| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第一章 HIV-1 蛋白酶(PR)与抑制剂(PIs)的相互作用概述 | 第13-27页 |
| ·HIV-1 | 第13-17页 |
| ·HIV-1 形态与结构 | 第14-15页 |
| ·HIV-1 的生命周期 | 第15-17页 |
| ·PR | 第17-21页 |
| ·PR 的结构 | 第17-18页 |
| ·PR 的功能 | 第18页 |
| ·PR 的作用机制 | 第18-21页 |
| ·酶的作用机制 | 第18-20页 |
| ·PR 的作用机制 | 第20-21页 |
| ·PIs | 第21-23页 |
| ·PIs 的种类 | 第21-23页 |
| ·PIs 的功能 | 第23页 |
| ·PR 与PIs 的相互作用 | 第23-27页 |
| ·库仑形式的静电相互作用 | 第24页 |
| ·范德华相互作用 | 第24-25页 |
| ·氢键相互作用 | 第25页 |
| ·疏水相互作用 | 第25-27页 |
| 第二章 理论和方法 | 第27-53页 |
| ·量子化学计算 | 第27-36页 |
| ·从头算法 | 第27-28页 |
| ·Born –Oppenheimer 近似 | 第28页 |
| ·Hartree 自洽场近似 | 第28-30页 |
| ·Hartree-Fock 自洽场近似 | 第30-31页 |
| ·密度泛函理论 | 第31-36页 |
| ·Hohenberg-Kohn 定理 | 第32-33页 |
| ·Kohn-Sham 方程 | 第33-34页 |
| ·局域密度近似 | 第34-36页 |
| ·分子力学方法 | 第36-38页 |
| ·分子动力学（molecular dynamics，MD）模拟 | 第38-44页 |
| ·MD 模拟的基本原理 | 第38-39页 |
| ·积分法 | 第39-41页 |
| ·Verlet 算法 | 第39-40页 |
| ·蛙跳算法 | 第40页 |
| ·Velocity-Verlet 算法 | 第40页 |
| ·Beeman 算法 | 第40-41页 |
| ·Gear 算法 | 第41页 |
| ·MD 模拟的初始化 | 第41-43页 |
| ·粒子坐标的初始化 | 第41-43页 |
| ·重新加氢 | 第42页 |
| ·加入中和离子 | 第42页 |
| ·选择溶剂模型 | 第42页 |
| ·进行能量优化 | 第42-43页 |
| ·粒子速度的初始化 | 第43页 |
| ·SHAKE 算法 | 第43-44页 |
| ·自由能计算 | 第44-51页 |
| ·FEP 方法 | 第45-46页 |
| ·TI 方法 | 第46页 |
| ·LIE 方法 | 第46-47页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第47-51页 |
| ·PIs 和残基的相互作用计算 | 第51-53页 |
| ·基于残基的能量分解方法 | 第51页 |
| ·氢键动力学分析 | 第51-53页 |
| 第三章 BEC 和BEG 两种PIs 与PR 相互作用机理的研究 | 第53-65页 |
| ·计算过程 | 第54-55页 |
| ·结果分析及讨论 | 第55-63页 |
| ·动力学模拟的平衡 | 第55-56页 |
| ·叠加分析 | 第56-57页 |
| ·结合自由能分析 | 第57-58页 |
| ·结构-相关性关系分析 | 第58-63页 |
| ·结论 | 第63-65页 |
| 第四章 质子化态在PR-Indinavir 复合物中作用的研究 | 第65-75页 |
| ·计算过程 | 第66-68页 |
| ·结果分析及讨论 | 第68-73页 |
| ·动力学特征 | 第68页 |
| ·结合自由能分析 | 第68-69页 |
| ·结构分析 | 第69-72页 |
| ·质子化态对水分子作用的影响 | 第72-73页 |
| ·结论 | 第73-75页 |
| 第五章 PR与PI TMC114 结合口袋内水分子作用的研究 | 第75-85页 |
| ·计算过程 | 第77-78页 |
| ·结果分析及讨论 | 第78-84页 |
| ·PR-TMC114 复合物在两种模拟中的稳定性 | 第78-79页 |
| ·结构叠加的分析 | 第79-80页 |
| ·结合特性的分析 | 第80-82页 |
| ·氢键分析 | 第82-84页 |
| ·结论 | 第84-85页 |
| 第六章 总结与展望 | 第85-87页 |
| ·论文工作总结 | 第85页 |
| ·论文创新点 | 第85-86页 |
| ·展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-101页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文目录 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
