| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第15-35页 |
| 第一节 肝癌及其风险因子 | 第15-20页 |
| 1.1.1 肝癌概述 | 第15-17页 |
| 1.1.2 肝癌的风险因子 | 第17-19页 |
| 1.1.3 肝癌的监控和治疗 | 第19-20页 |
| 第二节 候选基因病例对照研究和荟萃分析 | 第20-24页 |
| 1.2.1 候选基因病例对照研究 | 第20-21页 |
| 1.2.2 荟萃分析 | 第21-23页 |
| 1.2.3 系统评价 | 第23-24页 |
| 第三节 全基因组关联分析以及非编码区和调控区对疾病的影响 | 第24-28页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析 | 第24-25页 |
| 1.3.2 非编码区和调控区对疾病的影响 | 第25-26页 |
| 1.3.3 功能基因组数据库 | 第26-28页 |
| 第四节 DNA测序技术及其在癌症中的应用 | 第28-33页 |
| 1.4.1 DNA测序技术 | 第28-30页 |
| 1.4.2 DNA测序技术在癌症中的应用 | 第30-33页 |
| 第五节 本论文的研究目的及研究方法 | 第33-35页 |
| 第二章 肝癌遗传突变的荟萃分析和系统评价 | 第35-59页 |
| 第一节 研究背景 | 第35-37页 |
| 第二节 材料和方法 | 第37-41页 |
| 2.2.1 文献收集和筛选 | 第37页 |
| 2.2.2 数据提取 | 第37-38页 |
| 2.2.3 数据统计分析 | 第38-39页 |
| 2.2.4 累积流行病学证据的评估 | 第39页 |
| 2.2.5 HCCdb数据库构建 | 第39-41页 |
| 第三节 结果 | 第41-57页 |
| 2.3.1 有效数据统计 | 第41-42页 |
| 2.3.2 69 个位点的荟萃分析 | 第42-50页 |
| 2.3.3 系统评价和比较分析 | 第50-52页 |
| 2.3.4 HCCdb——肝癌易感位点数据库 | 第52-57页 |
| 第四节 讨论 | 第57-59页 |
| 第三章 肝癌风险SNP的功能注释 | 第59-82页 |
| 第一节 研究背景 | 第59-63页 |
| 第二节 材料与方法 | 第63-70页 |
| 3.2.1 肝癌全基因组关联研究位点检索 | 第63-65页 |
| 3.2.2 LD的计算与突变集合富集分析 | 第65页 |
| 3.2.3 基因组特征区域的获取 | 第65-68页 |
| 3.2.4 表达数据的获取和计算 | 第68-70页 |
| 第三节 结果 | 第70-80页 |
| 3.3.1 肝癌tag-SNPLD的计算和富集分析 | 第70-72页 |
| 3.3.2 肝癌风险SNP在基因组结构区的注释 | 第72-74页 |
| 3.3.3 远距离调控原件中的肝癌相关风险SNP | 第74-77页 |
| 3.3.4 转录因子结合位点中的肝癌相关风险SNP | 第77-80页 |
| 第四节 讨论 | 第80-82页 |
| 第四章 肝母细胞瘤全外显子组测序和分析 | 第82-112页 |
| 第一节 研究背景 | 第82-84页 |
| 第二节 材料与方法 | 第84-89页 |
| 4.2.1 样本取得和准备 | 第84页 |
| 4.2.2 样本的处理和外显子组测序 | 第84-85页 |
| 4.2.3 外显子组数据处理和突变预测 | 第85-87页 |
| 4.2.4 突变基因功能注释和通路注释 | 第87页 |
| 4.2.5 染色体重排检测 | 第87页 |
| 4.2.6 基于外显子组的生殖细胞突变的鉴定 | 第87-89页 |
| 第三节 结果 | 第89-110页 |
| 4.3.1 20 对肝母细胞瘤的全外显子组测序 | 第89-94页 |
| 4.3.2 肝母细胞瘤的突变统计 | 第94-96页 |
| 4.3.3 肝母细胞瘤中的高频突变基因 | 第96-103页 |
| 4.3.4 肝母细胞瘤的结构变异 | 第103-106页 |
| 4.3.5 肝母细胞瘤的生殖细胞突变结果 | 第106-107页 |
| 4.3.6 肝母细胞瘤相关基因的功能富集和信号通路注释 | 第107-110页 |
| 第四节 讨论 | 第110-112页 |
| 第五章 结论与展望 | 第112-116页 |
| 第一节 结论 | 第112-114页 |
| 第二节 展望 | 第114-116页 |
| 附录一 | 第116-129页 |
| 附录二 缩写语表 | 第129-130页 |
| 附录三 在学期间所发表的学术论文 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-159页 |
| 致谢 | 第159页 |
