| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-41页 |
| 1.1 引言 | 第15-17页 |
| 1.2 质谱与蛋白质组学 | 第17-38页 |
| 1.2.1 肽段和蛋白质 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基于质谱的蛋白质组学实验策略 | 第19-20页 |
| 1.2.3 蛋白质组实验技术 | 第20-28页 |
| 1.2.4 质谱数据的特点 | 第28-30页 |
| 1.2.5 蛋白质组学质谱数据解析研究现状 | 第30-38页 |
| 1.3 论文主要研究内容和创新点 | 第38-39页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第39-41页 |
| 第二章 肽段同位素峰的基本特性研究 | 第41-63页 |
| 2.1 引言 | 第41-43页 |
| 2.2 实验数据集 | 第43页 |
| 2.3 单个同位素峰的基本特性 | 第43-54页 |
| 2.3.1 数据提取 | 第43-45页 |
| 2.3.2 峰宽分析 | 第45-50页 |
| 2.3.3 峰形拟合 | 第50-53页 |
| 2.3.4 丰度指标 | 第53-54页 |
| 2.4 肽段同位素峰簇的基本特性 | 第54-61页 |
| 2.4.1 理论分布计算 | 第55-56页 |
| 2.4.2 数据提取 | 第56-58页 |
| 2.4.3 组成分析 | 第58-61页 |
| 2.4.4 丰度指标与肽段同位素峰分布 | 第61页 |
| 2.5 小结 | 第61-63页 |
| 第三章 肽段同位素峰丰度分布误差研究 | 第63-79页 |
| 3.1 引言 | 第63-64页 |
| 3.2 实验数据集及数据处理 | 第64-65页 |
| 3.3 丰度分布误差的定义 | 第65-67页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第67-78页 |
| 3.4.1 误差模型的比较 | 第67-70页 |
| 3.4.2 异常值对误差分布的影响 | 第70-72页 |
| 3.4.3 局部平均误差分布 | 第72-74页 |
| 3.4.4 丰度误差的分布特性 | 第74-76页 |
| 3.4.5 误差分布的相关性分析 | 第76-78页 |
| 3.5 小结 | 第78-79页 |
| 第四章 肽段同位素峰丰度误差校正及其应用 | 第79-89页 |
| 4.1 序言 | 第79-80页 |
| 4.2 丰度误差校正算法 | 第80-82页 |
| 4.2.1 基于归一化比值的校正算法 | 第80页 |
| 4.2.2 基于多元线性回归的迭代校正算法 | 第80-82页 |
| 4.3 实验数据集及数据处理 | 第82-83页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第83-87页 |
| 4.4.1 两种校正算法的误差校正评估 | 第83-85页 |
| 4.4.2 两种校正算法的定量应用评估 | 第85-87页 |
| 4.5 小结 | 第87-89页 |
| 第五章 一种改进的泛素/类泛素修饰位点鉴定工作流 | 第89-105页 |
| 5.1 序言 | 第89-90页 |
| 5.2 对ChopNSpice方法的改进 | 第90-96页 |
| 5.2.1 ChopNSpice的基本原理及不足 | 第90-92页 |
| 5.2.2 X!Tandem的基本原理及优势 | 第92-94页 |
| 5.2.3 改进的Ub/Ubl修饰位点鉴定工作流 | 第94-96页 |
| 5.3 实验数据集及数据处理 | 第96-98页 |
| 5.3.1 实验数据集 | 第96-97页 |
| 5.3.2 数据处理方法 | 第97-98页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第98-102页 |
| 5.4.1 在Raught标准图谱库上的评估 | 第98-100页 |
| 5.4.2 在TcSUMO修饰数据集的评估 | 第100-102页 |
| 5.5 小结 | 第102-105页 |
| 第六章 改进的工作流在FAT10 修饰数据上的应用 | 第105-115页 |
| 6.1 序言 | 第105-106页 |
| 6.2 实验数据描述及数据处理 | 第106-107页 |
| 6.2.1 实验数据描述 | 第106页 |
| 6.2.2 数据处理方法 | 第106-107页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第107-113页 |
| 6.3.1 FAT10 靶标蛋白质鉴定 | 第107-109页 |
| 6.3.2 靶标蛋白质的功能分析 | 第109-110页 |
| 6.3.3 FAT10 修饰位点鉴定 | 第110-113页 |
| 6.4 小结 | 第113-115页 |
| 第7章 总结与展望 | 第115-119页 |
| 7.1 论文工作总结 | 第115-117页 |
| 7.2 未来工作展望 | 第117-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-134页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第134-136页 |