| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 文献综述 | 第19-47页 |
| 1.1 玉米褪绿斑驳病毒简介 | 第19-23页 |
| 1.1.1 玉米褪绿斑驳病毒 | 第19页 |
| 1.1.2 玉米褪绿斑驳病毒基因组结构 | 第19-21页 |
| 1.1.3 玉米褪绿斑驳病毒寄主范围和传播介体 | 第21-23页 |
| 1.2 甘蔗花叶病毒简介 | 第23-24页 |
| 1.2.1 甘蔗花叶病毒分类地位 | 第23页 |
| 1.2.2 甘蔗花叶病毒基因组结构 | 第23-24页 |
| 1.3 病毒间的相互作用 | 第24-28页 |
| 1.3.1 拮抗作用 | 第24-25页 |
| 1.3.2 协同作用 | 第25-28页 |
| 1.4 玉米致死性坏死反应 | 第28-30页 |
| 1.4.1 玉米致死性坏死反应简介 | 第28-29页 |
| 1.4.2 目前有关玉米致死性坏死病发生机制的研究 | 第29-30页 |
| 1.5 蛋白质组技术 | 第30-38页 |
| 1.5.1 iTRAQ技术 | 第30页 |
| 1.5.2 iTRAQ技术原理 | 第30-32页 |
| 1.5.3 iTRAQ数据的生物信息学分析 | 第32-34页 |
| 1.5.4 蛋白质组技术在玉米与病原物互作研究中的应用 | 第34-37页 |
| 1.5.5 病毒诱导的基因沉默与蛋白功能研究 | 第37-38页 |
| 1.6 单独侵染和协同侵染中病毒群体变异研究 | 第38-40页 |
| 1.6.1 RNA病毒以突变体群体形式存在 | 第38-39页 |
| 1.6.2 植物病毒突变体群体研究进展 | 第39-40页 |
| 1.6.3 二代高通量测序研究病毒群体变异 | 第40页 |
| 1.7 RNA沉默及病毒编码的RNA沉默抑制子 | 第40-47页 |
| 1.7.1 RNA沉默概述 | 第40-43页 |
| 1.7.2 RNA沉默与植物抗病毒侵染 | 第43页 |
| 1.7.3 病毒编码的RNA沉默抑制子及抑制RNA沉默的机理 | 第43-47页 |
| 1.7.3.1 抑制dsRNA识别和siRNAs产生 | 第44-45页 |
| 1.7.3.2 阻止RISC组装 | 第45-46页 |
| 1.7.3.3 抑制沉默信号的传导 | 第46-47页 |
| 2 实验方法 | 第47-60页 |
| 2.1 常用培养基配制方法 | 第47页 |
| 2.1.1 LB培养基配制 | 第47页 |
| 2.1.2 YEP培养基 | 第47页 |
| 2.1.3 抗生素使用浓度 | 第47页 |
| 2.2 常规分子生物学技术 | 第47-54页 |
| 2.2.1 cDNA制备 | 第47-49页 |
| 2.2.1.1 特异引物反转录制备cDNA | 第47-48页 |
| 2.2.1.2 RNA反转录制备cDNA | 第48-49页 |
| 2.2.2 PCR | 第49-50页 |
| 2.2.3 PCR产物纯化与回收 | 第50页 |
| 2.2.4 酶切与连接 | 第50-52页 |
| 2.2.5 感受态细胞制备 | 第52-53页 |
| 2.2.5.1 大肠杆菌感受态细胞制备 | 第52页 |
| 2.2.5.2 根癌农杆菌感受态制备 | 第52-53页 |
| 2.2.6 小量质粒提取 | 第53页 |
| 2.2.7 转化 | 第53-54页 |
| 2.3 分子杂交技术 | 第54-58页 |
| 2.3.1 Northern blot | 第54-57页 |
| 2.3.2 Western blot | 第57-58页 |
| 2.4 其他技术 | 第58-60页 |
| 3 iTRAQ分析MCMV侵染玉米后差异表达的蛋白 | 第60-110页 |
| 3.1 材料方法 | 第60-64页 |
| 3.1.1 材料 | 第60页 |
| 3.1.2 MCMV摩檫接种B73 | 第60页 |
| 3.1.3 样品采取 | 第60-61页 |
| 3.1.4 蛋白质提取过程(TCA丙酮沉淀法) | 第61页 |
| 3.1.5 蛋白质浓度测定 | 第61-62页 |
| 3.1.6 电泳与提取蛋白质质量判定 | 第62页 |
| 3.1.7 蛋白质酶解 | 第62页 |
| 3.1.8 Itraq标记 | 第62页 |
| 3.1.9 SCX柱液相分离 | 第62-63页 |
| 3.1.10 基于Triple TOF 5600的LC-ESI-MSMS分析 | 第63-64页 |
| 3.2 生物信息分析 | 第64-69页 |
| 3.2.1 原始质谱数据 | 第64-65页 |
| 3.2.2 Mascot搜索 | 第65页 |
| 3.2.3 蛋白质定量 | 第65页 |
| 3.2.4 蛋白功能鉴定和注释 | 第65-66页 |
| 3.2.5 荧光定量PCR (qRT-PCR)验证差异表达蛋白 | 第66-67页 |
| 3.2.6 VIGS载体构建及病毒检测 | 第67-69页 |
| 3.3 结果分析 | 第69-107页 |
| 3.3.1 MCMV在B73上引起的症状及病毒检测 | 第69-70页 |
| 3.3.2 iTRAQ技术鉴定响应MCMV侵染的寄主因子 | 第70-90页 |
| 3.3.2.1 蛋白提取及定量 | 第70-71页 |
| 3.3.2.2 iTRAQ技术鉴定蛋白 | 第71-75页 |
| 3.3.2.2.1 基本鉴定信息 | 第71-72页 |
| 3.3.2.2.2 蛋白质的相对质量分布 | 第72页 |
| 3.3.2.2.3 肽段序列长度分布 | 第72-73页 |
| 3.3.2.2.4 蛋白序列覆盖度分析 | 第73-74页 |
| 3.3.2.2.5 Unique肽段数量分布 | 第74-75页 |
| 3.3.2.3 iTRAQ技术鉴定差异表达蛋白 | 第75-85页 |
| 3.3.2.3.1 差异表达蛋白重复性分析 | 第80-81页 |
| 3.3.2.3.2 差异表达蛋白转录水平表达量分析 | 第81-85页 |
| 3.3.2.4 差异表达蛋白的GO功能注释和富集分析 | 第85-89页 |
| 3.3.2.5 差异表达蛋白的KEGG pathway注释和富集分析 | 第89-90页 |
| 3.3.3 MCMV侵染后激活核糖体通路 | 第90-92页 |
| 3.3.4 MCMV对寄主光合作用的影响 | 第92-96页 |
| 3.3.5 VIGS沉默若干差异表达蛋白对MCMV的影响 | 第96-107页 |
| 3.3.5.1 沉默蛋白质二硫键异构酶(PDIL1-1)抑制MCMV积累 | 第96-100页 |
| 3.3.5.2 降低过氧化物还原酶(PRX5)表达水平抑制MCMV积累 | 第100-103页 |
| 3.3.5.3 降低蔗糖合酶(SUS1)表达水平对MCMV没有显著影响 | 第103-107页 |
| 3.4 讨论 | 第107-110页 |
| 4 iTRAQ技术分析MLND相关寄主因子 | 第110-142页 |
| 4.1 材料方法 | 第110页 |
| 4.2 结果分析 | 第110-140页 |
| 4.2.1 MCMV与SCMV协同侵染引起MLND | 第110-111页 |
| 4.2.2 MCMV与SCMV协同侵染增加MCMV积累量 | 第111-113页 |
| 4.2.3 iTRAQ定量技术分析MLND相关寄主因子 | 第113-123页 |
| 4.2.3.1 蛋白提取及定量 | 第113-114页 |
| 4.2.3.2 协同侵染与MCMV单独侵染相比差异表达蛋白鉴定 | 第114-118页 |
| 4.2.3.3 差异表达蛋白转录水平分析 | 第118-119页 |
| 4.2.3.4 差异表达蛋白的功能注释 | 第119-123页 |
| 4.2.3.4.1 GO功能注释及富集分析 | 第119-122页 |
| 4.2.3.4.2 KEGG pathway注释及富集分析 | 第122-123页 |
| 4.2.4 协同侵染中差异表达蛋白在TCA循环通路极显著富集 | 第123-125页 |
| 4.2.5 y-氨基丁酸(GABA)代谢途径限速酶的表达量显著上调 | 第125-126页 |
| 4.2.6 植物激素相关途径与MLND | 第126-130页 |
| 4.2.7 磷酸盐同化途径在MLND形成中的作用研究 | 第130-140页 |
| 4.2.7.1 沉默磷转运蛋白(ZmPHT3;3/4)抑制MLND的形成 | 第130-135页 |
| 4.2.7.2 降低酸性磷酸酶(ZmPAP)表达量促进MLND的形成 | 第135-140页 |
| 4.3 讨论 | 第140-142页 |
| 5 协同侵染对MCMV和SCMV分子变异的影响 | 第142-166页 |
| 5.1 材料方法 | 第142-145页 |
| 5.1.1 材料 | 第142页 |
| 5.1.2 病毒接种与样品采取 | 第142-143页 |
| 5.1.3 RNA提取与质量检测 | 第143页 |
| 5.1.4 文库构建 | 第143-144页 |
| 5.1.5 生物信息分析 | 第144-145页 |
| 5.2 结果分析 | 第145-164页 |
| 5.2.1 连续传代对病毒致病力的影响 | 第145-147页 |
| 5.2.2 高通量测序质量评估 | 第147-148页 |
| 5.2.3 分析匹配MCMV和SCMV基因组的序列 | 第148-150页 |
| 5.2.3.1 测序深度及测序深度沿病毒基因组的分布 | 第148-150页 |
| 5.2.3.2 MCMV和SCMV参考基因组的获得 | 第150页 |
| 5.2.4 连续传代对MCMV单核苷酸多态性影响 | 第150-152页 |
| 5.2.5 连续传代对SCMV单核苷酸多态性影响 | 第152-153页 |
| 5.2.6 协同侵染对各个病毒单核苷酸多态性的影响 | 第153-157页 |
| 5.2.7 MCMV和SCMV碱基替换趋势统计 | 第157-159页 |
| 5.2.7.1 M1、M9、MS1、MS9中MCMV的碱基替换趋势 | 第157-158页 |
| 5.2.7.2 S1、S9、MS1、MS9中SCMV的碱基替换趋势 | 第158-159页 |
| 5.2.8 MCMV和SCMV单核苷酸多态性统计 | 第159-164页 |
| 5.2.8.1 M1、M9和MS1、MS9中MCMV的单核苷酸突变 | 第159-162页 |
| 5.2.8.2 S1、S9和MS1、MS9中SCMV的单核苷酸突变 | 第162-164页 |
| 5.3 讨论 | 第164-166页 |
| 6 MCMV编码RNA沉默抑制子鉴定 | 第166-186页 |
| 6.1 材料方法 | 第166-172页 |
| 6.1.1 材料 | 第166页 |
| 6.1.2 载体构建 | 第166-168页 |
| 6.1.2.1 病毒基因克隆 | 第166页 |
| 6.1.2.2 基因沉默抑制子鉴定和亚细胞定位载体构建 | 第166-168页 |
| 6.1.2.3 双分子荧光互补实验(BiFC)载体构建 | 第168页 |
| 6.1.2.4 酵母双杂交载体和pgR106过表达载体构建 | 第168页 |
| 6.1.3 农杆菌瞬时表达沉默诱导体系的建立 | 第168-170页 |
| 6.1.3.1 农杆菌浸润前处理 | 第168页 |
| 6.1.3.2 瞬时表达载体在本氏烟上的表达 | 第168-169页 |
| 6.1.3.3 GFP荧光观察和拍照 | 第169-170页 |
| 6.1.4 系统沉默体系的建立 | 第170页 |
| 6.1.4.1 接种方法 | 第170页 |
| 6.1.4.2 结果观察 | 第170页 |
| 6.1.5 沉默信号传导试验 | 第170-171页 |
| 6.1.6 SDS-PAGE电泳和Western blot分析 | 第171-172页 |
| 6.1.6.1 植物可溶性蛋白样品的制备 | 第171页 |
| 6.1.6.2 SDS-PAGE电泳 | 第171页 |
| 6.1.6.3 Westhern blot分析 | 第171页 |
| 6.1.6.4 Northern blot分析 | 第171-172页 |
| 6.1.6.4.1 RNA定量 | 第171页 |
| 6.1.6.4.2 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳及Northern blot转膜 | 第171页 |
| 6.1.6.4.3 GFP探针标记 | 第171-172页 |
| 6.1.6.4.4 Northern blot印记杂交 | 第172页 |
| 6.2 结果分析 | 第172-184页 |
| 6.2.1 P7a和CP能抑制由sGFP诱发的局部基因沉默 | 第172-174页 |
| 6.2.2 P7a、CP可以抑制系统沉默 | 第174-175页 |
| 6.2.3 P7a、CP可以抑制系统沉默信号的传导 | 第175-177页 |
| 6.2.4 P7a、CP抑制由dsGFP诱发的局部基因沉默的能力 | 第177-178页 |
| 6.2.5 P7a、CP与本氏烟RDR6和SGS3互作关系 | 第178-183页 |
| 6.2.5.1 P7a、CP与RDR6和SGS3在酵母中不存在互作关系 | 第179-180页 |
| 6.2.5.2 BiFC验证P7a、CP与SGS3的互作 | 第180-183页 |
| 6.2.6 P7a、CP的亚细胞定位 | 第183页 |
| 6.2.7 过表达P7a、CP不能加重PVX症状 | 第183-184页 |
| 6.3 讨论 | 第184-186页 |
| 全文总结 | 第186-188页 |
| 参考文献 | 第188-218页 |
| 附录Ⅰ 本论文所用缩略词及中英文对照 | 第218-221页 |
| 附录Ⅱ 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第221-223页 |
| 附录Ⅲ 常用缓冲液及培养基配方 | 第223-230页 |
| 附录Ⅳ 已发表论文 | 第230页 |
