| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 缩略词 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 概述 | 第12页 |
| 1.2 NPs 研究进展 | 第12-18页 |
| 1.2.1 NPs 家族成员 | 第13-15页 |
| 1.2.2 NPs 的结构特征 | 第15页 |
| 1.2.3 NP 受体 | 第15-18页 |
| 1.3 NPs 的清除途径 | 第18-19页 |
| 1.4 多肽药物理性设计 | 第19-22页 |
| 1.4.1 多肽药物 | 第19页 |
| 1.4.2 计算辅助药物设计 | 第19-20页 |
| 1.4.3 同源建模 | 第20-21页 |
| 1.4.4 虚拟氨基酸扫描 | 第21-22页 |
| 1.4.5 分子动力学模拟 | 第22页 |
| 1.5 立题依据、研究意义及内容 | 第22-25页 |
| 1.5.1 立题依据 | 第22-23页 |
| 1.5.2 研究意义及内容 | 第23-25页 |
| 第二章 钠尿肽分子模型构建及动力学模拟 | 第25-33页 |
| 2.1 模型与方法 | 第25-27页 |
| 2.1.1 软件平台 | 第25-26页 |
| 2.1.2 硬件平台 | 第26-27页 |
| 2.2 模拟方法 | 第27-28页 |
| 2.2.1 同源建模 | 第27页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第27-28页 |
| 2.2.3 分子动力学轨迹分析 | 第28页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-31页 |
| 2.3.1 NPs 的分子模型与评估 | 第28-30页 |
| 2.3.2 NPs 的分子动力学模拟 | 第30-31页 |
| 2.4 小结 | 第31-33页 |
| 第三章 钠尿肽与功能受体相互作用模型的构建与分析 | 第33-42页 |
| 3.1 模型与方法 | 第33-34页 |
| 3.1.1 计算平台 | 第33-34页 |
| 3.1.2 硬件平台 | 第34页 |
| 3.2 模拟方法 | 第34-35页 |
| 3.2.1 同源建模 | 第34-35页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第35页 |
| 3.2.3 分子动力学轨迹分析 | 第35页 |
| 3.2.4 数据分析 | 第35页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第35-41页 |
| 3.3.1 NP 分子模型的构建与评估 | 第35-37页 |
| 3.3.2 NPRA/NP 复合物模型的分子动力学模拟轨迹分析 | 第37-39页 |
| 3.3.3 NPRB/NP 复合物模型的分子动力学模拟轨迹分析 | 第39-41页 |
| 3.4 小结 | 第41-42页 |
| 第四章 BNP 突变体的理性设计 | 第42-56页 |
| 4.1 模型与方法 | 第43-44页 |
| 4.1.1 计算平台 | 第43页 |
| 4.1.2 亲和力虚拟突变 | 第43-44页 |
| 4.1.3 热稳定性单点突变预测 | 第44页 |
| 4.1.4 热稳定多点突变预测 | 第44页 |
| 4.2 操作步骤 | 第44-45页 |
| 4.2.1 氨基酸虚拟突变 | 第44-45页 |
| 4.2.2 氨基酸突变 | 第45页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第45页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第45页 |
| 4.3 结果与分析 | 第45-55页 |
| 4.3.1 待突变氨基酸位点的确定 | 第45-46页 |
| 4.3.2 突变位点的热稳定性预测 | 第46-47页 |
| 4.3.3 三点突变 BNP 的分子动力学模拟轨迹分析 | 第47页 |
| 4.3.4 突变体 BNPmt1、BNPmt2 与 NPRA 的分子动力学模拟轨迹分析 | 第47-49页 |
| 4.3.5 突变体-NPRA 复合物的空间构象分析 | 第49-51页 |
| 4.3.6 BNP 突变前后与 NPRA 相互作用氨基酸的比较 | 第51-55页 |
| 4.4 小结 | 第55-56页 |
| 第五章 NPRs-HEK-293 细胞平台的构建及药效检测 | 第56-72页 |
| 5.1 实验材料 | 第56-58页 |
| 5.1.1 引物、多肽等 | 第56-57页 |
| 5.1.2 培养基与试剂 | 第57页 |
| 5.1.3 部分试剂配方 | 第57-58页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第58页 |
| 5.2 实验方法 | 第58-66页 |
| 5.2.1 HEK-293 细胞 cGMP 构建及检测方案 | 第58页 |
| 5.2.2 NPRs 基因的克隆 | 第58-59页 |
| 5.2.3 NPRs- pEGFP-N1 融合表达载体的构建 | 第59-60页 |
| 5.2.4 细胞转染 | 第60页 |
| 5.2.5 细胞培养 | 第60-61页 |
| 5.2.6 平台鉴定 | 第61-64页 |
| 5.2.7 BNP 突变的活性检测 | 第64-66页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第66-70页 |
| 5.3.1 NPRA、NPRB 基因的克隆 | 第66页 |
| 5.3.2 NPRs- pEGFP-N1 融合表达载体的构建 | 第66页 |
| 5.3.3 NPRA、NPRB 基因表达的检测 | 第66-67页 |
| 5.3.4 流式细胞检测 | 第67-69页 |
| 5.3.5 BNP 及其突变体活性检测 | 第69-70页 |
| 5.4 小结 | 第70-72页 |
| 结论与展望 | 第72-74页 |
| 主要结论 | 第72-73页 |
| 不足及展望 | 第73-74页 |
| 论文创新点 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-84页 |
| 附录Ⅰ: 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第84-85页 |
| 附录Ⅱ: BNP 突变前后 NPRA-NPs 分子间氢键统计 | 第85-88页 |
| 附录Ⅲ: NPR 受体 DNA 序列 | 第88-93页 |
