| 致谢 | 第6-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| abstract | 第12-13页 |
| 1 文献综述及本研究目的 | 第19-33页 |
| 1.1 烟粉虱概述 | 第19-21页 |
| 1.1.1 烟粉虱生物特性及分类状况 | 第19页 |
| 1.1.2 烟粉虱的为害历史及现状 | 第19-20页 |
| 1.1.3 烟粉虱的危害方式 | 第20-21页 |
| 1.2 烟粉虱的解剖结构 | 第21-23页 |
| 1.2.1 唾腺 | 第21-22页 |
| 1.2.2 消化道 | 第22-23页 |
| 1.2.3 含菌体 | 第23页 |
| 1.3 取食韧皮部汁液昆虫的营养相关器官在昆虫适应性上的作用 | 第23-28页 |
| 1.3.1 唾腺 | 第23-26页 |
| 1.3.1.1 胶状唾液 | 第23-24页 |
| 1.3.1.2 水状唾液 | 第24-26页 |
| 1.3.2 消化道 | 第26-27页 |
| 1.3.3 含菌体 | 第27-28页 |
| 1.4 转录组学在烟粉虱器官功能研究的必要性和可行性 | 第28-29页 |
| 1.5 本研究目的与主要内容 | 第29-33页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第29-30页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第30-33页 |
| 2 基本材料和方法 | 第33-43页 |
| 2.1 基本材料 | 第33-35页 |
| 2.1.1 供试昆虫及其实验种群维持 | 第33页 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 | 第33-35页 |
| 2.1.2.1 烟粉虱饲养与转移工具 | 第33页 |
| 2.1.2.2 烟粉虱解剖和器官收集工具 | 第33-34页 |
| 2.1.2.3 分子生物学研究主要仪器设备 | 第34页 |
| 2.1.2.4 实验中所使用的相关软件 | 第34-35页 |
| 2.2 试验方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 烟粉虱DNA提取 | 第35页 |
| 2.2.2 鉴定烟粉虱隐种 | 第35-36页 |
| 2.2.3 烟粉虱器官或组织的解剖与储存 | 第36页 |
| 2.2.4 烟粉虱虫体的总RNA的提取 | 第36-37页 |
| 2.2.5 烟粉虱器官或组织的RNA提取 | 第37-38页 |
| 2.2.6 cDNA文库的构建及测序 | 第38-39页 |
| 2.2.7 RNA反转录cDNA | 第39-40页 |
| 2.2.8 实时荧光定量PCR | 第40页 |
| 2.3 数据处理与分析 | 第40-43页 |
| 2.3.1 实时荧光定量PCR数据分析 | 第40页 |
| 2.3.2 SOAPdenovo拼接 | 第40页 |
| 2.3.3 Trinity拼接 | 第40-41页 |
| 2.3.4 对Trinity拼接后的转录本进行聚类 | 第41页 |
| 2.3.5 确定序列方向和编码区域 | 第41-42页 |
| 2.3.6 转录组数据注释 | 第42页 |
| 2.3.7 GO和KEGG富集分析 | 第42页 |
| 2.3.8 转录组的非冗余序列表达量的计算 | 第42-43页 |
| 3 烟粉虱唾腺的转录组分析 | 第43-74页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-47页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第44页 |
| 3.1.2 试验方法 | 第44-45页 |
| 3.1.2.1 烟粉虱唾腺细胞核的荧光定位 | 第44页 |
| 3.1.2.2 烟粉虱唾腺的解剖收集 | 第44页 |
| 3.1.2.3 烟粉虱唾腺与虫体的RNA提取 | 第44页 |
| 3.1.2.4 唾腺cDNA文库的构建及测序 | 第44页 |
| 3.1.2.5 用于qPCR的唾腺和虫体的cDNA获取 | 第44页 |
| 3.1.2.6 参照基因的选取和引物设计 | 第44-45页 |
| 3.1.2.7 qPCR的实验流程 | 第45页 |
| 3.1.3 数据处理与分析 | 第45-47页 |
| 3.1.3.1 唾腺转录组数据的拼接 | 第45页 |
| 3.1.3.2 唾腺转录组数据注释 | 第45页 |
| 3.1.3.3 基因类别和通路的富集分析 | 第45页 |
| 3.1.3.4 唾腺和虫体基因表达量的比较 | 第45-46页 |
| 3.1.3.5 估计参照基因的表达稳定性 | 第46页 |
| 3.1.3.6 潜在分泌蛋白预测 | 第46页 |
| 3.1.3.7 在唾腺转录中找出与蚜虫编码唾液蛋白或潜在唾液蛋白同源的序列 | 第46-47页 |
| 3.2 结果 | 第47-50页 |
| 3.2.1 烟粉虱唾腺形态特征 | 第47页 |
| 3.2.2 烟粉虱主唾腺转录组数据概况 | 第47页 |
| 3.2.3 烟粉虱主唾腺转录组注释和分类 | 第47页 |
| 3.2.4 烟粉虱主唾腺转录组中富集的途径和基因类别 | 第47-48页 |
| 3.2.5 基因在烟粉虱虫体和主唾腺中的表达差异 | 第48页 |
| 3.2.6 选择适合的参照基因以及对转录组数据的验证 | 第48-49页 |
| 3.2.7 烟粉虱主唾腺中的潜在分泌蛋白 | 第49页 |
| 3.2.8 与蚜虫唾液蛋白同源的烟粉虱潜在唾液蛋白 | 第49-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-74页 |
| 3.3.1 烟粉虱唾液的基因分类及富集类别和通路 | 第50-51页 |
| 3.3.2 与虫体相比在烟粉虱主唾腺中差异表达的基因 | 第51-53页 |
| 3.3.3 主唾腺的潜在分泌蛋白及其功能推测 | 第53-74页 |
| 4 烟粉虱消化道的转录组分析 | 第74-98页 |
| 4.1 材料与方法 | 第74-76页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第74页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第74-75页 |
| 4.1.2.1 烟粉虱消化道的解剖收集 | 第74页 |
| 4.1.2.2 烟粉虱消化道RNA提取 | 第74-75页 |
| 4.1.2.3 烟粉虱消化道cDNA文库的构建及测序 | 第75页 |
| 4.1.3 数据处理与分析 | 第75-76页 |
| 4.1.3.1 烟粉虱消化道转录组数据的拼接 | 第75页 |
| 4.1.3.2 烟粉虱消化道转录组数据注释 | 第75页 |
| 4.1.3.3 烟粉虱消化道转录组基因类别和通路的富集分析 | 第75页 |
| 4.1.3.4 消化道中特异表达基因的筛选 | 第75页 |
| 4.1.3.5 消化道中特异表达基因富集通路分析 | 第75-76页 |
| 4.1.3.6 MED与MEAM1消化道同源基因的筛选 | 第76页 |
| 4.1.3.7 MED和MEAM1同源基因对同义替换和非同义替换 | 第76页 |
| 4.2 结果 | 第76-80页 |
| 4.2.1 烟粉虱消化道转录组数据概况 | 第76页 |
| 4.2.2 烟粉虱消化道转录组注释和分类 | 第76-77页 |
| 4.2.3 烟粉虱消化道转录组中基因的富集类别和途径 | 第77-78页 |
| 4.2.4 与虫体相比在消化道中特异表达的基因的分类 | 第78-79页 |
| 4.2.5 MED消化道特异表达蛋白序列与MEAM1消化道相关序列的相似度 | 第79页 |
| 4.2.6 MED消化道特异表达基因与MEAM1消化道相关基因的同义替换与非同替换分析 | 第79-80页 |
| 4.3 讨论 | 第80-98页 |
| 4.3.1 烟粉虱消化道的主要功能 | 第80-98页 |
| 4.3.1.1 消化与吸收功能 | 第80-81页 |
| 4.3.1.2 烟粉虱消化道的解毒功能 | 第81-82页 |
| 4.3.1.3 烟粉虱消化道中特异表达基因在隐种表型差异中的作用 | 第82-98页 |
| 5 烟粉虱含菌细胞的转录组分析 | 第98-120页 |
| 5.1 材料与方法 | 第99-101页 |
| 5.1.1 试验材料 | 第99页 |
| 5.1.2 试验方法 | 第99页 |
| 5.1.2.1 烟粉虱含菌细胞的解剖收集 | 第99页 |
| 5.1.2.2 烟粉虱含菌细胞与虫体的RNA提取 | 第99页 |
| 5.1.2.3 烟粉虱含菌细胞cDNA文库的构建及测序 | 第99页 |
| 5.1.2.4 用于qPCR的烟粉虱含菌细胞和虫体的cDNA获取 | 第99页 |
| 5.1.2.5 验证基因的引物设计 | 第99页 |
| 5.1.2.6 qPCR的实验流程 | 第99页 |
| 5.1.3 数据处理与分析 | 第99-101页 |
| 5.1.3.1 烟粉虱含菌细胞转录组数据的拼接 | 第99-100页 |
| 5.1.3.2 烟粉虱含菌细胞转录组数据注释 | 第100页 |
| 5.1.3.3 烟粉虱含菌细胞转录组基因类别和通路的富集分析 | 第100页 |
| 5.1.3.4 烟粉虱含菌细胞和虫体基因表达量的比较 | 第100页 |
| 5.1.3.5 含菌细胞中特异表达基因的筛选 | 第100-101页 |
| 5.1.3.6 含菌细胞中高表达和差异表达基因富集通路分析 | 第101页 |
| 5.2 结果 | 第101-104页 |
| 5.2.1 烟粉虱含菌细胞转录组数据概况 | 第101页 |
| 5.2.2 功能注释 | 第101-102页 |
| 5.2.3 含菌细胞所表达基因的GO和KEGG富集情况分析 | 第102页 |
| 5.2.4 相对于虫体在含菌细胞中上调的基因 | 第102-103页 |
| 5.2.5 上调基因的分类 | 第103-104页 |
| 5.3 讨论 | 第104-120页 |
| 5.3.1 烟粉虱含菌细胞富集途径与寄主—共生菌互作的关系 | 第104-105页 |
| 5.3.2 烟粉虱含菌细胞上调基因在寄主—共生菌互作中的作用 | 第105-120页 |
| 5.3.2.1 寄主对氨基酸的供给与获取 | 第105-107页 |
| 5.3.2.2 含菌细胞中的防御反应 | 第107-120页 |
| 6 总讨论 | 第120-127页 |
| 6.1 烟粉虱唾腺与食料获取 | 第120-121页 |
| 6.2 烟粉虱消化道参与植物营养的过滤与利用 | 第121-122页 |
| 6.3 含菌细胞对韧皮部汁液营养不足的补充 | 第122-123页 |
| 6.4 本研究的特色与创新之处 | 第123页 |
| 6.5 研究中存在的问题 | 第123-124页 |
| 6.6 值得继续研究的问题 | 第124-127页 |
| 参考文献 | 第127-152页 |
| 作者经历 | 第152页 |
