| Abstract | 第4-5页 |
| 摘要 | 第6-14页 |
| Abbreviations | 第14-16页 |
| Chapter 1. Literature review | 第16-33页 |
| 1.1. Global warming | 第16-18页 |
| 1.2. Ruminants,rumen and rumen microbes | 第18-20页 |
| 1.3. Rumen methanogens and methanogenesis | 第20-23页 |
| 1.4. Culturing rumen methanogens | 第23-24页 |
| 1.5. Identification of rumen methanogens | 第24-26页 |
| 1.5.1 16S ribosomal rRNA gene sequencing analysis | 第25页 |
| 1.5.2 mcrA gene clone libraries | 第25-26页 |
| 1.5.3 Denaturing gradient gel electrophoresis | 第26页 |
| 1.5.4 Fluorescent in situ hybridization (FISH) | 第26页 |
| 1.6. Research advances in Methanogen genomes | 第26-31页 |
| 1.7. Research Aims | 第31-33页 |
| Chapter 2,Part a. Characterization and comparison of ruminal methanogen communitybetween buffalo and Jersey cow | 第33-46页 |
| 2.1a. Introduction | 第33-35页 |
| 2.2a. Materials and Methods | 第35-38页 |
| 2.2.1a. Experimental animals and their feeding | 第35-36页 |
| 2.2.2a. Rumen fluid collection, analysis and DNA extraction | 第36页 |
| 2.2.3a. Quantitative real-time PCR analysis | 第36-37页 |
| 2.2.4a. High-throughput sequencing for microbial community analysis | 第37-38页 |
| 2.2.5a. Statistical analysis of data | 第38页 |
| 2.3a. Results | 第38-42页 |
| 2.3.1a. Rumen methanogen population and community composition | 第38-42页 |
| 2.4a. Discussion | 第42-45页 |
| 2.5. Conclusion | 第45-46页 |
| Chapter 2, part b. Methanogen community of buffalo differently influenced by four typicalsubtropical forages in vitro | 第46-56页 |
| 2.1b. Introduction | 第46-47页 |
| 2.2b. Materials and methods | 第47-50页 |
| 2.2.1b. Rumen inoculum donors and their ration | 第47页 |
| 2.2.2b. Substrates and their nutritional composition analysis | 第47-48页 |
| 2.2.3b. In vitro fermentation, gas production and sampling | 第48-49页 |
| 2.2.4b. DNA extraction and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) | 第49页 |
| 2.2.5b. High throughput sequencing and bioinformatics analysis | 第49-50页 |
| 2.2.6b. Statistical analysis | 第50页 |
| 2.3b. Results | 第50-53页 |
| 2.3.1b. Effects of substrates on gas production and rumen methanogen population | 第50-51页 |
| 2.3.2b. Effects of substrates on ruminal methanogen community | 第51-53页 |
| 2.4b. Discussion | 第53-55页 |
| 2.5b. Conclusion | 第55-56页 |
| Chapter 3. Isolation and Characterization of methanogens from buffalo rumen | 第56-80页 |
| 3.1. Introduction | 第56-57页 |
| 3.2. Materials and methods | 第57-66页 |
| 3.2.1. Source of inoculation | 第57页 |
| 3.2.2. Media | 第57-62页 |
| 3.2.2.1. BY medium | 第57-58页 |
| 3.2.2.2. Salt solution A | 第58页 |
| 3.2.2.3. Salt solution B | 第58页 |
| 3.2.2.4. Centrifuged rumen fluid | 第58-59页 |
| 3.2.2.5. Resazurin solution | 第59页 |
| 3.2.2.6. Optional additives | 第59-60页 |
| 3.2.2.6.1. Selenite/tungstate solution | 第59页 |
| 3.2.2.6.2. Trace element solution SL10 | 第59-60页 |
| 3.2.2.7. Agar media | 第60页 |
| 3.2.2.8. RM02 medium | 第60-61页 |
| 3.2.2.9. Media additives | 第61-62页 |
| 3.2.2.9.1. Vitamin 10 concentrate | 第61页 |
| 3.2.2.9.2. Substrate solutions | 第61-62页 |
| 3.2.2.9.3. Antibiotic solutions | 第62页 |
| 3.2.3. Inoculation, enrichment and serial dilutions of cultures | 第62-63页 |
| 3.2.4. Isolation of methanogen colonies | 第63页 |
| 3.2.5. Purification of cultures and conformation of purity | 第63-64页 |
| 3.2.6. Characterization of the cultures | 第64-66页 |
| 3.2.6.1. Physiological characterization | 第64页 |
| 3.2.6.2. Gram staining and microscopic characterization | 第64-65页 |
| 3.2.6.3. Substrate and pH characterization | 第65页 |
| 3.2.6.4. Molecular characterization | 第65-66页 |
| 3.2.6.4.1. DNA Extraction and PCR | 第65页 |
| 3.2.6.4.2. Phylogenetic and sequencing analysis | 第65-66页 |
| 3.3. Results | 第66-76页 |
| 3.3.1. Culture1 | 第66-70页 |
| 3.3.1.1. Microscopic characterization | 第67页 |
| 3.3.1.2. Substrate utilization and growth | 第67-68页 |
| 3.3.1.3. P~H Characterization | 第68页 |
| 3.3.1.4. Purified culture | 第68-69页 |
| 3.3.1.5. Phylogenetic tree | 第69-70页 |
| 3.3.2. Culture2 | 第70-73页 |
| 3.3.2.1. Microscopic characterization | 第70-71页 |
| 3.3.2.2. Substrate utilization and growth | 第71页 |
| 3.3.2.3. P~H characterization | 第71-72页 |
| 3.3.2.4. Purified culture | 第72页 |
| 3.3.2.5. Phylogenetic tree | 第72-73页 |
| 3.3.3. Culture3 | 第73-76页 |
| 3.3.3.1. Microscopic characterization | 第73-74页 |
| 3.3.3.2. Substrate utilization and growth | 第74页 |
| 3.3.3.3. P~H characterization | 第74-75页 |
| 3.3.3.4. Purified culture | 第75页 |
| 3.3.3.5. Phylogenetic tree | 第75-76页 |
| 3.4. Discussion | 第76-80页 |
| 3.4.1. Culture1 | 第77-78页 |
| 3.4.2. Culture2 | 第78页 |
| 3.4.3. Culture3 | 第78-79页 |
| 3.4.4. Conclusion | 第79-80页 |
| Chapter 4. Complete genome sequence of Methanoculleus sp. starin Wasimlinii isolatedform the buffalo rumen | 第80-91页 |
| 4.1. Introduction | 第80页 |
| 4.2. Materials and methods | 第80-82页 |
| 4.2.1 Growth conditions and genomic DNA preparation | 第80-81页 |
| 4.2.2. Genome sequencing and annotation information | 第81页 |
| 4.2.3. Genome sequencing and assembly | 第81页 |
| 4.2.4. Genome Annotation | 第81-82页 |
| 4.3. Results and Discussion | 第82-90页 |
| 4.3.1. Organism information | 第82-83页 |
| 4.3.1.1. Classification and feature | 第82-83页 |
| 4.3.2. Genome sequencing and assembly | 第83-84页 |
| 4.3.3. Genome properties | 第84-90页 |
| 4.4. Conclusion | 第90-91页 |
| Chapter 5.Thesis conclusion | 第91-92页 |
| 5.1. Thesis conclusion | 第91页 |
| 5.2. Novel findings | 第91-92页 |
| References | 第92-112页 |
| Acknowledgement | 第112-113页 |
| Published Resaerch articles | 第113页 |
