| 中文摘要 | 第1-7页 |
| 英文摘要 | 第7-9页 |
| 第一部分 前言 | 第9-34页 |
| 第一章 研究背景简介 | 第9-28页 |
| 一 大肠埃希氏菌和志贺氏菌的研究背景简介 | 第9-12页 |
| 二 大肠杆菌表面多糖抗原的研究进展 | 第12-24页 |
| 三 生物信息学在细菌基因组和细菌分子进化研究中的应用 | 第24-27页 |
| 四 细菌O抗原基因簇的应用 | 第27-28页 |
| 第二章 本工作研究目标、内容和创新性 | 第28-34页 |
| 一 研究目标 | 第29-30页 |
| 二 研究内容 | 第30-33页 |
| 三 本项工作的创新性 | 第33-34页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第34-51页 |
| 一 实验材料 | 第34-40页 |
| 1 菌株 | 第34-37页 |
| 2 质粒 | 第37-39页 |
| 3 引物 | 第39-40页 |
| 4 主要酶与试剂 | 第40页 |
| 二 实验方法 | 第40-51页 |
| (一) 利用鸟枪法构建基因簇文库 | 第40-45页 |
| (二) 获得O-抗原基因簇全序列的方法 | 第45页 |
| (三) 用生物信息学进行序列分析和进化分析 | 第45-46页 |
| (四) 特异基因的筛选 | 第46页 |
| (五) 基因缺失和互补实验鉴定重要基因 | 第46-50页 |
| (六) 用于测定O-抗原结构的脂多糖的制备 | 第50-51页 |
| 第三部分 结果与分析 | 第51-139页 |
| 第一章 26株志贺氏菌和大肠杆菌的O-抗原基因簇的研究 | 第51-128页 |
| 一 鲍氏志贺氏菌13型(G1226)的O-抗原基因簇 | 第51-55页 |
| 二 鲍氏志贺氏菌10型(G1009)的O-抗原基因簇 | 第55-60页 |
| 三 鲍氏志贺氏菌16型(G1015)的O-抗原基因簇 | 第60-63页 |
| 四 鲍氏志贺氏菌12型(G1011)的O-抗原基因簇 | 第63-67页 |
| 五 鲍氏志贺氏菌2型(G1002)和大肠杆菌O54(G1245)的O-抗原基因簇 | 第67-74页 |
| 六 鲍氏志贺氏菌17型(G1016)的O-抗原基因簇 | 第74-77页 |
| 七 4对O-抗原结构完全一样的志贺氏菌和大肠杆菌的O-抗原基因簇 | 第77-88页 |
| 八 大肠杆菌O52(G1066)的O-抗原基因簇 | 第88-94页 |
| 九 大肠杆菌O56(G1068)的O-抗原基因簇的破译及与大肠杆菌O24(G1204)的O-抗原基因簇的进化关系 | 第94-100页 |
| 十 合成稀有单糖pseudaminic acid类似物的大肠杆菌O136(G1052)，O61(G1071)，O161(G1158)的O-抗原基因簇 | 第100-108页 |
| 十一 合成GDP-L-Fucose的大肠杆菌O43(G1289)，O41(G1247)的O-抗原基因簇 | 第108-112页 |
| 十二 含有稀有单糖塔罗糖(L-6dTal)的大肠杆菌O88(G1262)的O-抗原基因簇 | 第112-117页 |
| 十三 大肠杆菌O163(G1162)的O-抗原基因簇 | 第117-119页 |
| 十四 合成稀有单糖dTDP-D-VioNAc的大肠杆菌O39和O49的O-抗原基因簇 | 第119-125页 |
| 十五 大肠杆菌的manB和manC基因的分子进化研究 | 第125-128页 |
| 第二章 26株志贺氏菌和大肠杆菌的特异基因的鉴定 | 第128-139页 |
| 第四部分 讨论 | 第139-161页 |
| 第一章 鲍氏志贺氏菌13型在进化上的重要地位 | 第139-142页 |
| 第二章 一个在世界上首次被发现的依赖于ABC转运子合成的由异源双糖组成的O抗原 | 第142-145页 |
| 第三章 鲍氏志贺氏菌6型和大肠杆菌O164是在很近的时期形成的 | 第145-151页 |
| 第四章 具有相同O-抗原的大肠杆菌和志贺氏菌的关系 | 第151-154页 |
| 第五章 24株细菌O-抗原基因簇的特征 | 第154-158页 |
| 第六章 O-抗原特异基因用于对致病菌的检测 | 第158-161页 |
| 第五部分 结论 | 第161-163页 |
| 参考文献 | 第163-171页 |
| 附录 | 第171-173页 |
| 致谢 | 第173页 |
