| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 英文缩略词 | 第8-18页 |
| 第1章 前言 | 第18-34页 |
| 1.1 农药残留危害现状 | 第18页 |
| 1.2 拟除虫菊酯类农药简介 | 第18-19页 |
| 1.3 拟除虫菊酯类农药的残留及危害 | 第19-22页 |
| 1.3.1 拟除虫菊酯类农药的残留 | 第19-20页 |
| 1.3.1.1 在土壤中的残留 | 第19-20页 |
| 1.3.1.2 在作物中的残留 | 第20页 |
| 1.3.2 拟除虫菊酯类农药的危害 | 第20-22页 |
| 1.3.2.1 对水生动物的危害 | 第20-21页 |
| 1.3.2.2 对哺乳动物的危害 | 第21-22页 |
| 1.4 拟除虫菊酯类农药的生物降解研究 | 第22-28页 |
| 1.4.1 拟除虫菊酯类农药降解菌的筛选 | 第22-25页 |
| 1.4.2 降解酶及降解基因 | 第25-27页 |
| 1.4.3 降解途径研究 | 第27-28页 |
| 1.5 细菌群体感应系统及其应用 | 第28-32页 |
| 1.5.1 细菌群体感应系统的分类 | 第28-30页 |
| 1.5.1.1 革兰氏阴性菌群体感应系统 | 第29页 |
| 1.5.1.2 革兰氏阳性菌群体感应系统 | 第29-30页 |
| 1.5.2 细菌群体感应系统的应用 | 第30-32页 |
| 1.5.2.1 在病原菌防治上的应用 | 第30-32页 |
| 1.5.2.2 在环境污染物生物降解中的应用 | 第32页 |
| 1.6 选题依据与研究思路 | 第32-34页 |
| 第2章 菌株BSF01降解拟除虫菊酯类农药的特性及其降解条件优化 | 第34-57页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 材料与方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 2.2.1.1 菌株 | 第34页 |
| 2.2.1.2 培养基组成 | 第34-35页 |
| 2.2.1.3 药品与试剂 | 第35页 |
| 2.2.1.3 主要仪器 | 第35页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 2.2.2.1 高效液相色谱法测定拟除虫菊酯类农药残留量 | 第35-36页 |
| 2.2.2.2 拟除虫菊酯类农药标准曲线的制作 | 第36页 |
| 2.2.2.3 添加回收率的测定 | 第36页 |
| 2.2.2.4 菌株BSF01生长与降解高效氯氰菊酯关系的测定 | 第36页 |
| 2.2.2.5 响应曲面法优化BSF01的降解条件 | 第36-37页 |
| 2.2.2.6 BSF01对不同初始浓度高效氯氰菊酯的降解测定 | 第37-38页 |
| 2.2.2.7 BSF01对不同拟除虫菊酯农药的降解动力学 | 第38页 |
| 2.2.2.8 BSF01降解高效氯氰菊酯产物的鉴定及降解途径分析 | 第38-39页 |
| 2.3 结果与分析 | 第39-55页 |
| 2.3.1 供试拟除虫菊酯农药液相色谱图与标准曲线的绘制 | 第39-41页 |
| 2.3.2 添加回收率的测定 | 第41-43页 |
| 2.3.3 菌株BSF01生长与降解高效氯氰菊酯关系曲线 | 第43页 |
| 2.3.4 菌株BSF01降解条件的优化 | 第43-47页 |
| 2.3.5 菌株BSF01对不同初始浓度高效氯氰菊酯的降解测定 | 第47-49页 |
| 2.3.6 菌株BSF01对不同拟除虫菊酯类农药的降解动力学 | 第49-51页 |
| 2.3.7 BSF01降解高效氯氰菊酯产物的鉴定及降解途径分析 | 第51-55页 |
| 2.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 第3章 菌株BSF01降解酶基因的克隆与分析 | 第57-71页 |
| 3.1 引言 | 第57-58页 |
| 3.2 材料与方法 | 第58-64页 |
| 3.2.1 供试材料 | 第58-59页 |
| 3.2.1.1 菌株和质粒 | 第58页 |
| 3.2.1.2 培养基 | 第58页 |
| 3.2.1.3 酶类与试剂（盒） | 第58-59页 |
| 3.2.1.4 主要试剂配制 | 第59页 |
| 3.2.1.5 引物和测序 | 第59页 |
| 3.2.1.6 主要仪器 | 第59页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第59-64页 |
| 3.2.2.1 引物设计 | 第59-60页 |
| 3.2.2.2 降解菌基因组DNA提取 | 第60-61页 |
| 3.2.2.3 ybfK基因扩增与纯化 | 第61-62页 |
| 3.2.2.4 胶回收产物与克隆载体的连接 | 第62页 |
| 3.2.2.5 连接产物的转化与筛选 | 第62-63页 |
| 3.2.2.6 测序结果比对 | 第63页 |
| 3.2.2.7 ybfK基因生物信息学分析 | 第63-64页 |
| 3.2.2.8 阳性重组质粒的降解能力测定 | 第64页 |
| 3.3 结果与分析 | 第64-70页 |
| 3.3.1 BSF01基因组DNA的提取 | 第64-65页 |
| 3.3.2 菌株BSF01 ybf K基因的扩增 | 第65页 |
| 3.3.3 测序结果比对 | 第65-66页 |
| 3.3.4 YbfK蛋白结构分析 | 第66-68页 |
| 3.3.5 YbfK蛋白保守结构域 | 第68-69页 |
| 3.3.6 氨基酸多序列比对分析 | 第69页 |
| 3.3.7 阳性重组质粒的降解能力测定 | 第69-70页 |
| 3.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第4章 降解酶YbfK的原核表达和酶学性质研究 | 第71-88页 |
| 4.1 引言 | 第71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-80页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第71-74页 |
| 4.2.1.1 菌株与质粒 | 第71-72页 |
| 4.2.1.2 培养基 | 第72页 |
| 4.2.1.3 酶类与试剂（盒） | 第72页 |
| 4.2.1.4 主要试剂配制 | 第72-73页 |
| 4.2.1.5 引物和测序 | 第73页 |
| 4.2.1.6 主要仪器 | 第73-74页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第74-80页 |
| 4.2.2.1 引物设计 | 第74页 |
| 4.2.2.2 ybfK基因的扩增 | 第74-75页 |
| 4.2.2.3 目的片段与表达载体的双酶切与连接 | 第75-76页 |
| 4.2.2.4 连接产物的转化 | 第76页 |
| 4.2.2.5 pET-32a(+)-ybfK重组质粒的鉴定 | 第76-77页 |
| 4.2.2.6 YbfK融合蛋白的诱导表达 | 第77页 |
| 4.2.2.7 YbfK融合蛋白的SDS-PAGE分析 | 第77页 |
| 4.2.2.8 YbfK融合蛋白的纯化 | 第77-78页 |
| 4.2.2.9 YbfK蛋白浓度测定 | 第78-79页 |
| 4.2.2.10 YbfK蛋白酶活力测定 | 第79-80页 |
| 4.2.2.11 YbfK蛋白的最适反应底物 | 第80页 |
| 4.2.2.12 温度对YbfK蛋白活力的影响 | 第80页 |
| 4.2.2.13 pH对YbfK蛋白活力的影响 | 第80页 |
| 4.3 结果与分析 | 第80-87页 |
| 4.3.1 ybfK基因的扩增 | 第80-81页 |
| 4.3.2 原核表达载体的构建 | 第81-82页 |
| 4.3.3 阳性重组质粒的PCR和酶切鉴定 | 第82-83页 |
| 4.3.4 YbfK融合蛋白的诱导表达 | 第83-84页 |
| 4.3.5 YbfK融合蛋白的纯化 | 第84-85页 |
| 4.3.6 YbfK蛋白浓度测定 | 第85页 |
| 4.3.7 YbfK蛋白最适反应底物 | 第85-86页 |
| 4.3.8 温度对YbfK蛋白活力的影响 | 第86-87页 |
| 4.3.9 pH对YbfK蛋白活力的影响 | 第87页 |
| 4.4 本章小结 | 第87-88页 |
| 第5章 YbfK蛋白分子模拟及点突变研究 | 第88-101页 |
| 5.1 引言 | 第88页 |
| 5.2 材料与方法 | 第88-92页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第88-89页 |
| 5.2.1.1 YbfK蛋白序列及分子模拟软件 | 第88-89页 |
| 5.2.1.2 其他试剂仪器（略） | 第89页 |
| 5.2.2 实验方法 | 第89-92页 |
| 5.2.2.1 YbfK蛋白同源建模 | 第89页 |
| 5.2.2.2 YbfK与高效氯氰菊酯的分子对接 | 第89页 |
| 5.2.2.3 虚拟氨基酸突变 | 第89-90页 |
| 5.2.2.4 点突变实验设计 | 第90-92页 |
| 5.2.2.5 突变克隆子的功能验证 | 第92页 |
| 5.3 结果与分析 | 第92-100页 |
| 5.3.1 YbfK的同源建模 | 第92-93页 |
| 5.3.2 YbfK三维结构模型的可靠性分析 | 第93-94页 |
| 5.3.3 YbfK与高效氯氰菊酯的分子对接 | 第94-96页 |
| 5.3.4 虚拟氨基酸突变 | 第96-98页 |
| 5.3.5 点突变实验 | 第98-99页 |
| 5.3.6 突变克隆子的功能验证 | 第99-100页 |
| 5.4 本章小结 | 第100-101页 |
| 第6章 群体感应在菌株BSF01降解拟除虫菊酯过程中的作用 | 第101-119页 |
| 6.1 引言 | 第101页 |
| 6.2 材料与方法 | 第101-107页 |
| 6.2.1 供试材料 | 第101-102页 |
| 6.2.1.1 菌株和质粒 | 第101-102页 |
| 6.2.1.2 培养基 | 第102页 |
| 6.2.1.3 酶类与试剂（盒） | 第102页 |
| 6.2.1.4 主要试剂配制 | 第102页 |
| 6.2.1.5 引物和测序 | 第102页 |
| 6.2.1.6 主要仪器 | 第102页 |
| 6.2.2 实验方法 | 第102-107页 |
| 6.2.2.1 引物设计 | 第102-103页 |
| 6.2.2.2 comA基因的克隆与核苷酸序列比对 | 第103页 |
| 6.2.2.3 comA基因生物信息学分析 | 第103页 |
| 6.2.2.4 ComA蛋白原核表达的引物设计 | 第103页 |
| 6.2.2.5 pET-SUMO-com A重组质粒的构建与鉴定 | 第103-104页 |
| 6.2.2.6 ComA融合蛋白的诱导表达 | 第104页 |
| 6.2.2.7 ComA融合蛋白的SDS-PAGE分析 | 第104页 |
| 6.2.2.8 ComA融合蛋白的纯化 | 第104页 |
| 6.2.2.9 ComA蛋白浓度测定 | 第104页 |
| 6.2.2.10 QRT-PCR引物的设计 | 第104页 |
| 6.2.2.11 降解菌BSF01总RNA的提取 | 第104-105页 |
| 6.2.2.12 cDNA第一链的合成 | 第105-106页 |
| 6.2.2.13 QRT-PCR引物扩增效率的测定与标准曲线的绘制 | 第106页 |
| 6.2.2.14 不同处理条件下菌株总RNA的提取及反转录 | 第106页 |
| 6.2.2.15 QRT-PCR反应体系与程序 | 第106-107页 |
| 6.2.2.16 DNA pull-down实验 | 第107页 |
| 6.3 结果与分析 | 第107-118页 |
| 6.3.1 菌株BSF01 comA基因的扩增 | 第107-108页 |
| 6.3.2 测序结果分析 | 第108-110页 |
| 6.3.3 pET-SUMO-comA重组质粒的构建 | 第110-111页 |
| 6.3.4 阳性重组质粒的PCR和双酶切鉴定 | 第111-112页 |
| 6.3.5 ComA融合蛋白的诱导表达 | 第112-113页 |
| 6.3.6 ComA融合蛋白的纯化 | 第113-114页 |
| 6.3.7 菌株BSF01总RNA的提取 | 第114页 |
| 6.3.8 QRT-PCR中各基因标准曲线的绘制 | 第114-115页 |
| 6.3.9 ybfK和comA基因在不同初始浓度高效氯氰菊酯培养下的相对表达量变化 | 第115-116页 |
| 6.3.10 ybfK和comA基因在不同培养时间下的相对表达量变化 | 第116-117页 |
| 6.3.11 DNA pull-down | 第117-118页 |
| 6.4 本章小结 | 第118-119页 |
| 第7章 全文讨论与结论 | 第119-126页 |
| 7.1 讨论 | 第119-124页 |
| 7.1.1 BSF01对拟除虫菊酯类农药的降解特性 | 第119-120页 |
| 7.1.2 BSF01降解高效氯氰菊酯的途径 | 第120-121页 |
| 7.1.3 分子技术在微生物降解中的应用 | 第121-123页 |
| 7.1.3.1 分子生物学技术的应用 | 第121-122页 |
| 7.1.3.2 计算机分子模拟技术的应用 | 第122-123页 |
| 7.1.4 枯草芽孢杆菌QS系统在菊酯类农药微生物降解中的作用 | 第123-124页 |
| 7.2 结论 | 第124-125页 |
| 7.3 本论文的创新之处 | 第125页 |
| 7.4 后续研究展望 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-143页 |
| 附录A DNA pull-down实验探针序列 | 第143-144页 |
| 附录B 攻读博士期间科研成果和获奖情况 | 第144页 |
