| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-20页 |
| 1.1 北极熊的背景介绍 | 第14-16页 |
| 1.1.1 北极熊地理分布和生存现状 | 第14-15页 |
| 1.1.2 北极熊起源问题的研究概述 | 第15-16页 |
| 1.1.3 北极熊适应北极环境的主要身体特征 | 第16页 |
| 1.2 群体基因组学的发展概述 | 第16-17页 |
| 1.3 本课题的选题研究 | 第17-20页 |
| 1.3.1 研究背景及意义 | 第17-18页 |
| 1.3.2 主要研究内容 | 第18-20页 |
| 第二章 实验数据的获得与处理 | 第20-29页 |
| 2.1 引言 | 第20-21页 |
| 2.2 实验样品的选取 | 第21-24页 |
| 2.3 实验样品的建库测序 | 第24-25页 |
| 2.4 DNA数据的过滤 | 第25-28页 |
| 2.5 本章小结 | 第28-29页 |
| 第三章 参考基因组的获得与注释 | 第29-42页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 基因组组装和结果评估 | 第29-33页 |
| 3.3 重复序列的注释和比较分析 | 第33-36页 |
| 3.3.1 重复序列的注释 | 第33-34页 |
| 3.3.2 重复序列的比较分析 | 第34-36页 |
| 3.4 蛋白编码基因组的注释 | 第36-39页 |
| 3.4.1 基于同源的基因注释 | 第36-37页 |
| 3.4.2 基于计算机从头预测基因集 | 第37-38页 |
| 3.4.3 参考基因集的获得 | 第38页 |
| 3.4.4 基因集的功能注释和比较分析 | 第38-39页 |
| 3.5 ncRNA的注释 | 第39-41页 |
| 3.5.1 tRNA的预测 | 第40页 |
| 3.5.2 rRNA的预测 | 第40-41页 |
| 3.5.3 其他ncRNA的预测 | 第41页 |
| 3.6 本章小结 | 第41-42页 |
| 第四章 比较基因组的研究 | 第42-58页 |
| 4.1 引言 | 第42-43页 |
| 4.2 全基因组比较和大片段复制分析 | 第43-46页 |
| 4.2.1 基因组相似性比较分析 | 第43-44页 |
| 4.2.2 基因组大片段复制分析 | 第44-46页 |
| 4.3 基因家族的构建和比较分析 | 第46-50页 |
| 4.3.1 直系同源基因家族的构建 | 第46-48页 |
| 4.3.2 基因家族扩增与收缩分析 | 第48-50页 |
| 4.4 物种发育关系树的构建 | 第50-54页 |
| 4.5 MHC区域基因和嗅觉受体基因的比较分析 | 第54-56页 |
| 4.6 本章小结 | 第56-58页 |
| 第五章 群体多态性的研究 | 第58-69页 |
| 5.1 引言 | 第58-59页 |
| 5.2 SNPs calling | 第59-67页 |
| 5.2.1 数据的进一步过滤 | 第59-60页 |
| 5.2.2 短reads的比对和比对结果过滤 | 第60-62页 |
| 5.2.3 原始质量值的校正 | 第62-64页 |
| 5.2.4 位点祖先状态的确立 | 第64页 |
| 5.2.5 单个位点的过滤 | 第64-65页 |
| 5.2.6 群体SNP calling | 第65-66页 |
| 5.2.7 fixed mutation sites的识别 | 第66-67页 |
| 5.3 北极熊多态性的比较分析 | 第67-68页 |
| 5.3.1 个体杂合SNP的分析 | 第67-68页 |
| 5.3.2 群体多态性的比较分析 | 第68页 |
| 5.4 本草小结 | 第68-69页 |
| 第六章 群体结构的研究 | 第69-76页 |
| 6.1 引言 | 第69页 |
| 6.2 连锁不平衡 | 第69-72页 |
| 6.3 群体结构的研究 | 第72-73页 |
| 6.4 主成成分的研究 | 第73-74页 |
| 6.5 本章小结 | 第74-76页 |
| 第七章 北极熊起源问题的研究 | 第76-90页 |
| 7.1 引言 | 第76-78页 |
| 7.2 基于北极熊线粒体数据的重新估算 | 第78-81页 |
| 7.2.1 新测序个体的线粒体数据的重新获得 | 第78-79页 |
| 7.2.2 构建线粒体的系统发生树 | 第79-81页 |
| 7.3 基于物种间同源基因的推断 | 第81-84页 |
| 7.3.1 棕熊基因组的组装和蛋白编码区域的注释 | 第81-83页 |
| 7.3.2 构建熊科物种的直系同源基因家族和物种树 | 第83-84页 |
| 7.3.3 估算分化时间 | 第84页 |
| 7.4 基于群体数据的推断 | 第84-87页 |
| 7.4.1 距离法重构熊科的系统发育树 | 第85-86页 |
| 7.4.2 基于简单模型的分化时间估算 | 第86页 |
| 7.4.3 基于复杂模型的分化时间估算 | 第86-87页 |
| 7.5 北极熊物种形成模型的解释 | 第87-88页 |
| 7.6 本章小结 | 第88-90页 |
| 第八章 历史群体演化的研究 | 第90-111页 |
| 8.1 引言 | 第90-91页 |
| 8.2 历史群体演化的模型建立和参数估算 | 第91-101页 |
| 8.2.1 基于IBS重构历史群体的演化过程 | 第92-97页 |
| 8.2.2 基于(?)a (?)i重构历史群体的演化过程 | 第97-100页 |
| 8.2.3 结论 | 第100-101页 |
| 8.3 北极熊和棕熊基因渗入的研究 | 第101-109页 |
| 8.3.1 ABBA-BABA或D检验 | 第101-107页 |
| 8.3.2 基于距离法的基因渗入的研究 | 第107-108页 |
| 8.3.3 基于系统发生树的基因渗入的研究 | 第108-109页 |
| 8.3.4 结论 | 第109页 |
| 8.4 本章小结 | 第109-111页 |
| 第九章 环境适应性正选择基因的研究 | 第111-121页 |
| 9.1 引言 | 第111-112页 |
| 9.2 正选择基因的检测 | 第112-114页 |
| 9.2.1 同质性检验 | 第112-113页 |
| 9.2.2 HKA检验 | 第113-114页 |
| 9.2.3 群体间固定系数估算 | 第114页 |
| 9.2.4 北极熊特异性受到正选择的基因 | 第114页 |
| 9.3 正选择基因的功能富集分析 | 第114-116页 |
| 9.4 和心血管与脂肪代谢正选择基因的功能分析 | 第116-120页 |
| 9.4.1 与脂肪组织形成和代谢的基因 | 第116-120页 |
| 9.5 与毛发颜色正选择基因的功能分析 | 第120页 |
| 9.6 本章小结 | 第120-121页 |
| 结论与展望 | 第121-123页 |
| 结论 | 第121页 |
| 1.2 北极熊起源和历史群体变化 | 第121页 |
| 1.3 北极熊适应性演化 | 第121页 |
| 创新性成果 | 第121-122页 |
| 展望 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-132页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 附件 | 第134页 |
