| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1.前言 | 第14-20页 |
| 1.1 lncRNA的研究进展及应用 | 第14-16页 |
| 1.1.1 lncRNA的发现 | 第14-15页 |
| 1.1.2 lncRNA的作用机制 | 第15页 |
| 1.1.3 lncRNA在病毒感染中的调控 | 第15-16页 |
| 1.1.4 lncRNA与肿瘤发生 | 第16页 |
| 1.2 lncRNA的研究展望 | 第16-17页 |
| 1.3 沙门氏菌病研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.1 肠炎沙门氏菌的致病机制 | 第17页 |
| 1.3.2 鸡肠炎沙门氏菌的诊断方法 | 第17-18页 |
| 1.3.3 鸡肠炎沙门氏菌病主要的防治技术 | 第18页 |
| 1.3.4 肠炎沙门氏菌的致病性及公共卫生学意义 | 第18页 |
| 1.4 抗病遗传育种研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4.1 抗病育种的意义 | 第18页 |
| 1.4.2 抗病性的遗传基础 | 第18-19页 |
| 1.4.3 家禽遗传育种途径 | 第19页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 2.试验材料与方法 | 第20-28页 |
| 2.1 试验材料 | 第20-21页 |
| 2.1.1 试验菌种 | 第20页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第20页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第20页 |
| 2.1.4 主要数据库和生物分析软件 | 第20-21页 |
| 2.2 试验方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 菌种复苏 | 第21页 |
| 2.2.2 SE的培养和菌液制备 | 第21-22页 |
| 2.2.3 接种试验及动物样品采集 | 第22页 |
| 2.2.4 盲肠内肠炎沙门氏菌的含菌量统计 | 第22页 |
| 2.2.5 组织总RNA提取 | 第22-23页 |
| 2.2.6 总RNA的质量检测 | 第23页 |
| 2.3 试验样品测序 | 第23-24页 |
| 2.3.1 文库构建 | 第23页 |
| 2.3.2 Hisep2000测序 | 第23-24页 |
| 2.4 测序数据分析 | 第24-26页 |
| 2.4.1 数据预处理 | 第24页 |
| 2.4.2 基因组比对 | 第24页 |
| 2.4.3 基因表达水平定量 | 第24页 |
| 2.4.4 差异基因筛选 | 第24页 |
| 2.4.5 差异表达基因及lncRNA靶基因的GO富集分析 | 第24-25页 |
| 2.4.6 差异表达基因及lncRNA靶基因的KEGG富集分析 | 第25页 |
| 2.4.7 lncRNA表达差异分析 | 第25页 |
| 2.4.8 差异lncRNA的筛选 | 第25页 |
| 2.4.9 lncRNA靶基因的预测 | 第25页 |
| 2.4.10 lncRNA与mRNA共表达分析 | 第25-26页 |
| 2.5 差异表达的lncRNA的qRT-PCR验证 | 第26-28页 |
| 2.5.1 总RNA反转录 | 第26-27页 |
| 2.5.2 荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第27-28页 |
| 3.结果与分析 | 第28-54页 |
| 3.1 RNA质量检测 | 第28页 |
| 3.2 lncRNA测序及数据生物信息学分析 | 第28-30页 |
| 3.2.1 核糖体RNA的去除 | 第28-30页 |
| 3.2.2 Reads分布 | 第30页 |
| 3.3 差异基因的筛选与分布 | 第30-31页 |
| 3.4 差异表达基因的KEGG分析 | 第31-32页 |
| 3.5 差异基因的GO分析 | 第32-37页 |
| 3.6 上下调基因的KEGG分析 | 第37-41页 |
| 3.7 上下调基因的GO分析 | 第41-48页 |
| 3.8 lncRNA表达差异分析 | 第48-49页 |
| 3.9 差异表达lncRNA靶基因预测 | 第49-52页 |
| 3.9.1 差异表达lncRNA靶基因的KEGG分析 | 第51-52页 |
| 3.9.2 差异表达lncRNA靶基因的GO功能注释 | 第52页 |
| 3.10 lncRNA与mRNA共表达分析 | 第52-53页 |
| 3.11 lncRNA的qRT-PCR结果 | 第53-54页 |
| 4.讨论 | 第54-57页 |
| 5.结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
