| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 英文缩写词表 | 第14-15页 |
| 第一篇 文献综述 | 第15-31页 |
| 第一章 猪链球菌病研究进展 | 第15-23页 |
| 1 流行病学 | 第15页 |
| 2 防治措施 | 第15-17页 |
| 2.1 加强饲养管理 | 第16页 |
| 2.2 免疫接种 | 第16页 |
| 2.2.1 灭活菌苗 | 第16页 |
| 2.2.2 活菌苗 | 第16页 |
| 2.2.3 生物技术疫苗 | 第16页 |
| 2.3 药物预防 | 第16-17页 |
| 2.4 药物治疗 | 第17页 |
| 3 存在问题 | 第17-18页 |
| 3.1 混合感染多发 | 第17页 |
| 3.2 病原变异 | 第17页 |
| 3.3 疫苗免疫及药物治疗效果不佳 | 第17-18页 |
| 4 动物转基因技术在防治猪链球菌病方面的发展前景 | 第18-19页 |
| 参考文献 | 第19-23页 |
| 第二章 基因芯片技术 | 第23-31页 |
| 1 SNP分型芯片技术 | 第23-25页 |
| 1.1 概念 | 第23页 |
| 1.2 原理 | 第23页 |
| 1.3 分析方法 | 第23-24页 |
| 1.3.1 样本来源 | 第23-24页 |
| 1.3.2 试验阶段设计 | 第24页 |
| 1.4 局限性 | 第24-25页 |
| 1.4.1 假阳性结果 | 第24页 |
| 1.4.2 价格昂贵 | 第24页 |
| 1.4.3 研究复杂性状难度大 | 第24页 |
| 1.4.4 其他 | 第24-25页 |
| 1.5 在动物遗传育种中的应用 | 第25页 |
| 1.5.1 在动物质量性状定位中的应用 | 第25页 |
| 1.5.2 在动物数量性状定位中的应用 | 第25页 |
| 2 全基因组表达谱芯片技术 | 第25-27页 |
| 2.1 概述 | 第25页 |
| 2.2 制备方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 直接点样法 | 第25-26页 |
| 2.2.2 原位合成法 | 第26页 |
| 2.3 基因表达情况分析 | 第26页 |
| 2.4 分析方法 | 第26-27页 |
| 2.4.1 基因本体分析 | 第26页 |
| 2.4.2 通路分析 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-31页 |
| 第二篇 试验研究 | 第31-103页 |
| 第一章 不同品系小鼠对猪链球菌2型的易感性试验 | 第31-45页 |
| 1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 1.1 菌株 | 第32页 |
| 1.2 试验动物 | 第32页 |
| 1.3 主要试剂与仪器 | 第32页 |
| 1.4 ZY05719的培养 | 第32-33页 |
| 1.4.1 菌株的复壮 | 第32页 |
| 1.4.2 菌株的鉴定 | 第32-33页 |
| 1.4.3 菌株的培养 | 第33页 |
| 1.5 ZY05719感染A/J,B6和BALB/c小鼠 | 第33-34页 |
| 1.6 平板菌落计数法检测小鼠脏器分布情况 | 第34页 |
| 1.7 间接ELISA测定小鼠抗体效价 | 第34-35页 |
| 1.7.1 分离血清 | 第34页 |
| 1.7.2 测定小鼠血清抗体效价 | 第34-35页 |
| 1.8 制备组织切片 | 第35页 |
| 2 结果与分析 | 第35-40页 |
| 2.1 ZY05719 PCR反应鉴定结果 | 第35-36页 |
| 2.2 不同品系小鼠感染ZY05719的生存曲线 | 第36-37页 |
| 2.3 易感小鼠脑组织细菌载量检测 | 第37-38页 |
| 2.4 抗病小鼠血清抗体效价测定 | 第38-39页 |
| 2.5 组织病理切片 | 第39-40页 |
| 3 讨论 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 第二章 B6与A/J小鼠杂交F2代对猪链球菌2型易感性的GWAS分析 | 第45-63页 |
| 1 材料与方法 | 第45-50页 |
| 1.1 菌株 | 第45-46页 |
| 1.2 试验动物 | 第46页 |
| 1.3 主要试剂与仪器 | 第46页 |
| 1.4 F2代杂交小鼠的繁育 | 第46-47页 |
| 1.4.1 F1代小鼠的培育 | 第46页 |
| 1.4.2 F2代小鼠的培育 | 第46-47页 |
| 1.5 ZY05719感染F2代小鼠 | 第47页 |
| 1.6 筛选SNP芯片扫描样本 | 第47页 |
| 1.7 DNA样品的制备 | 第47-49页 |
| 1.7.1 提取基因组DNA | 第47-48页 |
| 1.7.2 基因组DNA质检 | 第48-49页 |
| 1.8 芯片杂交 | 第49页 |
| 1.9 全基因组关联分析 | 第49-50页 |
| 1.9.1 设计芯片比对方案 | 第49页 |
| 1.9.2 原始数据分型 | 第49-50页 |
| 1.9.3 数据质控 | 第50页 |
| 1.9.4 群体分层评估 | 第50页 |
| 1.9.5 关联分析 | 第50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-57页 |
| 2.1 B6与A/J小鼠的F2代分离群体 | 第50页 |
| 2.2 基因组DNA样品质量控制 | 第50-52页 |
| 2.2.1 DNA样本浓度与纯度测定 | 第50-51页 |
| 2.2.2 gDNA完整性 | 第51-52页 |
| 2.3 芯片比对方案 | 第52页 |
| 2.4 SNP芯片原始扫描结果 | 第52-53页 |
| 2.5 基因分型 | 第53-54页 |
| 2.6 数据质控 | 第54页 |
| 2.6.1 SNP质控 | 第54页 |
| 2.6.2 样品质控 | 第54页 |
| 2.7 群体分层评估 | 第54-55页 |
| 2.7.1 主成分分析 | 第54-55页 |
| 2.7.2 群体结构图 | 第55页 |
| 2.8 GWAS | 第55-57页 |
| 3 讨论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 第三章 猪链球菌2型感染不同品系小鼠基因表达谱差异分析 | 第63-79页 |
| 1 材料与方法 | 第63-68页 |
| 1.1 菌株 | 第63-64页 |
| 1.2 试验动物 | 第64页 |
| 1.3 主要试剂与仪器 | 第64页 |
| 1.4 ZY05719感染A/J和B6小鼠 | 第64页 |
| 1.5 RNA样品的制备 | 第64-65页 |
| 1.5.1 提取血液RNA | 第64-65页 |
| 1.5.2 RNA质检 | 第65页 |
| 1.6 芯片杂交与数据分析 | 第65-68页 |
| 1.6.1 芯片杂交 | 第65-66页 |
| 1.6.2 数据分析 | 第66-68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-75页 |
| 2.1 RNA样品质控 | 第68-69页 |
| 2.1.1 RNA浓度与纯度测定 | 第68-69页 |
| 2.1.2 RNA完整性 | 第69页 |
| 2.2 基因表达谱芯片分析 | 第69-71页 |
| 2.2.1 筛选差异表达基因 | 第69-71页 |
| 2.2.2 数据处理 | 第71页 |
| 2.3 注释集富集分析 | 第71-75页 |
| 2.3.1 显著富集的通路 | 第71-73页 |
| 2.3.2 显著富集的功能 | 第73-75页 |
| 3 讨论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-79页 |
| 第四章 猪抗猪链球菌病抗病相关基因的分析 | 第79-103页 |
| 1 材料与方法 | 第79-85页 |
| 1.1 细胞 | 第79页 |
| 1.2 主要试剂与仪器 | 第79-80页 |
| 1.3 芯片数据 | 第80页 |
| 1.4 筛选目的基因 | 第80页 |
| 1.5 CRISPR/Cas9技术敲除目的基因 | 第80-85页 |
| 1.5.1 设计gRNA | 第80-81页 |
| 1.5.2 构建敲除载体 | 第81-82页 |
| 1.5.3 转染细胞 | 第82-83页 |
| 1.5.4 单克隆的制备和生长 | 第83-85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-98页 |
| 2.1 抗猪链球菌病抗病相关基因候选基因 | 第85页 |
| 2.2 Manhatan放大图 | 第85-88页 |
| 2.3 候选基因功能 | 第88-94页 |
| 2.3.1 ArhGAP15 | 第88-89页 |
| 2.3.2 Epnl | 第89-92页 |
| 2.3.3 CD55 | 第92-94页 |
| 2.4 CRISPR/Cas9技术敲除目的基因 | 第94-98页 |
| 2.4.1 设计gRNA | 第94-95页 |
| 2.4.2 构建敲除载体 | 第95-96页 |
| 2.4.3 确定最佳药筛浓度 | 第96页 |
| 2.4.4 转染细胞的Puro药筛效果 | 第96页 |
| 2.4.5 设计基因组DNA扩增引物 | 第96-97页 |
| 2.4.6 获得Pool细胞基因组杂交DNA产物 | 第97页 |
| 2.4.7 Pool细胞Cruiser Enzyme酶切检测 | 第97-98页 |
| 2.4.8 筛选单克隆 | 第98页 |
| 3 讨论 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-103页 |
| 全文总结 | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105页 |
