| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 文献综述 | 第12-26页 |
| 1.1 哈氏弧菌及其危害 | 第12-15页 |
| 1.1.1 哈氏弧菌命名 | 第12页 |
| 1.1.2 哈氏弧菌的主要特征 | 第12页 |
| 1.1.3 哈氏弧菌引起的疾病 | 第12-14页 |
| 1.1.4 哈氏弧菌致病机理 | 第14页 |
| 1.1.5 哈氏弧菌的防治 | 第14-15页 |
| 1.2 细菌分型及哈氏弧菌分型 | 第15-17页 |
| 1.2.1 细菌分型的定义 | 第15页 |
| 1.2.2 细菌分型方法 | 第15-16页 |
| 1.2.2.1 表型分型方法 | 第15页 |
| 1.2.2.2 分子分型方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 哈氏弧菌分型 | 第16页 |
| 1.2.4 毒力菌株生物标记筛选 | 第16-17页 |
| 1.3 测序技术的发展 | 第17-22页 |
| 1.4 哈氏弧菌全基因组测序 | 第22-23页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第23-26页 |
| 2 哈氏弧菌分型、致病菌筛选及菌落形态分析 | 第26-41页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-31页 |
| 2.1.1 实验仪器及试剂 | 第26页 |
| 2.1.2 菌株 | 第26-28页 |
| 2.1.3 石斑鱼 | 第28页 |
| 2.1.4 细菌DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.1.5 RAPD引物筛选 | 第29-30页 |
| 2.1.6 RAPD-PCR分型 | 第30页 |
| 2.1.7 ERIC-PCR分型 | 第30页 |
| 2.1.8 聚类分析 | 第30页 |
| 2.1.9 致病菌确定 | 第30-31页 |
| 2.1.10 致病菌菌落形态描述 | 第31页 |
| 2.2 实验结果 | 第31-38页 |
| 2.2.1 RAPD引物筛选 | 第31页 |
| 2.2.2 RAPD分型 | 第31-33页 |
| 2.2.3 ERIC-PCR分型 | 第33-34页 |
| 2.2.4 毒性实验结果 | 第34-36页 |
| 2.2.5 重分离菌株RAPD鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2.6 致病菌的菌落形态 | 第37-38页 |
| 2.3 讨论 | 第38-41页 |
| 3 哈氏弧菌致病菌株的毒力基因PCR分析 | 第41-49页 |
| 3.1 材料与方法 | 第41-43页 |
| 3.1.1 细菌及引物 | 第41-42页 |
| 3.1.2 毒力基因PCR分析 | 第42-43页 |
| 3.2 结果 | 第43-47页 |
| 3.2.1 致病菌株中毒力相关基因分布 | 第43页 |
| 3.2.2 非致病菌株中毒力相关基因分布 | 第43-47页 |
| 3.3 讨论 | 第47-49页 |
| 4 哈氏弧菌致病菌株PCR快速检测方法建立 | 第49-57页 |
| 4.1 材料与方法 | 第49-51页 |
| 4.1.1 菌株 | 第49页 |
| 4.1.2 生物标记的确定 | 第49-50页 |
| 4.1.3 引物设计筛选 | 第50页 |
| 4.1.4 引物特异性验证 | 第50页 |
| 4.1.5 引物灵敏度检测 | 第50-51页 |
| 4.1.6 序列 | 第51页 |
| 4.2 结果 | 第51-56页 |
| 4.2.1 生物标记克隆测序 | 第51-52页 |
| 4.2.2 引物设计 | 第52-54页 |
| 4.2.3 引物特异性验证 | 第54-55页 |
| 4.2.4 引物灵敏度检测 | 第55-56页 |
| 4.3 讨论 | 第56-57页 |
| 5 哈氏弧菌致病菌株GDH11385毒力特征及致病机理研究 | 第57-72页 |
| 5.1 材料与方法 | 第57-61页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第57-58页 |
| 5.1.2 菌株GDH11385对水产动物的毒性 | 第58-60页 |
| 5.1.2.1 对不同水产动物的毒性检测 | 第58-59页 |
| 5.1.2.2 菌液的毒性来源检测 | 第59页 |
| 5.1.2.3 对斜带石斑鱼的LD_(50)测定 | 第59页 |
| 5.1.2.4 感染石斑鱼的组织病理学观察 | 第59页 |
| 5.1.2.5 不同感染方式对感染效果的影响 | 第59-60页 |
| 5.1.3 哈氏弧菌对小白鼠的毒性检测 | 第60-61页 |
| 5.1.3.1 菌液制备 | 第60页 |
| 5.1.3.2 腹腔注射感染 | 第60页 |
| 5.1.3.3 病原确定 | 第60页 |
| 5.1.3.4 感染患病小白鼠组织病理学检查 | 第60-61页 |
| 5.1.3.5 对小白鼠的LD_(50)计算 | 第61页 |
| 5.2 结果 | 第61-69页 |
| 5.2.1 哈氏弧菌GDH11385对不同水产动物的毒性 | 第61-65页 |
| 5.2.1.1 对多种水产动物感染结果 | 第61-62页 |
| 5.2.1.2 菌悬液毒性来源检测结果 | 第62页 |
| 5.2.1.3 对斜带石斑鱼的LD_(50)测定 | 第62页 |
| 5.2.1.4 感染患病石斑鱼的组织病理检查 | 第62-63页 |
| 5.2.1.5 不同感染方式对感染效果的影响 | 第63-65页 |
| 5.2.2 哈氏弧菌对小白鼠的毒性检测结果 | 第65-69页 |
| 5.2.2.1 哈氏弧菌对小白鼠的感染结果 | 第65-67页 |
| 5.2.2.2 感染患病小白鼠组织病理检查 | 第67-69页 |
| 5.2.2.3 菌株GDH11385对小白鼠的LD_(50)值测定 | 第69页 |
| 5.3 讨论 | 第69-72页 |
| 6 石斑鱼育苗池弧菌调查及ERIC-1型菌株耐药性分析 | 第72-81页 |
| 6.1 材料与方法 | 第72-75页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第72-73页 |
| 6.1.2 细菌分离鉴定 | 第73-74页 |
| 6.1.3 细菌毒性鉴定 | 第74页 |
| 6.1.4 ERIC分子分型 | 第74页 |
| 6.1.5 药敏实验 | 第74-75页 |
| 6.1.6 数据统计 | 第75页 |
| 6.2 结果 | 第75-79页 |
| 6.2.1 细菌分离及感染结果 | 第75-76页 |
| 6.2.2 ERIC-PCR分型 | 第76-77页 |
| 6.2.3 药敏实验 | 第77-79页 |
| 6.3 讨论 | 第79-81页 |
| 7 哈氏弧菌GDH11385菌株全基因序列测定及生物信息学分析 | 第81-110页 |
| 7.1 材料与方法 | 第81-83页 |
| 7.1.1 哈氏弧菌菌株 | 第81页 |
| 7.1.2 哈氏弧菌的16s rDNA测序鉴定 | 第81页 |
| 7.1.3 哈氏弧菌的基因组DNA提取及质控 | 第81页 |
| 7.1.4 细菌全基因组测序 | 第81-82页 |
| 7.1.4.1 测序流程 | 第81-82页 |
| 7.1.4.2 Pacbio RS Ⅱ建库测序 | 第82页 |
| 7.1.4.3 基因组序列的拼接组装 | 第82页 |
| 7.1.4.4 基因组成份分析 | 第82页 |
| 7.1.5 基因的预测及注释 | 第82-83页 |
| 7.1.5.1 软件预测分析 | 第82页 |
| 7.1.5.2 基因的功能分析 | 第82-83页 |
| 7.1.5.3 RNA分析 | 第83页 |
| 7.1.6 哈氏弧菌毒力基因分析 | 第83页 |
| 7.1.6.1 毒力岛 | 第83页 |
| 7.1.6.2 毒力因子 | 第83页 |
| 7.1.6.3 水平转移基因分析 | 第83页 |
| 7.1.6.4 分泌系统基因簇分析 | 第83页 |
| 7.1.7 比较基因组分析 | 第83页 |
| 7.2 结果 | 第83-108页 |
| 7.2.1 哈氏弧菌基因组DNA的提取及质控 | 第83-85页 |
| 7.2.2 哈氏弧菌系统给进化地位 | 第85-86页 |
| 7.2.3 Pacbio RSII测序结果统计分析 | 第86-106页 |
| 7.2.3.1 测序数据原始统计 | 第86-87页 |
| 7.2.3.2 哈氏弧菌GDH11385全基因组拼接组装分析 | 第87-92页 |
| 7.2.3.3 哈氏弧菌GDH11385基因预测与基因功能分析 | 第92-94页 |
| 7.2.3.4 基因功能GO分类 | 第94-96页 |
| 7.2.3.5 水平基因转移分析 | 第96-99页 |
| 7.2.3.6 基因岛分析 | 第99-101页 |
| 7.2.3.7 毒力基因 | 第101-103页 |
| 7.2.3.8 细菌分泌系统 | 第103-106页 |
| 7.2.4 哈氏弧菌GDH11385比较基因组分析 | 第106-108页 |
| 7.2.4.1 哈氏弧菌比较 | 第106-107页 |
| 7.2.4.2 与哈氏弧菌QT520全基因组比较分析 | 第107-108页 |
| 7.3 讨论 | 第108-110页 |
| 全文总结 | 第110-111页 |
| 主要创新点 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-129页 |
| 附录 | 第129-133页 |
| 博士期间主要成果 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134页 |
