| 附表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| Abbreviations | 第15-16页 |
| Chapter 1.INTRODAUCTION | 第16-19页 |
| 1.1.General Introductions | 第16-19页 |
| 1.1.1.General objective | 第18页 |
| 1.1.2.Specific objectives | 第18-19页 |
| Chapter 2.LITERATURE REVIEW | 第19-37页 |
| 2.1.Origin and Domestications of Goat | 第19-20页 |
| 2.2.Goat Genetic Resources in Asia and Africa | 第20-21页 |
| 2.3.Overview of Ethiopia Indigenous Goat Genetic Resources and Distributions | 第21-24页 |
| 2.4.Methods of Molecular Characterization Techniques in Animal | 第24-26页 |
| 2.4.1.Whole genome sequence approach | 第25页 |
| 2.4.2.Single nucleotide polymorphism genotyping platforms | 第25-26页 |
| 2.5.Genetic Diversity and Population Structure in Goat Populations | 第26-37页 |
| 2.5.1.Estimation of within breed genetic diversity | 第27-28页 |
| 2.5.2.Level of inbreeding | 第28-29页 |
| 2.5.3.Analysis of molecular variance and population differentiation | 第29-30页 |
| 2.5.4.Linkage disequilibrium and effective population size | 第30-31页 |
| 2.5.5.Detection of selection signature using genomic information | 第31-37页 |
| Chapter 3.GENETIC DIVERSITY AND POPULATION STRUCTURE IN CHINESE GOAT POPULATIONS USING SNP PANEL | 第37-51页 |
| 3.1.Introduction | 第37-38页 |
| 3.2.Materials and Methods | 第38-41页 |
| 3.2.1.Sample collection and DNA extraction | 第38-39页 |
| 3.2.2.DNA quantification | 第39页 |
| 3.2.3.Agarose gel electrophoresis | 第39-40页 |
| 3.2.4.Genotyping and quality control | 第40页 |
| 3.2.5.Data analysis | 第40-41页 |
| 3.3.Results | 第41-47页 |
| 3.3.1.Genetic variants | 第41-43页 |
| 3.3.2.Genetic diversity analysis | 第43-44页 |
| 3.3.3.Genetic differentiation,AMOVA,and structure | 第44-47页 |
| 3.4.Discussions | 第47-51页 |
| 3.4.1.Genetic diversity of Chinese goat populations | 第47-48页 |
| 3.4.2.Population genetic structure | 第48-49页 |
| 3.4.3.Genetic differentiation and AMOVA | 第49-51页 |
| Chapter 4.GENOME-WIDE LINKAGE DISEQUILIBRIUM AND EXTENT OF EFFECTIVE POPULATION SIZES IN SIX CHINESE GOAT POPULATIONS | 第51-62页 |
| 4.1.Introduction | 第51-53页 |
| 4.2.Materials and Methods | 第53-54页 |
| 4.2.1.Sampling units and data pruning | 第53页 |
| 4.2.2.Data analysis | 第53-54页 |
| 4.3.Results | 第54-59页 |
| 4.3.1.Descriptive statistics | 第54-55页 |
| 4.3.2.Minor allele frequency | 第55-56页 |
| 4.3.3.Linkage disequilibrium and inbreeding coefficient | 第56-58页 |
| 4.3.4.Effective population size(Ne) | 第58-59页 |
| 4.4.Discussion | 第59-62页 |
| Chapter 5.WHOLE GENOME GENETIC DIVERSITY AND POPULATION STRUCTURE OF FIVE ETHIOPIAN GOAT POPULATIONS | 第62-72页 |
| 5.1.Introduction | 第62-63页 |
| 5.2.Materials and Methods | 第63-65页 |
| 5.2.1.Sampling animals | 第63-64页 |
| 5.2.2.DNA extraction and whole genome sequencing | 第64页 |
| 5.2.3.Data analysis | 第64-65页 |
| 5.3.Results | 第65-69页 |
| 5.3.1.Variant statics | 第65-67页 |
| 5.3.2.Population genetic relationships | 第67-68页 |
| 5.3.3.Genetic differentiation between populations | 第68-69页 |
| 5.4.Discussion | 第69-72页 |
| Chapter 6.WHOLE GENOME RE-SEQUENCING REVEALS SELECTION OF ETHIOPIAN INDIGENOUS GOAT POPULATIONS | 第72-85页 |
| 6.1.Introduction | 第72-73页 |
| 6.2.Materials and Methods | 第73-76页 |
| 6.2.1.Population sample and DNA extraction | 第73-74页 |
| 6.2.2.Mapping and SNP calling | 第74-75页 |
| 6.2.3.Detection of positive selection signature in Begiat goat | 第75-76页 |
| 6.2.4.Characterization of candidate genes under selection | 第76页 |
| 6.3.Results | 第76-81页 |
| 6.3.1.Genome sequence mapping and SNPs calling | 第76-78页 |
| 6.3.2.Genome-wide selective sweep signals | 第78-81页 |
| 6.4.Discussion | 第81-85页 |
| 6.4.1.Candidate genes associated with reproduction traits | 第82-83页 |
| 6.4.2.Candidate genes associated with production traits | 第83-84页 |
| 6.4.3.Adaptive and immune response related genes | 第84-85页 |
| 7.CONCLUSIONS AND RECOMMENDATIONS | 第85-87页 |
| 7.1.Conclusions | 第85-86页 |
| 7.2.Recommendation | 第86-87页 |
| 8.REFERENCES | 第87-103页 |
| 9.APPENDIX | 第103-110页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第110-112页 |
| AUTHOR RESUME | 第112页 |
