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新型钠尿肽药物分子的理性设计与活性分析

摘要第3-5页
Abstract第5-6页
目录第7-10页
缩略词第10-12页
第一章 绪论第12-25页
    1.1 概述第12页
    1.2 NPs 研究进展第12-18页
        1.2.1 NPs 家族成员第13-15页
        1.2.2 NPs 的结构特征第15页
        1.2.3 NP 受体第15-18页
    1.3 NPs 的清除途径第18-19页
    1.4 多肽药物理性设计第19-22页
        1.4.1 多肽药物第19页
        1.4.2 计算辅助药物设计第19-20页
        1.4.3 同源建模第20-21页
        1.4.4 虚拟氨基酸扫描第21-22页
        1.4.5 分子动力学模拟第22页
    1.5 立题依据、研究意义及内容第22-25页
        1.5.1 立题依据第22-23页
        1.5.2 研究意义及内容第23-25页
第二章 钠尿肽分子模型构建及动力学模拟第25-33页
    2.1 模型与方法第25-27页
        2.1.1 软件平台第25-26页
        2.1.2 硬件平台第26-27页
    2.2 模拟方法第27-28页
        2.2.1 同源建模第27页
        2.2.2 分子动力学模拟第27-28页
        2.2.3 分子动力学轨迹分析第28页
        2.2.4 数据分析第28页
    2.3 结果与讨论第28-31页
        2.3.1 NPs 的分子模型与评估第28-30页
        2.3.2 NPs 的分子动力学模拟第30-31页
    2.4 小结第31-33页
第三章 钠尿肽与功能受体相互作用模型的构建与分析第33-42页
    3.1 模型与方法第33-34页
        3.1.1 计算平台第33-34页
        3.1.2 硬件平台第34页
    3.2 模拟方法第34-35页
        3.2.1 同源建模第34-35页
        3.2.2 分子动力学模拟第35页
        3.2.3 分子动力学轨迹分析第35页
        3.2.4 数据分析第35页
    3.3 结果与讨论第35-41页
        3.3.1 NP 分子模型的构建与评估第35-37页
        3.3.2 NPRA/NP 复合物模型的分子动力学模拟轨迹分析第37-39页
        3.3.3 NPRB/NP 复合物模型的分子动力学模拟轨迹分析第39-41页
    3.4 小结第41-42页
第四章 BNP 突变体的理性设计第42-56页
    4.1 模型与方法第43-44页
        4.1.1 计算平台第43页
        4.1.2 亲和力虚拟突变第43-44页
        4.1.3 热稳定性单点突变预测第44页
        4.1.4 热稳定多点突变预测第44页
    4.2 操作步骤第44-45页
        4.2.1 氨基酸虚拟突变第44-45页
        4.2.2 氨基酸突变第45页
        4.2.3 分子动力学模拟第45页
        4.2.4 数据分析第45页
    4.3 结果与分析第45-55页
        4.3.1 待突变氨基酸位点的确定第45-46页
        4.3.2 突变位点的热稳定性预测第46-47页
        4.3.3 三点突变 BNP 的分子动力学模拟轨迹分析第47页
        4.3.4 突变体 BNPmt1、BNPmt2 与 NPRA 的分子动力学模拟轨迹分析第47-49页
        4.3.5 突变体-NPRA 复合物的空间构象分析第49-51页
        4.3.6 BNP 突变前后与 NPRA 相互作用氨基酸的比较第51-55页
    4.4 小结第55-56页
第五章 NPRs-HEK-293 细胞平台的构建及药效检测第56-72页
    5.1 实验材料第56-58页
        5.1.1 引物、多肽等第56-57页
        5.1.2 培养基与试剂第57页
        5.1.3 部分试剂配方第57-58页
        5.1.4 主要仪器第58页
    5.2 实验方法第58-66页
        5.2.1 HEK-293 细胞 cGMP 构建及检测方案第58页
        5.2.2 NPRs 基因的克隆第58-59页
        5.2.3 NPRs- pEGFP-N1 融合表达载体的构建第59-60页
        5.2.4 细胞转染第60页
        5.2.5 细胞培养第60-61页
        5.2.6 平台鉴定第61-64页
        5.2.7 BNP 突变的活性检测第64-66页
    5.3 结果与讨论第66-70页
        5.3.1 NPRA、NPRB 基因的克隆第66页
        5.3.2 NPRs- pEGFP-N1 融合表达载体的构建第66页
        5.3.3 NPRA、NPRB 基因表达的检测第66-67页
        5.3.4 流式细胞检测第67-69页
        5.3.5 BNP 及其突变体活性检测第69-70页
    5.4 小结第70-72页
结论与展望第72-74页
    主要结论第72-73页
    不足及展望第73-74页
论文创新点第74-75页
致谢第75-76页
参考文献第76-84页
附录Ⅰ: 作者在攻读博士学位期间发表的论文第84-85页
附录Ⅱ: BNP 突变前后 NPRA-NPs 分子间氢键统计第85-88页
附录Ⅲ: NPR 受体 DNA 序列第88-93页

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