| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-29页 |
| 1.1 动物胃肠道概述 | 第13页 |
| 1.1.1 动物胃肠道 | 第13页 |
| 1.1.2 动物胃肠道功能 | 第13页 |
| 1.2 胃肠道微生物概述 | 第13-16页 |
| 1.2.1 胃肠道微生物 | 第13-14页 |
| 1.2.2 胃肠道微生物的功能 | 第14-15页 |
| 1.2.3 动物胃肠道微生物菌群差异的影响因素 | 第15-16页 |
| 1.3 胃肠道微生物分子生物学研究方法概况 | 第16-18页 |
| 1.3.1 变性梯度凝胶电泳DGGE技术 | 第16页 |
| 1.3.2 末端限制性片段长度多态性T-RFLP | 第16-17页 |
| 1.3.3 实时荧光定量PCR技术 | 第17页 |
| 1.3.4 荧光原位杂交FISH技术 | 第17页 |
| 1.3.5 基因芯片技术 | 第17-18页 |
| 1.3.6 基于高通量测序的宏基因组技术 | 第18页 |
| 1.4 454 焦磷酸测序技术概况 | 第18-24页 |
| 1.4.1 454 焦磷酸测序技术GSFLX原理 | 第18-20页 |
| 1.4.2 454 焦磷酸测序技术基本过程 | 第20-23页 |
| 1.4.3 454 焦磷酸测序技术在动物胃肠道菌群的应用 | 第23-24页 |
| 1.5 生物信息学分析工具 | 第24-26页 |
| 1.5.1 过滤低质量序列读长 | 第24页 |
| 1.5.2 群落分析的一般方法 | 第24-25页 |
| 1.5.3 丰度和多样性估计 | 第25页 |
| 1.5.4 稀释曲线 | 第25-26页 |
| 1.5.5 细菌群落的比较：假设检验法 | 第26页 |
| 1.6 发酵饲料对动物肠道菌群的影响 | 第26-27页 |
| 1.7 本文的研究意义和内容 | 第27-29页 |
| 第2章 绵羊胃肠道菌群的研究 | 第29-47页 |
| 2.1 前言 | 第29-30页 |
| 2.2 实验材料 | 第30-33页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第30页 |
| 2.2.2 试剂盒 | 第30-31页 |
| 2.2.3 样品采集 | 第31-33页 |
| 2.3 实验方法 | 第33-34页 |
| 2.3.1 DNA提取 | 第33页 |
| 2.3.2 16 SrRNA基因V3-V6区的PCR扩增 | 第33页 |
| 2.3.3 454 焦磷酸测序和数据分析 | 第33-34页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第34-46页 |
| 2.4.1 物种丰度和多样性分析 | 第34-35页 |
| 2.4.2 绵羊胃肠道微生物门水平细菌组成 | 第35-37页 |
| 2.4.3 绵羊胃肠道微生物纲水平细菌组成 | 第37-38页 |
| 2.4.4 绵羊胃肠道微生物目水平细菌组成 | 第38-39页 |
| 2.4.5 绵羊胃肠道微生物科水平细菌组成 | 第39-41页 |
| 2.4.6 绵羊胃肠道微生物属水平细菌组成 | 第41-44页 |
| 2.4.7 绵羊胃肠道微生物种水平细菌组成 | 第44-46页 |
| 2.4.8 主坐标分析 | 第46页 |
| 2.5 小结 | 第46-47页 |
| 第3章 肉仔鸡胃肠道菌群的研究 | 第47-63页 |
| 3.1 前言 | 第47页 |
| 3.2 实验材料 | 第47-50页 |
| 3.2.1 实验仪器 | 第47-48页 |
| 3.2.2 试剂盒 | 第48页 |
| 3.2.3 样品采集 | 第48-50页 |
| 3.3 实验方法 | 第50-51页 |
| 3.3.1 DNA提取 | 第50页 |
| 3.3.2 16 SrRNA基因V3-V6区的PCR扩增 | 第50页 |
| 3.3.3 454 焦磷酸测序和数据分析 | 第50-51页 |
| 3.3.4 统计分析 | 第51页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第51-61页 |
| 3.4.1 物种丰度和多样性分析 | 第51-52页 |
| 3.4.2 鸡胃肠道微生物门水平细菌组成 | 第52-53页 |
| 3.4.3 鸡胃肠道微生物科水平细菌组成 | 第53-56页 |
| 3.4.4 鸡胃肠道微生物属水平细菌组成 | 第56-58页 |
| 3.4.5 鸡胃肠道微生物种水平乳酸菌组成 | 第58-59页 |
| 3.4.6 主坐标分析 | 第59-60页 |
| 3.4.7 不同胃肠道部位OTUs的分布 | 第60-61页 |
| 3.5 小结 | 第61-63页 |
| 第4章 发酵DDGS饲料对育肥猪粪便菌群的影响 | 第63-79页 |
| 4.1 前言 | 第63-64页 |
| 4.2 实验材料 | 第64-65页 |
| 4.2.1 实验仪器 | 第64页 |
| 4.2.2 试剂盒 | 第64-65页 |
| 4.3 实验方法 | 第65-67页 |
| 4.3.1 发酵DDGS饲料的制备 | 第65页 |
| 4.3.2 饲料样品的化学分析和微生物菌群测定 | 第65-66页 |
| 4.3.3 动物和采样 | 第66页 |
| 4.3.4 猪生产性能的测定 | 第66页 |
| 4.3.5 DNA提取和16SrRNA基因V3-V6区的PCR扩增 | 第66页 |
| 4.3.6 454 焦磷酸测序和数据分析 | 第66-67页 |
| 4.3.7 统计分析 | 第67页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第67-78页 |
| 4.4.1 饲料样品的化学分析和微生物菌群特性 | 第67-69页 |
| 4.4.2 猪生产性能 | 第69-70页 |
| 4.4.3 物种丰度和多样性分析 | 第70-71页 |
| 4.4.4 发酵DDGS饲料对生长育肥猪粪便门水平细菌的影响 | 第71-73页 |
| 4.4.5 发酵DDGS饲料对生长育肥猪粪便属水平细菌的影响 | 第73-74页 |
| 4.4.6 发酵DDGS饲料对生长育肥猪粪便种水平细菌的影响 | 第74-77页 |
| 4.4.7 主坐标分析 | 第77-78页 |
| 4.5 小结 | 第78-79页 |
| 第5章 育肥猪胃肠道菌群的研究 | 第79-91页 |
| 5.1 前言 | 第79页 |
| 5.2 实验材料 | 第79-81页 |
| 5.2.1 实验仪器 | 第79-80页 |
| 5.2.2 试剂盒 | 第80页 |
| 5.2.3 样品采集 | 第80-81页 |
| 5.3 实验方法 | 第81-82页 |
| 5.3.1 DNA提取 | 第81页 |
| 5.3.2 16 SrRNA基因V3-V6区的PCR扩增 | 第81页 |
| 5.3.3 454 焦磷酸测序和数据分析 | 第81-82页 |
| 5.3.4 统计分析 | 第82页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第82-90页 |
| 5.4.1 物种丰度和多样性分析 | 第82-83页 |
| 5.4.2 猪胃肠道微生物门水平细菌组成 | 第83-84页 |
| 5.4.3 猪胃肠道微生物纲水平细菌组成 | 第84-85页 |
| 5.4.4 猪胃肠道微生物属水平细菌组成 | 第85-87页 |
| 5.4.5 猪胃肠道微生物种水平细菌组成 | 第87-88页 |
| 5.4.6 主坐标分析 | 第88-89页 |
| 5.4.7 不同胃肠道部位OTUs的分布 | 第89-90页 |
| 5.5 小结 | 第90-91页 |
| 第6章 仔猪粪便微生物菌群的研究 | 第91-103页 |
| 6.1 前言 | 第91页 |
| 6.2 实验材料 | 第91-93页 |
| 6.2.1 实验仪器 | 第91-92页 |
| 6.2.2 试剂盒 | 第92页 |
| 6.2.3 样品采集 | 第92-93页 |
| 6.3 实验方法 | 第93-94页 |
| 6.3.1 DNA提取 | 第93页 |
| 6.3.2 16 SrRNA基因V3-V6区的PCR扩增 | 第93页 |
| 6.3.3 454 焦磷酸测序和数据分析 | 第93-94页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第94-101页 |
| 6.4.1 物种丰度和多样性分析 | 第94-95页 |
| 6.4.2 仔猪粪便微生物门和纲水平细菌组成 | 第95-97页 |
| 6.4.3 仔猪粪便微生物属水平细菌组成 | 第97-100页 |
| 6.4.4 主坐标分析 | 第100-101页 |
| 6.5 小结 | 第101-103页 |
| 第7章 结论与展望 | 第103-107页 |
| 7.1 结论 | 第103-104页 |
| 7.2 创新点 | 第104页 |
| 7.3 展望 | 第104-107页 |
| 参考文献 | 第107-121页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
