猪链球菌全基因组测序与比较基因组学研究
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第10-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-20页 |
| ·微生物基因组学的研究背景 | 第11-13页 |
| ·微生物基因组学的历史 | 第11-12页 |
| ·微生物基因组学研究内容 | 第12-13页 |
| ·微生物基因组学的应用 | 第13页 |
| ·猪链球菌的生物学特性 | 第13-18页 |
| ·猪链球菌的病原学特性及分型 | 第13-14页 |
| ·猪链球菌流行病学研究进展 | 第14-15页 |
| ·猪链球菌鉴定方法 | 第15-16页 |
| ·猪链球菌致病性与毒力因子研究 | 第16-17页 |
| ·猪链球菌耐药性研究进展 | 第17-18页 |
| ·猪链球菌基因组学研究进展 | 第18页 |
| ·本研究的目的及意义 | 第18-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-28页 |
| ·材料 | 第20-22页 |
| ·菌株 | 第20页 |
| ·主要培养基和溶液 | 第20-21页 |
| ·主要药品与试剂 | 第21页 |
| ·主要仪器与设备 | 第21-22页 |
| ·方法 | 第22-28页 |
| ·细菌的分离鉴定 | 第22页 |
| ·菌株对小鼠的毒力评价 | 第22-23页 |
| ·菌株R61和A7的药物敏感性验证 | 第23-24页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第24页 |
| ·猪链球菌全基因组测序 | 第24-25页 |
| ·基因组注释 | 第25-26页 |
| ·基因组序列提交 | 第26页 |
| ·基因组学和比较基因组分析 | 第26-28页 |
| 3 结果与讨论 | 第28-48页 |
| ·猪链球菌菌株的基本特征 | 第28-29页 |
| ·所测菌株基因组特性及拼接结果统计 | 第29-35页 |
| ·基因组共线性分析 | 第35-36页 |
| ·猪链球菌同源基因簇 | 第36-37页 |
| ·核心基因组与泛基因组分析 | 第37-38页 |
| ·核心基因组 | 第37-38页 |
| ·泛基因组 | 第38页 |
| ·不同血清型菌株的进化关系 | 第38-40页 |
| ·猪链球菌荚膜合成位点 | 第40-42页 |
| ·猪链球菌比较基因组学与耐药性研究 | 第42-47页 |
| ·ARDB数据库搜索结果 | 第42页 |
| ·耐药菌株R61中耐药机制分析 | 第42-47页 |
| ·讨论 | 第47-48页 |
| ·关于基因组测序问题 | 第47页 |
| ·猪链球菌的泛基因组与基因水平转移 | 第47-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
