| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 英文缩写及中英文对照表 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-20页 |
| 1.1 长链非编码RNA的发现、来源及研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2 LncRNA的定义及特征 | 第12-13页 |
| 1.3 LncRNA的作用方式 | 第13页 |
| 1.4 LncRNA在植物中的功能 | 第13-16页 |
| 1.4.1 LncRNA参与调控植物的生长发育和生殖发育 | 第13-14页 |
| 1.4.2 LncRNA参与调控植物激素信号转导 | 第14-15页 |
| 1.4.3 LncRNA参与调控植株响应外界胁迫 | 第15-16页 |
| 1.5 LncRNA的研究方法 | 第16-17页 |
| 1.5.1 基于EST鉴定lncRNA | 第16页 |
| 1.5.2 基于cDNA测序方法鉴定lncRNA | 第16页 |
| 1.5.3 RNA-seq测序鉴定lncRNA | 第16-17页 |
| 1.5.4 基于特征的计算机预测 | 第17页 |
| 1.6 LncRNA数据库 | 第17-18页 |
| 1.7 银杏叶片非编码RNA的研究情况 | 第18-19页 |
| 1.8 本研究的目的与意义 | 第19-20页 |
| 第二章 银杏叶片发育长链非编码RNA的鉴定和分析 | 第20-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-28页 |
| 2.1.1植物材料 | 第20页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器 | 第20页 |
| 2.1.3 RNA提取和检测 | 第20-22页 |
| 2.1.4 文库制备与基因组测序及质控 | 第22-23页 |
| 2.1.5 拼接组装、注释 | 第23页 |
| 2.1.6 候选lncRNA的筛选 | 第23-24页 |
| 2.1.7 功能分析 | 第24页 |
| 2.1.8 LncRNA-miRNA- mRNA网络的构建相互作用研究 | 第24页 |
| 2.1.9 序列验证实验方法 | 第24-27页 |
| 2.1.10 实时荧光定量PCR | 第27-28页 |
| 2.2 结果与分析 | 第28-43页 |
| 2.2.1 新的lncRNA的鉴定 | 第28-32页 |
| 2.2.2 LncRNA的筛选 | 第32-34页 |
| 2.2.3 LncRNA基本特征分析 | 第34-36页 |
| 2.2.4 LncRNA功能注释分析 | 第36-39页 |
| 2.2.5 LncRNA作为miRNA靶基因或前体 | 第39-41页 |
| 2.2.6 LncRNA组织和发育阶段特异性 | 第41-43页 |
| 2.3 讨论 | 第43-47页 |
| 2.3.1 LncRNA预测流程的可行性分析 | 第43-44页 |
| 2.3.2 LncRNA特征分析 | 第44页 |
| 2.3.3 LncRNA功能分析 | 第44-46页 |
| 2.3.4 LncRNA组织特异性 | 第46-47页 |
| 第三章 银杏叶色变化过程中的长链非编码RNA的鉴定和分析 | 第47-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第47-49页 |
| 3.1.1 转录组测序和数据处理 | 第47页 |
| 3.1.2 利用生物信息学方法进行lncRNA筛选 | 第47-48页 |
| 3.1.3 银杏lncRNA的特征分析 | 第48-49页 |
| 3.1.4 LncRNA的靶基因预测 | 第49页 |
| 3.1.5 差异lncRNA的鉴定、功能分析 | 第49页 |
| 3.2 结果与分析 | 第49-58页 |
| 3.2.1 银杏叶片转色期lncRNA的筛选 | 第49-51页 |
| 3.2.2 LncRNA的长度和外显子个数分布 | 第51-52页 |
| 3.2.3 差异lncRNA的表达特点 | 第52-54页 |
| 3.2.4 差异lncRNA靶基因KEGG富集分析 | 第54-57页 |
| 3.2.5 银杏lncRNA的靶基因预测、GO功能注释 | 第57-58页 |
| 3.3 讨论 | 第58-61页 |
| 3.3.1 基于转录组数据进行lncRNA鉴定 | 第58-59页 |
| 3.3.2 测序获得的lncRNA的可信度 | 第59页 |
| 3.3.3 LncRNA参与银杏叶片的生长发育 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第72-73页 |
