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基于基因芯片表达谱的癌症预后元分析方法研究

中文摘要第1-5页
英文摘要第5-11页
第1章 绪论第11-18页
   ·节 基因芯片及其应用第11-14页
     ·基因芯片第11-12页
     ·基因芯片的应用第12-14页
     ·基因芯片在癌症精细化诊疗方面的应用第14页
   ·节 癌症相关基因芯片数据研究的主要内容和面临问题第14-17页
     ·生物信息学第14-15页
     ·生物检测芯片数据分析问题第15页
     ·数据元分析(Meta-analysis)第15-16页
     ·基因芯片数据元分析第16页
     ·癌症预后的多因素性第16-17页
   ·节 本研究工作的理论意义与实用价值第17-18页
第2章 基因芯片相关的元分析方法第18-23页
   ·节 元分析的概念第18-19页
   ·节 元分析的基本内容第19-20页
     ·确定研究目的,收集有关研究资料第19页
     ·合并统计量的选择第19页
     ·差异检验第19页
     ·合并分析第19页
     ·元分析应注意的问题第19-20页
   ·节 癌症基因芯片相关的元分析第20-22页
     ·元分析是显著性差异表达研究的补充和发展第20页
     ·本课题国内研究状况第20页
     ·本课题国外研究动态及尚存的问题第20-22页
   ·节 本文的研究思路及结构安排第22-23页
第3章 白血病亚型的元分析研究第23-34页
   ·节 白血病亚型研究的问题和研究思路第23-24页
   ·节 材料和方法第24-29页
     ·数据收集和加工第24页
     ·数据初步分析-元分析准备第24-25页
     ·秩打分第25页
     ·识别并可视化白血病亚型的聚类第25-26页
     ·识别儿童白血病亚型的特征基因第26-29页
   ·节 结果第29-31页
     ·基因表达检测的数据源和有序基因列表第29-30页
     ·白血病临床亚型间分子学差异强于实验芯片间差异第30页
     ·验证儿童白血病亚型的标识基因第30-31页
   ·节 讨论第31-34页
第4章 多种癌症的共同基因表达模式的元分析研究第34-41页
   ·节 理论分析第34-36页
     ·统一化阈值第34-35页
     ·模式(MAP)匹配计数元分析第35-36页
     ·检测匹配计数的显著性第36页
   ·节 癌症预后数据元分析结果第36-39页
     ·癌症预后数据资料的整合第37页
     ·模式匹配元分析结果第37-38页
     ·相关标志基因的讨论第38-39页
   ·节 算法讨论及结果意义分析第39-41页
第5章 有序基因列表的相似性算法研究第41-59页
   ·节 研究思路第41-42页
   ·节 算法第42-44页
     ·概念及符号第42页
     ·相似性打分函数第42-44页
   ·节函数的参数实现第44-50页
     ·数据建模第44-45页
     ·参数适应性智能选取第45-49页
     ·显著性评价第49页
     ·标志基因第49-50页
   ·节 扩展的多重比对函数第50-51页
   ·节 真实数据分析结果第51-57页
     ·数据集第51-53页
     ·基因排序列表两两比对第53-55页
     ·关于共同秩领先的基因的讨论第55-57页
   ·节 关于本算法的优势和局限的思考第57-59页
     ·打分函数定义第57页
     ·数据自适应性第57-58页
     ·敏感性第58页
     ·相似性的非传递性第58页
     ·适合生物信息的挖掘第58页
     ·计算复杂度第58页
     ·元分析标志基因对单个实验结果的预测能力讨论第58页
     ·小结与展望第58-59页
第6章 影响癌症治疗效果的共差异表达基因及其分子学机制研究第59-74页
   ·节 数据第59-63页
     ·基因表达谱初始化第59页
     ·数据预后分组第59-63页
   ·节 算法第63-65页
     ·有序基因列表相似性搜索第63页
     ·分类误差估计第63-65页
   ·节 分析结果第65-72页
     ·相似性比对第65-66页
     ·标识基因第66-68页
     ·数据预后分析比较第68-70页
     ·用独立白血病数据评估13 个标志基因的癌症预后判别能力第70-71页
     ·13 个标志基因的分子生物学讨论第71-72页
   ·节 小结与展望第72-74页
第7章 工具软件开发第74-83页
   ·节 OrderedList 介绍第74-76页
     ·开发背景和目的第74页
     ·算法核心第74-75页
     ·函数特色第75页
     ·函数使用第75页
     ·软件应用第75-76页
   ·节 OrderedList软件包的使用向导第76-83页
     ·预备第76-77页
     ·检测基因排序列表间的相似性第77-78页
     ·检测有序基因列表中重复秩领先的相似性标志基因第78-83页
第8章 本研究创新点及展望第83-85页
   ·节 创新点第83页
   ·节 工作展望第83-85页
致谢第85-86页
参考文献第86-95页
缩略术语注释表第95-96页
附录第96-104页
 i. R介绍第96页
 ii. Bioconductor介绍第96-98页
  1. Bioconductor项目的主要目的第96-97页
  2. Bioconductor的主要特性第97-98页
  3. Bioconductor的使用第98页
 iii. 17 个在mesothelioma,prostate and glioma实验中共差异表达的探针集信息表第98-104页
发表论文清单第104页

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