| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-34页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第14-15页 |
| 1.2 恩施黑猪的生物学特性及分布 | 第15-17页 |
| 1.2.1 恩施黑猪的生物学特征 | 第15-16页 |
| 1.2.2 恩施黑猪的分布及起源 | 第16页 |
| 1.2.3 恩施黑猪种质资源的利用和保护 | 第16-17页 |
| 1.3 重要农业动物基因组测序及应用 | 第17-25页 |
| 1.3.1 重要农业动物全基因组de novo测序 | 第18-19页 |
| 1.3.2 重要农业动物全基因组重测序 | 第19-21页 |
| 1.3.3 重要农业动物简化基因组测序 | 第21-23页 |
| 1.3.4 重要农业动物泛基因组构建 | 第23-24页 |
| 1.3.5 重要农业动物全基因组甲基化测序及应用 | 第24-25页 |
| 1.4 重要农业动物的转录组测序及应用 | 第25-29页 |
| 1.4.1 重要农业动物的mRNA测序及应用 | 第26页 |
| 1.4.2 重要农业动物的miRNA测序及应用 | 第26-27页 |
| 1.4.3 重要农业动物的lncRNA测序及应用 | 第27-28页 |
| 1.4.4 重要农业动物的CircRNA测序及应用 | 第28-29页 |
| 1.5 多组学整合分析方法及进展 | 第29-33页 |
| 1.5.1 基因组de novo测序与转录组测序联合分析 | 第29-30页 |
| 1.5.2 表观组与转录组联合分析 | 第30-31页 |
| 1.5.3 基因组重测序与转录组联合分析 | 第31-32页 |
| 1.5.4 宏基因组与宏转录组联合分析 | 第32-33页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-56页 |
| 2.1 本研究材料与方法概况 | 第34页 |
| 2.2 材料 | 第34-42页 |
| 2.2.1 线粒体实验采集样本信息 | 第34-35页 |
| 2.2.2 重测序相关实验样本信息 | 第35-39页 |
| 2.2.3 甲基化组及RNA组相关样本信息 | 第39页 |
| 2.2.4 试剂及试剂盒 | 第39-40页 |
| 2.2.5 主要仪器设备 | 第40页 |
| 2.2.6 主要分子生物及生物信息软件 | 第40-41页 |
| 2.2.7 主要网站及数据库 | 第41-42页 |
| 2.2.8 高通量数据的提交 | 第42页 |
| 2.3 方法 | 第42-56页 |
| 2.3.1 核酸抽提相关 | 第42-45页 |
| 2.3.2 主要试剂的配制 | 第45-46页 |
| 2.3.3 线粒体研究相关 | 第46-48页 |
| 2.3.4 重测序的数据分析 | 第48-49页 |
| 2.3.5 甲基化测序及数据分析 | 第49-52页 |
| 2.3.6 RNA-seq测序及数据分析 | 第52-53页 |
| 2.3.7 miRNA测序及分析 | 第53-54页 |
| 2.3.8 基因功能富集分析 | 第54-56页 |
| 3 结果 | 第56-89页 |
| 3.1 恩施黑猪线粒体DNA测序及组装 | 第56-58页 |
| 3.1.1 恩施黑猪基因组DNA琼脂糖凝胶电泳结果 | 第56页 |
| 3.1.2 恩施黑猪基因组DNA浓度检测结果 | 第56页 |
| 3.1.3 PCR扩增、测序及全线粒体DNA序列拼接 | 第56-57页 |
| 3.1.4 构建系统发育树 | 第57-58页 |
| 3.2 恩施黑猪全基因组重测序分析 | 第58-69页 |
| 3.2.1 DNA琼脂糖凝胶电泳结果 | 第58-59页 |
| 3.2.2 测序数据概况 | 第59-60页 |
| 3.2.3 测序数据SNP检测 | 第60-62页 |
| 3.2.4 非同义突变SNP富集基因功能富集分析 | 第62-63页 |
| 3.2.5 基于全基因组SNP的系统发育及群体遗传结构分析 | 第63-64页 |
| 3.2.6 全基因组选择性清除分析 | 第64-67页 |
| 3.2.7 受选择基因的功能富集分析 | 第67-68页 |
| 3.2.8 重要受选择基因的筛选 | 第68-69页 |
| 3.3 恩施黑猪全基因组甲基化测序分析 | 第69-78页 |
| 3.3.1 DNA琼脂糖凝胶电泳结果 | 第69-70页 |
| 3.3.2 测序数据概况 | 第70-71页 |
| 3.3.3 全基因组胞嘧啶甲基化水平检测 | 第71-73页 |
| 3.3.4 全基因组甲基化水平分布规律 | 第73-74页 |
| 3.3.5 差异甲基化位点的鉴定 | 第74-75页 |
| 3.3.6 差异甲基化区域的鉴定 | 第75-76页 |
| 3.3.7 差异甲基化基因的注释及功能富集分析 | 第76-78页 |
| 3.4 恩施黑猪、大白猪以及中国野猪转录组测序分析 | 第78-81页 |
| 3.4.1 总RNA凝胶电泳检测 | 第78-79页 |
| 3.4.2 转录组测序数据概况 | 第79页 |
| 3.4.3 转录组测序差异分析 | 第79-80页 |
| 3.4.4 差异表达基因功能分析 | 第80-81页 |
| 3.5 恩施黑猪、大白猪以及中国野猪miRNA测序分析 | 第81-83页 |
| 3.5.1miRNA测序数据概况 | 第81页 |
| 3.5.2miRNA数据差异分析 | 第81页 |
| 3.5.3 miRNA靶基因预测及靶基因功能富集分析 | 第81-83页 |
| 3.6 四种组学数据间的互作分析 | 第83-89页 |
| 3.6.1 全基因组受选择区域的甲基化水平分析 | 第83页 |
| 3.6.2 全基因组受选择基因的表达情况统计 | 第83-84页 |
| 3.6.3 甲基化对基因表达的调控模式分析 | 第84-85页 |
| 3.6.4 甲基化对miRNA表达的调控模式分析 | 第85-87页 |
| 3.6.5 三种表观层面数据的互作关系 | 第87-89页 |
| 4 讨论 | 第89-97页 |
| 4.1 三种不同体型恩施黑猪遗传距离 | 第89页 |
| 4.2 恩施黑猪重要经济性状遗传信号和分子通路 | 第89-90页 |
| 4.3 恩施黑猪基因组中受选择的区域/基因 | 第90-92页 |
| 4.4 恩施黑猪的全基因组DNA甲基化图谱 | 第92-93页 |
| 4.5 基因组甲基化对转录组的调控机制 | 第93-95页 |
| 4.6 四种组学数据互作网络探讨 | 第95-97页 |
| 5 小结 | 第97-99页 |
| 5.1 本研究的主要结果与结论 | 第97页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第97-98页 |
| 5.3 本研究不足之处与进一步工作的建议 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-113页 |
| 博士在读期间撰写论文题录 | 第113-115页 |
| 附录 | 第115-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
