| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 微生物天然产物的发现 | 第10-12页 |
| 1.1.1 微生物天然产物的发现策略 | 第10-11页 |
| 1.1.2 从新的资源中发现微生物天然产物 | 第11-12页 |
| 1.2 树林环境中的链霉菌 | 第12-14页 |
| 1.2.1 链霉菌概述 | 第12页 |
| 1.2.2 树林链霉菌研究进展 | 第12-14页 |
| 1.3 聚酮化合物及非核糖体肽类化合物研究进展 | 第14-19页 |
| 1.3.1 聚酮化合物和非核糖体肽类化合物 | 第14-15页 |
| 1.3.2 PKS和NRPS | 第15-17页 |
| 1.3.3 PKS和NRPS基因研究现状 | 第17-19页 |
| 1.4 链霉菌基因组学 | 第19-21页 |
| 1.4.1 链霉菌基因组学研究概况 | 第19-20页 |
| 1.4.2 antiSMASH在次级代谢产物生物合成基因簇寻找中的应用 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第21页 |
| 1.6 技术路线 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第22页 |
| 2.1.3 载体 | 第22页 |
| 2.1.4 PCR引物 | 第22-23页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第23页 |
| 2.1.6 培养基 | 第23-24页 |
| 2.1.7 分析软件 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-34页 |
| 2.2.1 菌株活化 | 第24-25页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.3 菌株16S rRNA基因系统发育树构建 | 第26-27页 |
| 2.2.4 PKS及NRPS基因检测 | 第27-28页 |
| 2.2.5 PKS和NRPS基因克隆与测序 | 第28-31页 |
| 2.2.6 树林链霉菌PKS和NRPS基因多样性分析 | 第31-32页 |
| 2.2.7 红树林链霉菌发酵产物分析 | 第32页 |
| 2.2.8 全基因组测序菌株的次级代谢产物生物合成基因簇分析 | 第32-33页 |
| 2.2.9 Streptomyces qinglanensis 172205的8种培养基发酵产物检测 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-61页 |
| 3.1 菌株16S rRNA基因系统发育树构建 | 第34页 |
| 3.2 PKS及NRPS基因检测 | 第34-37页 |
| 3.2.1 最适引物确定 | 第34-36页 |
| 3.2.2 PKS及NRPS基因检测结果 | 第36-37页 |
| 3.3 红树林链霉菌PKS和NRPS基因多样性分析 | 第37-56页 |
| 3.3.1 红树林链霉菌PKS和NRPS基因序列的比对分析 | 第37-48页 |
| 3.3.2 红树林链霉菌次级代谢基因分布的相似性分析 | 第48-49页 |
| 3.3.3 基于分类地位的红树林链霉菌PKS和NRPS基因的聚类分析 | 第49-54页 |
| 3.3.4 红树林链霉菌PKS和NRPS基因分布与菌株分离地点的相关性分析 | 第54-56页 |
| 3.4 红树林链霉菌发酵产物的分析 | 第56-57页 |
| 3.5 全基因组测序菌株的次级代谢产物生物合成基因簇分析 | 第57-59页 |
| 3.5.1 基因组中的次级代谢产物基因簇预测 | 第57-58页 |
| 3.5.2 次级代谢产物生物合成基因克隆方法的评价 | 第58-59页 |
| 3.6 Streptomyces qinglanensis 172205发酵产物检测分析 | 第59-61页 |
| 4 讨论 | 第61-65页 |
| 4.1 红树林链霉菌次级代谢基因的分布 | 第61页 |
| 4.2 红树林链霉菌PKS及NRPS基因的系统分析 | 第61-63页 |
| 4.3 红树林链霉菌发酵产物的分析 | 第63-64页 |
| 4.4 对获得的克隆子序列的评价 | 第64页 |
| 4.5 克隆子序列和菌株发酵产物的综合分析 | 第64-65页 |
| 5 结论和展望 | 第65-67页 |
| 5.1 结论 | 第65-66页 |
| 5.2 展望 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 附录 | 第72-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
