| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| ·牡蛎超科分类现状简介 | 第12-14页 |
| ·牡蛎超科(Ostreoidea)属阶元贝壳形态学分类依据 | 第14页 |
| ·牡蛎系统演化研究现状 | 第14-15页 |
| ·牡蛎超科物种的历史生物地理分布 | 第15-17页 |
| ·动物线粒体基因组特征及其应用 | 第17-23页 |
| ·动物线粒体基因组大小和结构特征 | 第17-18页 |
| ·线粒体蛋白质编码基因 | 第18页 |
| ·tRNA 基因 | 第18-19页 |
| ·rRNA 基因 | 第19页 |
| ·非编码区 | 第19-20页 |
| ·动物线粒体基因组变异研究 | 第20页 |
| ·线粒体基因组应用于系统发育分析 | 第20-21页 |
| ·猫爪牡蛎线粒体基因组测序的研究意义 | 第21-23页 |
| 第二章 牡蛎超科系统演化分析 | 第23-46页 |
| ·材料与方法 | 第23-33页 |
| ·样品的收集 | 第23页 |
| ·牡蛎样本形态描述 | 第23-30页 |
| ·DNA 的提取及目的片段获取 | 第30-32页 |
| ·系统发育分析 | 第32-33页 |
| ·进化年代分析 | 第33页 |
| ·结果分析 | 第33-37页 |
| ·不同数据集的遗传距离分析 | 第33-35页 |
| ·构建牡蛎超科系统发育树 | 第35-36页 |
| ·演化年代 | 第36-37页 |
| ·讨论 | 第37-46页 |
| ·不同基因片段的有效性验证 | 第37-40页 |
| ·亚科水平系统发育分析 | 第40-41页 |
| ·牡蛎属间及种间系统发育分析 | 第41-43页 |
| ·牡蛎超科的起源及各属分化时间 | 第43-44页 |
| ·总结 | 第44-46页 |
| 第三章 猫爪牡蛎（Talonostrea talonata）线粒体基因组分析 | 第46-61页 |
| ·材料与方法 | 第46-49页 |
| ·样品收集和 DNA 提取 | 第46页 |
| ·线粒体基因组获取 | 第46-48页 |
| ·基因注释和序列分析 | 第48-49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-61页 |
| ·基因组的组成 | 第49-52页 |
| ·基因排列与 Crassostrea 属牡蛎演化 | 第52-55页 |
| ·转运 RNA | 第55-57页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第57-60页 |
| ·猫爪牡蛎的分类地位 | 第60页 |
| ·关于基因组演化的推论 | 第60-61页 |
| 小结 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 附录 Appendix | 第67页 |