| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第7-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-35页 |
| ·鸡肤色性状研究进展 | 第11-12页 |
| ·肤色性状在育种中的应用 | 第11页 |
| ·肤色的孟德尔遗传研究 | 第11-12页 |
| ·乌骨鸡的黑色素过度沉积性状 | 第12-15页 |
| ·乌骨鸡的种类 | 第12页 |
| ·乌骨鸡的经济价值 | 第12-13页 |
| ·乌骨鸡的黑色素过度沉积 | 第13-15页 |
| ·黑色素研究进展 | 第15-20页 |
| ·成黑色素细胞的产生 | 第15-16页 |
| ·成黑色素细胞的迁移 | 第16-18页 |
| ·黑色素的合成及运输 | 第18-20页 |
| ·黑色素的特性和功能 | 第20页 |
| ·分子遗传标记的发展 | 第20-21页 |
| ·全基因组SNP关联性研究(genome-wide association studies,GWAS) | 第21-22页 |
| ·SNP基因分型技术 | 第22-28页 |
| ·焦磷酸测序法(Pyro-sequencing) | 第23-24页 |
| ·飞行时间质谱检测法(Sequenom) | 第24-25页 |
| ·目标区域捕获技术的应用 | 第25-27页 |
| ·基因芯片法 | 第27-28页 |
| ·拷贝数变异的研究 | 第28-33页 |
| ·CNV的突变机理 | 第29页 |
| ·CNV的研究进展 | 第29-30页 |
| ·CNV的研究方法 | 第30-33页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第33-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-53页 |
| ·实验材料 | 第35-39页 |
| ·实验动物 | 第35-36页 |
| ·实验用常规试剂 | 第36页 |
| ·实验试剂盒 | 第36页 |
| ·主要耗材 | 第36页 |
| ·主要仪器设备 | 第36-37页 |
| ·试剂的配制 | 第37-38页 |
| ·常规应用软件及网站 | 第38-39页 |
| ·实验方法 | 第39-53页 |
| ·禽血DNA提取 | 第39-40页 |
| ·组织总RNA提取 | 第40页 |
| ·反转录 | 第40-41页 |
| ·常规PCR反应 | 第41页 |
| ·长片段PCR反应 | 第41-42页 |
| ·Real-time荧光定量PCR反应 | 第42页 |
| ·Genome Walker PCR反应 | 第42-44页 |
| ·胶回收 | 第44-45页 |
| ·Pyrosequencing焦磷酸测序反应 | 第45-46页 |
| ·Sequenom基因分型 | 第46-47页 |
| ·比较基因组杂交(aCGH) | 第47-48页 |
| ·目标基因区域片段捕获流程 | 第48-51页 |
| ·数据分析 | 第51-53页 |
| 第三章 纤维黑色素基因(FM)的定位结果与分析 | 第53-79页 |
| ·实验用FM资源家系 | 第53-56页 |
| ·资源家系皮肤颜色的性状记录 | 第53-54页 |
| ·基因分型的SNP标记设计 | 第54-55页 |
| ·基因分型结果 | 第55-56页 |
| ·单倍型的构建 | 第56-59页 |
| ·黑色素过度沉积性状(FM)的全基因组分析的结果验证 | 第59-62页 |
| ·第二次基因分型 | 第62-63页 |
| ·aCGH分析 | 第63-64页 |
| ·Duplication-CNV的验证 | 第64-68页 |
| ·Duplication-CNV边界的确定及验证 | 第68-70页 |
| ·Duplication-CNV边界的确定 | 第68-70页 |
| ·Duplication-CNV边界的验证 | 第70页 |
| ·Duplication-CNV内基因表达量分析 | 第70-73页 |
| ·EDN3下游相关基因表达量分析 | 第73-75页 |
| ·目标区域捕获-重测序-20号染色体 | 第75-79页 |
| ·实验样品 | 第75页 |
| ·捕获区域的选择 | 第75-76页 |
| ·捕获数据的质量分析 | 第76页 |
| ·20号染色体10,517,983-11,694,182bp的测序深度分析 | 第76-78页 |
| ·Dup-CNV-1区域内SNP的分析 | 第78-79页 |
| 第四章 真皮黑色素抑制基因(1D)的定位结果与分析 | 第79-103页 |
| ·实验用ID资源家系 | 第79-85页 |
| ·ID资源家系脚胫颜色的性状记录 | 第79-81页 |
| ·进行基因分型的SNP标记 | 第81-83页 |
| ·基因分型实验结果 | 第83-85页 |
| ·SNP标记与真皮黑色素抑制基因(ID)的连锁分析 | 第85-89页 |
| ·CRIMAP软件对ID基因的连锁分析 | 第85-87页 |
| ·单倍型的构建 | 第87-89页 |
| ·两个零重组位点区域内基因组比对 | 第89-91页 |
| ·候选基因分析 | 第91-100页 |
| ·候选基因信息注释 | 第91页 |
| ·基因表达量分析 | 第91-100页 |
| ·成体脚胫皮肤各基因表达量的RT-PCR分析 | 第91-93页 |
| ·胚胎期各基因表达量的Real-time PCR分析 | 第93-100页 |
| ·目标区域捕获-重测序-Z染色体 | 第100-103页 |
| ·实验样品 | 第100页 |
| ·捕获区域的选择 | 第100页 |
| ·乌骨鸡、金湖乌凤鸡、固始鸡特异的SNP筛选 | 第100-103页 |
| 第五章 讨论 | 第103-105页 |
| 第六章 结论 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-116页 |
| 附录1 | 第116-120页 |
| 附录2 | 第120-124页 |
| 附录3 | 第124-127页 |
| 致谢 | 第127-129页 |
| 个人简历 | 第129页 |
