| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-37页 |
| ·信号转导通路的功能和结构 | 第15-21页 |
| ·信号转导的功能 | 第15页 |
| ·信号的种类 | 第15-16页 |
| ·信号的归宿 | 第16-17页 |
| ·信号通路的组分 | 第17-21页 |
| ·信号网络的作用机制 | 第21-23页 |
| ·动态性 | 第21-22页 |
| ·复杂性 | 第22页 |
| ·网络化 | 第22-23页 |
| ·专一性 | 第23页 |
| ·信号网络的生物信息学研究 | 第23-31页 |
| ·数据库资源 | 第23-25页 |
| ·结构属性分析 | 第25-27页 |
| ·通路自动重建 | 第27-28页 |
| ·建模和仿真 | 第28-30页 |
| ·大规模信号网络研究给生物信息学带来的挑战 | 第30-31页 |
| ·论文的研究内容和创新点 | 第31-35页 |
| ·论文结构 | 第35-37页 |
| 第二章 信号网络中单个蛋白质重要性的度量 | 第37-50页 |
| ·数据集 | 第37-38页 |
| ·小鼠的海马神经元中的信号网络 | 第37页 |
| ·小鼠基因敲除表型 | 第37-38页 |
| ·小鼠进化速率 | 第38页 |
| ·用于度量蛋白质重要性的新指标SigFlux | 第38-41页 |
| ·SigFlux 定义 | 第38-39页 |
| ·SigFlux 计算 | 第39-41页 |
| ·SigFlux 与蛋白质的必要性显著相关 | 第41-43页 |
| ·SigFlux 可以指示蛋白质的进化速率 | 第43-45页 |
| ·SigFlux 与连接度的比较 | 第45-49页 |
| ·SigFlux 和连接度分别表征蛋白质的整体属性和局部属性 | 第45-46页 |
| ·蛋白质的SigFlux 和连接度分布 | 第46-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 基于结构域预测蛋白质相互作用中的信号流走向 | 第50-59页 |
| ·数据集 | 第51页 |
| ·高可信度的结构域相互作用 | 第51页 |
| ·信号网络中的蛋白质相互作用 | 第51页 |
| ·基于结构域预测蛋白质相互作用中信号流走向的方法 | 第51-55页 |
| ·结构域相互作用和蛋白质相互作用的方向 | 第51-52页 |
| ·用于度量结构域相互作用方向的函数F | 第52-53页 |
| ·用于度量蛋白质相互作用方向的参数PIDS | 第53-55页 |
| ·方法评估 | 第55-58页 |
| ·5 倍交叉验证结果 | 第55-56页 |
| ·在不同物种中的性能 | 第56-57页 |
| ·在不同信号通路中的性能 | 第57-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 基于蛋白质功能注释预测蛋白质相互作用中信号流走向 | 第59-67页 |
| ·蛋白质功能注释 | 第59-62页 |
| ·GO 注释工具 | 第59-60页 |
| ·参与有向相互作用的蛋白质的GO 注释 | 第60-62页 |
| ·根据功能注释预测蛋白质相互作用中信号流走向的方法 | 第62-64页 |
| ·方法评估 | 第64-66页 |
| ·5 倍交叉验证结果 | 第64-65页 |
| ·在不同物种中的性能 | 第65-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 第五章 基于蛋白质序列预测蛋白质相互作用中信号流走向 | 第67-76页 |
| ·蛋白质序列的数学表示方法 | 第67-70页 |
| ·氨基酸分类 | 第67-68页 |
| ·氨基酸序列表示 | 第68-70页 |
| ·支持向量机方法介绍 | 第70-73页 |
| ·基本原理 | 第70-71页 |
| ·算法流程 | 第71-73页 |
| ·根据蛋白质序列预测蛋白质相互作用中信号流走向的方法 | 第73-74页 |
| ·序列表示方法选择 | 第73页 |
| ·分类方法选择 | 第73-74页 |
| ·方法评估 | 第74-75页 |
| ·本章小结 | 第75-76页 |
| 第六章 采用贝叶斯方法整合多数据源预测蛋白质相互作用中信号流走向 | 第76-88页 |
| ·贝叶斯整合方法的建立 | 第76-80页 |
| ·贝叶斯方法介绍 | 第76-78页 |
| ·PIDS 分组似然比 | 第78-79页 |
| ·GODS 分组似然比 | 第79-80页 |
| ·贝叶斯方法综合似然比 | 第80页 |
| ·贝叶斯方法评估 | 第80-83页 |
| ·基于结构域和功能注释的方法与贝叶斯方法结果比较 | 第80-82页 |
| ·在不同物种中的性能 | 第82-83页 |
| ·预测蛋白质相互作用中信号流走向的网页工具 | 第83-84页 |
| ·基于结构域、功能注释和蛋白质序列的方法和贝叶斯方法比较 | 第84-86页 |
| ·本章小结 | 第86-88页 |
| 第七章 在整合的人蛋白质相互作用网络中推断潜在信号通路并进行属性分析 | 第88-104页 |
| ·整合的人类蛋白质相互作用数据集 | 第88-89页 |
| ·人蛋白质相互作用网络的方向标注 | 第89-94页 |
| ·基于结构域方法的预测结果 | 第89-90页 |
| ·基于GO 注释方法的预测结果 | 第90-91页 |
| ·贝叶斯整合方法的预测结果 | 第91-93页 |
| ·基于序列的方法预测结果 | 第93-94页 |
| ·预测有向网络的属性分析 | 第94-100页 |
| ·蛋白质相互作用的检测方法 | 第94页 |
| ·参与有向相互作用的蛋白质的功能注释 | 第94-95页 |
| ·参与有向相互作用的蛋白质的亚细胞定位 | 第95页 |
| ·有向网络的拓扑属性分析 | 第95-98页 |
| ·从预测有向图推断新的信号通路 | 第98-99页 |
| ·采用SigFlux 指标寻找重要蛋白质 | 第99-100页 |
| ·本章小结 | 第100-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-114页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第114-116页 |
| 附录A 预测得到的有向蛋白质相互作用的部分结果 | 第116-119页 |
| 附录B 相关基础知识 | 第119-120页 |
