| ACKNOWLEDGEMENTS | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 摘要 | 第11-16页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第16-17页 |
| 1. INTRODUCTION | 第17-32页 |
| 1.1 Livestock of Pakistan | 第17页 |
| 1.2 Small Ruminants in Pakistan | 第17-23页 |
| 1.2.1 Main characteristics of selected goat breeds of Pakistan | 第18-21页 |
| 1.2.2 Main Characteristics of Sheep Breeds of Pakistan | 第21-23页 |
| 1.3 Prion.(Spongiform encephalopathy) | 第23-25页 |
| 1.4 Infectious agent and its stability | 第25-26页 |
| 1.5 Pathogenic mechanism | 第26-27页 |
| 1.6 Host related Factors of Prion disease | 第27-28页 |
| 1.7 Numerous variants of Prion in different animals | 第28-31页 |
| 1.7.1 Bovine Spongiform Encephalopathy(BSE) | 第28页 |
| 1.7.2 Chronic Wasting Disease(CWD) | 第28页 |
| 1.7.3 Transmissible Mink Encephalopathy(TME) | 第28-29页 |
| 1.7.4 Feline Spongiform Encephalopathy(FSE) | 第29页 |
| 1.7.5 Exotic Ungulate Spongiform Encephalopathy(EUE) | 第29页 |
| 1.7.6 TSE in non-human primates(NHP) | 第29页 |
| 1.7.7 Scrapie | 第29-31页 |
| 1.8 Aims & Objective | 第31-32页 |
| 2. LITERATURE REVIEW | 第32-42页 |
| 2.1 Prion diseases | 第32-42页 |
| 2.1.1 Introduction | 第32-33页 |
| 2.1.2 Historic Background of PrP~(Sc) | 第33页 |
| 2.1.3 Biology of PrPC | 第33-34页 |
| 2.1.4 Biology of PrP~(Sc) | 第34-35页 |
| 2.1.5 Invasion and Spread of Prion | 第35-37页 |
| 2.1.6 Neurodegeneration in Prion Diseases | 第37-39页 |
| 2.1.7 Spongiform Change | 第39页 |
| 2.1.8 Microglia in Prion Diseases | 第39-42页 |
| 3. MATERIALS AND METHODS | 第42-49页 |
| 3.1 Study animals and management practices | 第42页 |
| 3.2 Breed selection | 第42-44页 |
| 3.2.1 Collection of samples from goat breeds | 第42-43页 |
| 3.2.2 Collection of samples from sheep breeds | 第43-44页 |
| 3.3 Sample collection | 第44-45页 |
| 3.4 Genetic Analysis | 第45-46页 |
| 3.4.1 Genomic DNA Isolation | 第45页 |
| 3.4.2 Primer Designing | 第45页 |
| 3.4.3 PCR Amplification and Sequencing | 第45-46页 |
| 3.5 Bioinformatics and Statistical Analyses | 第46页 |
| 3.6 Genetic Distance Evaluation | 第46页 |
| 3.7 Sequence Analysis | 第46页 |
| 3.8 Bioinformatics Tools | 第46-47页 |
| 3.9 Genetic distance | 第47页 |
| 3.10 Multidimensional Scaling Plot | 第47页 |
| 3.11 Principal component analysis | 第47-49页 |
| 4. RESULTS | 第49-77页 |
| 4.1 Observed SNP profiles | 第49-56页 |
| 4.1.1 Mutations observed in PrP gene in Pakistani Goat breeds | 第50-56页 |
| 4.2 Phylogenetic analysis | 第56-58页 |
| 4.3 Variation at Protein Sequence Levels | 第58-63页 |
| 4.4 Genetic Distance Evaluation | 第63-64页 |
| 4.5 Multidimensional Scaling(MDS)Plot | 第64-66页 |
| 4.6 2~(nd) Dimension Principal Components Analysis | 第66-69页 |
| 4.7 Sequence Alignment and Analysis of Sheep Breeds | 第69-74页 |
| 4.7.1 SNPs Identified in the PrP gene in Sheep Breeds | 第69-74页 |
| 4.8 Phylogenetic analysis of sheep breeds | 第74-77页 |
| 5. DISCUSSION | 第77-84页 |
| 6. CONCLUSION | 第84-86页 |
| 7. INNOVATIONS | 第86-87页 |
| REFERENCES | 第87-95页 |
| CURRICULUM VITAE | 第95-99页 |
| RESEARCH PUBLICATIONS | 第99页 |
