| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-18页 |
| ·节 基因芯片及其应用 | 第11-14页 |
| ·基因芯片 | 第11-12页 |
| ·基因芯片的应用 | 第12-14页 |
| ·基因芯片在癌症精细化诊疗方面的应用 | 第14页 |
| ·节 癌症相关基因芯片数据研究的主要内容和面临问题 | 第14-17页 |
| ·生物信息学 | 第14-15页 |
| ·生物检测芯片数据分析问题 | 第15页 |
| ·数据元分析(Meta-analysis) | 第15-16页 |
| ·基因芯片数据元分析 | 第16页 |
| ·癌症预后的多因素性 | 第16-17页 |
| ·节 本研究工作的理论意义与实用价值 | 第17-18页 |
| 第2章 基因芯片相关的元分析方法 | 第18-23页 |
| ·节 元分析的概念 | 第18-19页 |
| ·节 元分析的基本内容 | 第19-20页 |
| ·确定研究目的，收集有关研究资料 | 第19页 |
| ·合并统计量的选择 | 第19页 |
| ·差异检验 | 第19页 |
| ·合并分析 | 第19页 |
| ·元分析应注意的问题 | 第19-20页 |
| ·节 癌症基因芯片相关的元分析 | 第20-22页 |
| ·元分析是显著性差异表达研究的补充和发展 | 第20页 |
| ·本课题国内研究状况 | 第20页 |
| ·本课题国外研究动态及尚存的问题 | 第20-22页 |
| ·节 本文的研究思路及结构安排 | 第22-23页 |
| 第3章 白血病亚型的元分析研究 | 第23-34页 |
| ·节 白血病亚型研究的问题和研究思路 | 第23-24页 |
| ·节 材料和方法 | 第24-29页 |
| ·数据收集和加工 | 第24页 |
| ·数据初步分析-元分析准备 | 第24-25页 |
| ·秩打分 | 第25页 |
| ·识别并可视化白血病亚型的聚类 | 第25-26页 |
| ·识别儿童白血病亚型的特征基因 | 第26-29页 |
| ·节 结果 | 第29-31页 |
| ·基因表达检测的数据源和有序基因列表 | 第29-30页 |
| ·白血病临床亚型间分子学差异强于实验芯片间差异 | 第30页 |
| ·验证儿童白血病亚型的标识基因 | 第30-31页 |
| ·节 讨论 | 第31-34页 |
| 第4章 多种癌症的共同基因表达模式的元分析研究 | 第34-41页 |
| ·节 理论分析 | 第34-36页 |
| ·统一化阈值 | 第34-35页 |
| ·模式(MAP)匹配计数元分析 | 第35-36页 |
| ·检测匹配计数的显著性 | 第36页 |
| ·节 癌症预后数据元分析结果 | 第36-39页 |
| ·癌症预后数据资料的整合 | 第37页 |
| ·模式匹配元分析结果 | 第37-38页 |
| ·相关标志基因的讨论 | 第38-39页 |
| ·节 算法讨论及结果意义分析 | 第39-41页 |
| 第5章 有序基因列表的相似性算法研究 | 第41-59页 |
| ·节 研究思路 | 第41-42页 |
| ·节 算法 | 第42-44页 |
| ·概念及符号 | 第42页 |
| ·相似性打分函数 | 第42-44页 |
| ·节函数的参数实现 | 第44-50页 |
| ·数据建模 | 第44-45页 |
| ·参数适应性智能选取 | 第45-49页 |
| ·显著性评价 | 第49页 |
| ·标志基因 | 第49-50页 |
| ·节 扩展的多重比对函数 | 第50-51页 |
| ·节 真实数据分析结果 | 第51-57页 |
| ·数据集 | 第51-53页 |
| ·基因排序列表两两比对 | 第53-55页 |
| ·关于共同秩领先的基因的讨论 | 第55-57页 |
| ·节 关于本算法的优势和局限的思考 | 第57-59页 |
| ·打分函数定义 | 第57页 |
| ·数据自适应性 | 第57-58页 |
| ·敏感性 | 第58页 |
| ·相似性的非传递性 | 第58页 |
| ·适合生物信息的挖掘 | 第58页 |
| ·计算复杂度 | 第58页 |
| ·元分析标志基因对单个实验结果的预测能力讨论 | 第58页 |
| ·小结与展望 | 第58-59页 |
| 第6章 影响癌症治疗效果的共差异表达基因及其分子学机制研究 | 第59-74页 |
| ·节 数据 | 第59-63页 |
| ·基因表达谱初始化 | 第59页 |
| ·数据预后分组 | 第59-63页 |
| ·节 算法 | 第63-65页 |
| ·有序基因列表相似性搜索 | 第63页 |
| ·分类误差估计 | 第63-65页 |
| ·节 分析结果 | 第65-72页 |
| ·相似性比对 | 第65-66页 |
| ·标识基因 | 第66-68页 |
| ·数据预后分析比较 | 第68-70页 |
| ·用独立白血病数据评估13 个标志基因的癌症预后判别能力 | 第70-71页 |
| ·13 个标志基因的分子生物学讨论 | 第71-72页 |
| ·节 小结与展望 | 第72-74页 |
| 第7章 工具软件开发 | 第74-83页 |
| ·节 OrderedList 介绍 | 第74-76页 |
| ·开发背景和目的 | 第74页 |
| ·算法核心 | 第74-75页 |
| ·函数特色 | 第75页 |
| ·函数使用 | 第75页 |
| ·软件应用 | 第75-76页 |
| ·节 OrderedList软件包的使用向导 | 第76-83页 |
| ·预备 | 第76-77页 |
| ·检测基因排序列表间的相似性 | 第77-78页 |
| ·检测有序基因列表中重复秩领先的相似性标志基因 | 第78-83页 |
| 第8章 本研究创新点及展望 | 第83-85页 |
| ·节 创新点 | 第83页 |
| ·节 工作展望 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-95页 |
| 缩略术语注释表 | 第95-96页 |
| 附录 | 第96-104页 |
| i. R介绍 | 第96页 |
| ii. Bioconductor介绍 | 第96-98页 |
| 1. Bioconductor项目的主要目的 | 第96-97页 |
| 2. Bioconductor的主要特性 | 第97-98页 |
| 3. Bioconductor的使用 | 第98页 |
| iii. 17 个在mesothelioma,prostate and glioma实验中共差异表达的探针集信息表 | 第98-104页 |
| 发表论文清单 | 第104页 |
