| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 绪 论 | 第12-20页 |
| ·蛋白质与配体相互作用的研究意义及研究方法 | 第12-13页 |
| ·蛋白质与配体相互作用的研究意义 | 第12-13页 |
| ·蛋白质与配体相互作用的研究方法 | 第13页 |
| ·HIV-1 整合酶的研究意义及进展 | 第13-20页 |
| ·HIV-1 整合酶的研究意义 | 第13-15页 |
| ·整合酶的结构与功能 | 第15-17页 |
| ·整合酶的研究现状及进展 | 第17-20页 |
| 第2章 研究方法 | 第20-34页 |
| ·分子动力学模拟 | 第20-27页 |
| ·基本原理 | 第20-25页 |
| ·基本步骤 | 第25-26页 |
| ·常用分子动力学模拟软件简介 | 第26-27页 |
| ·分子对接 | 第27-34页 |
| ·搜索算法 | 第28-29页 |
| ·打分函数 | 第29-31页 |
| ·常用的分子对接软件 | 第31-34页 |
| 第3章 HIV-1 整合酶与苯甲酸衍生物类抑制剂D77 的结合模式及抑制机理的分子模拟研究 | 第34-48页 |
| ·研究背景及意义 | 第34-35页 |
| ·材料与方法 | 第35-37页 |
| ·体系准备 | 第35页 |
| ·分子动力学模拟 | 第35-36页 |
| ·多构象分子对接 | 第36-37页 |
| ·MM-GBSA 能量分解 | 第37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-45页 |
| ·自由态整合酶的分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| ·D77 和整合酶的结合模式预测 | 第38-40页 |
| ·整合酶和D77 复合物的分子动力学模拟 | 第40-44页 |
| ·能量分解 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-48页 |
| 第4章 HIV-1 整合酶与DNA 复合物的模建及其与二酮酸类抑制剂结合模式的研究 | 第48-54页 |
| ·研究背景及意义 | 第48页 |
| ·材料与方法 | 第48-51页 |
| ·整合酶-DNA 复合物模型的构建 | 第48-49页 |
| ·分子动力学模拟 | 第49-50页 |
| ·分子对接 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-53页 |
| ·整合酶-DNA 复合物的分子动力学模拟 | 第51-52页 |
| ·结合模式分析 | 第52-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 总结与展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-66页 |
| 附录 英文缩写词索引 | 第66-68页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70页 |