| 图形目录 | 第1-10页 |
| 表格目录 | 第10-11页 |
| 中文摘要 | 第11-13页 |
| 英文摘要 | 第13-16页 |
| 第一章 动态规划方法组合完整的基因结构 | 第16-44页 |
| 摘要 | 第17-18页 |
| 1 基因、基因组与基因组注释 | 第18-22页 |
| ·基因与基因组结构 | 第18-20页 |
| ·基因组注释 | 第20-22页 |
| ·人工辅助的基因组注释 | 第21页 |
| ·基因预测 | 第21-22页 |
| 2 动态规划 | 第22-30页 |
| ·动态规划基本原理 | 第23-26页 |
| ·多阶段决策问题 | 第23-24页 |
| ·阶段与状态 | 第24-25页 |
| ·决策和策略 | 第25页 |
| ·最优化原理与无后效性 | 第25-26页 |
| ·最优指标函数和规划方程 | 第26页 |
| ·基因预测中的信号组合问题 | 第26-30页 |
| 3 动态规划方法组合完整的基因结构 | 第30-38页 |
| ·设计动态规划模型 | 第30-32页 |
| ·约束规则 | 第32-34页 |
| ·信号类型约束 | 第32页 |
| ·长度约束 | 第32-33页 |
| ·相位约束 | 第33-34页 |
| ·算法 | 第34-38页 |
| ·二次动态规划 | 第35-36页 |
| ·线性动态规划 | 第36-38页 |
| 4 讨论 | 第38-40页 |
| 5 参考文献 | 第40-44页 |
| 第二章 分值转化与记分系统 | 第44-78页 |
| 摘要 | 第45-46页 |
| 1 分值转化 | 第46-59页 |
| ·外显子分值 | 第46-48页 |
| ·已有的转化方法 | 第48-49页 |
| ·转化方法 | 第49-54页 |
| ·经验分布 | 第50页 |
| ·分段线性函数 | 第50页 |
| ·核密度估计 | 第50-52页 |
| ·局部多项式估计 | 第52-54页 |
| ·转化方法性能评估 | 第54-59页 |
| ·4种转化方法比较 | 第54-56页 |
| ·局部多项式估计在大尺度基因组预测分值中的转化 | 第56-59页 |
| 2 Dempster-Shafer理论整合多重证据 | 第59-72页 |
| ·基因预测中的证据组合 | 第59-60页 |
| ·Dempster-Shafer证据理论 | 第60-67页 |
| ·证据理论的一些定义 | 第61-62页 |
| ·Pignistic变换 | 第62-63页 |
| ·Dempster-Shafer合成法则 | 第63-64页 |
| ·一个简单的实验 | 第64-67页 |
| ·组合多重证据 | 第67-72页 |
| 3 记分系统 | 第72-73页 |
| ·投票算法和惩罚因子 | 第72-73页 |
| ·记分系统 | 第73页 |
| 4 讨论 | 第73-75页 |
| 5 参考文献 | 第75-78页 |
| 第三章 SCGPred程序设计及性能评估 | 第78-111页 |
| 摘要 | 第79-80页 |
| 1 SCGPred程序设计 | 第80-91页 |
| ·程序设计流程 | 第80-81页 |
| ·SCGPred的Perl语言实现 | 第81-86页 |
| ·Perl语言概述 | 第81-83页 |
| ·SCGPred数据结构 | 第83-85页 |
| ·SCGPred中的库和扩展模块 | 第85-86页 |
| ·证据的选择 | 第86-89页 |
| ·SCGPred程序运行及结果展示 | 第89-91页 |
| 2 性能评估 | 第91-106页 |
| ·基因预测性能的评估方法 | 第91-96页 |
| ·核苷酸水平 | 第92-94页 |
| ·外显子水平 | 第94-95页 |
| ·基因水平 | 第95-96页 |
| ·SCGPred预测性能评估 | 第96-106页 |
| ·监督性方法的性能评估 | 第97-103页 |
| ·非监督方法的性能评估 | 第103-106页 |
| 3 讨论 | 第106-108页 |
| 4 参考文献 | 第108-111页 |
| 第四章 计算机方法识别植物microRNAs | 第111-149页 |
| 摘要 | 第112-113页 |
| 1 微RNA概述 | 第113-116页 |
| ·微RNA的生物合成 | 第113-115页 |
| ·植物miRNAs的作用机制与功能 | 第115-116页 |
| 2 基于规则的计算机方法识别植物miRNAs | 第116-125页 |
| ·材料与方法 | 第117-125页 |
| ·miRNAs参考序列集 | 第117页 |
| ·基因组和ORF序列 | 第117-118页 |
| ·序列比对和RNA二级结构预测 | 第118-119页 |
| ·规则 | 第119页 |
| ·预测流程 | 第119-125页 |
| 3 结果 | 第125-128页 |
| ·预测的拟南芥miRNAs及其水稻同源物 | 第125-127页 |
| ·miRNAs靶基因及其功能预测 | 第127-128页 |
| 4 讨论 | 第128-145页 |
| 5 参考文献 | 第145-149页 |
| 附录 | 第149-154页 |
| 文献综述 基因预测方法及研究进展 | 第154-187页 |
| 摘要 | 第155-156页 |
| 1 概述 | 第156-157页 |
| 2 外部方法(extrinsic methods) | 第157-162页 |
| 3 内部方法 | 第162-171页 |
| ·信号传感器(Signal sensors) | 第162-164页 |
| ·内容传感器(Content sensors) | 第164-165页 |
| ·自上而下(Ab initio)方法预测完整真核生物基因结构 | 第165-171页 |
| ·隐马尔可夫模型(HMM) | 第166-169页 |
| ·傅立叶变换 | 第169-170页 |
| ·神经网络 | 第170-171页 |
| ·各种算法所存在的问题 | 第171页 |
| 4 组合方法 | 第171-178页 |
| 5 参考文献 | 第178-187页 |
| 在读期间发表的及待发表的论文情况 | 第187页 |
| 获得的奖励 | 第187-189页 |
| 致谢 | 第189页 |
