| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 转录组学 | 第12-15页 |
| 1.1.1 相关组学的研究概述 | 第12页 |
| 1.1.2 转录组概述 | 第12-14页 |
| 1.1.3 转录组学与比较转录组学 | 第14-15页 |
| 1.2 转录组研究方法 | 第15-23页 |
| 1.2.1 基于杂交技术的DNA微阵列技术 | 第15-16页 |
| 1.2.2 基于Sanger测序法的大规模EST测序 | 第16-17页 |
| 1.2.3 基因表达系列分析(SAGE)技术 | 第17-18页 |
| 1.2.4 大规模平行测序(MPSS)技术 | 第18-19页 |
| 1.2.5 高通量测序技术—RNA-Seq | 第19-23页 |
| 1.3 研究的7个禾本科牧草概述 | 第23-26页 |
| 1.4 本课题研究内容与目的 | 第26-28页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第28-44页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-30页 |
| 2.1.1 实验材料采集 | 第28页 |
| 2.1.2 主要实验仪器 | 第28-29页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第29页 |
| 2.1.4 试剂配制 | 第29-30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-44页 |
| 2.2.1 Total RNA提取 | 第30-31页 |
| 2.2.2 Total RNA样品质量检测 | 第31-32页 |
| 2.2.3 文库构建与测序 | 第32-33页 |
| 2.2.4 转录组测序数据预处理 | 第33-34页 |
| 2.2.5 转录组数据组装、注释 | 第34-36页 |
| 2.2.6 同源基因聚类 | 第36页 |
| 2.2.7 基因家族聚类 | 第36-37页 |
| 2.2.8 系统进化树构建 | 第37-39页 |
| 2.2.9 GO功能分类 | 第39-40页 |
| 2.2.10 分析Unigene的简单序列重复标记 | 第40-41页 |
| 2.2.11 鉴定与环境抗逆性相关的蛋白结构域 | 第41-42页 |
| 2.2.12 鉴定花发育相关的基因 | 第42-44页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第44-62页 |
| 3.1 结果 | 第44-58页 |
| 3.1.1 总RNA样品的质量检测 | 第44-45页 |
| 3.1.2 转录组原始测序数据的统计 | 第45-47页 |
| 3.1.3 七个禾本科牧草转录组的组装结果 | 第47-49页 |
| 3.1.4 牧草转录组的功能注释 | 第49-51页 |
| 3.1.5 通过GO的功能分类 | 第51-53页 |
| 3.1.6 基因家族聚类 | 第53-55页 |
| 3.1.7 构建的七个牧草系统进化树 | 第55页 |
| 3.1.8 牧草的遗传标记SSR分析 | 第55-56页 |
| 3.1.9 与抗逆性相关的蛋白结构域 | 第56-58页 |
| 3.1.10 与植物开花发育相关的基因 | 第58页 |
| 3.2 讨论 | 第58-62页 |
| 第四章 总结和展望 | 第62-66页 |
| 4.1 总结 | 第62-64页 |
| 4.2 展望 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-74页 |
| 附录A 攻读硕士期间发表论文 | 第74页 |