利用高通量测序技术对东方鲀杂交优势的初步解析
| 致谢 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 研究背景 | 第13-33页 |
| 第一节 杂交优势的利用现状和研究进展 | 第13-17页 |
| ·杂交优势在农业生产中的应用 | 第13-15页 |
| ·杂交优势的遗传学假说 | 第15-17页 |
| 第二节 杂交优势的组学解析 | 第17-26页 |
| ·核酸测序技术的发展回顾 | 第17-21页 |
| ·高通量测序技术的应用 | 第21-23页 |
| ·杂交优势的组学解析 | 第23-26页 |
| 第三节 东方鲀属河鲀的种间杂交及杂交优势 | 第26-32页 |
| ·河鲀形态特征、分布和生活习性 | 第26-27页 |
| ·河鲀的经济和科研价值 | 第27-29页 |
| ·东方鲀属中的代表物种 | 第29-31页 |
| ·东方鲀的种间杂交及杂交优势 | 第31-32页 |
| 第四节 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 材料和方法 | 第33-75页 |
| 第一节 实验材料 | 第33-40页 |
| ·实验动物 | 第33页 |
| ·主要仪器设备 | 第33-34页 |
| ·主要试剂耗材 | 第34-37页 |
| ·生物信息学软件和数据库 | 第37-40页 |
| 第二节 采样及文库构建 | 第40-65页 |
| ·野外采样与组织保存 | 第40-41页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第41-42页 |
| ·基因组 Mate-Pair 文库构建 | 第42-50页 |
| ·组织 RNA 提取及检验 | 第50-51页 |
| ·转录组 FRAG 文库构建 | 第51-56页 |
| ·模板磁珠制备 | 第56-63页 |
| ·菊黄东方鲀随机片段克隆测序 | 第63-65页 |
| 第三节 生物信息学数据分析 | 第65-75页 |
| ·基因组的辅助拼接 | 第65-66页 |
| ·GC 含量及测序深度扫描 | 第66-67页 |
| ·重复序列鉴定 | 第67页 |
| ·非编码 RNA 基因鉴定 | 第67-68页 |
| ·蛋白质编码基因预测和功能注释 | 第68-70页 |
| ·进化树构建 | 第70-71页 |
| ·基因组序列相似性比较 | 第71页 |
| ·转录组数据分析 | 第71-75页 |
| 第三章 实验结果 | 第75-109页 |
| 第一节 菊黄东方鲀基因组草图的搭建和分析 | 第75-99页 |
| ·基因组 DNA 检测和片段化 | 第75-77页 |
| ·测序数据通量及文库插入片段长度 | 第77-78页 |
| ·基因组拼接 | 第78-84页 |
| ·基因组结构特征 | 第84-90页 |
| ·非编码 RNA 基因 | 第90-91页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第91-96页 |
| ·性状相关基因研究 | 第96-97页 |
| ·菊黄东方鲀的进化树构建 | 第97-99页 |
| 第二节 冀研一号东方鲀杂交优势的比较转录组学解析 | 第99-109页 |
| ·测序数据通量及质量 | 第99页 |
| ·测序数据比对结果 | 第99-101页 |
| ·转录本丰度 | 第101-103页 |
| ·差异表达转录本 | 第103-105页 |
| ·GO/KEGG 功能注释 | 第105-108页 |
| ·冀研一号的新转录剪接体 | 第108-109页 |
| 第四章 分析和讨论 | 第109-121页 |
| 第一节 菊黄东方鲀基因组草图的搭建和分析 | 第109-115页 |
| ·测序策略的探讨 | 第109-110页 |
| ·插入片段的选择和文库构建效果分析 | 第110-111页 |
| ·组装效果评估 | 第111页 |
| ·基因组结构特征 | 第111-112页 |
| ·非编码 RNA 基因和蛋白质编码基因的注释 | 第112-115页 |
| ·进化树的构建分析 | 第115页 |
| 第二节 冀研一号东方鲀杂交优势的比较转录组学解析 | 第115-121页 |
| ·测序数据比对和转录本丰度分析 | 第116页 |
| ·差异表达转录本 | 第116页 |
| ·冀研一号的表达模式 | 第116-117页 |
| ·DTHPco的功能注释 | 第117-118页 |
| ·杂交优势相关通路探讨 | 第118-119页 |
| ·新转录剪接体分析 | 第119-121页 |
| 第五章 结论 | 第121-125页 |
| 参考文献 | 第125-139页 |
| 发表文章目录 | 第139页 |
