ·软件测试与分析 | 第80-83页 |
| ·小结 | 第83-85页 |
| 第六章 总结与展望 | 第85-89页 |
| ·论文工作总结 | 第85-87页 |
| ·下一步的研究工作 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-105页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第105-107页 |
| 学术论文 | 第105页 |
| 参加研究的科研项目 | 第105-107页 |
| 附录 A | 第107-111页 |
| 附录 B | 第111-118页 |
