| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 鲤鱼 | 第13-15页 |
| 1.2 嗜水气单胞菌及其在水产动物中的研究进展 | 第15-18页 |
| 1.3 基于高通量测序的转录组学技术及在水产动物中的应用 | 第18-20页 |
| 1.4 A型清道夫受体基因家族 | 第20-22页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第22-23页 |
| 第二章 鲤鱼感染嗜水气单胞菌的脾脏转录组比较分析 | 第23-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-29页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1.1 实验试剂和实验仪器 | 第23页 |
| 2.1.1.2 实验鱼的准备 | 第23-24页 |
| 2.1.1.3 嗜水气单胞菌的准备 | 第24页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第24-25页 |
| 2.1.2.1 样品采集 | 第24页 |
| 2.1.2.2 总RNA的提取和测序 | 第24-25页 |
| 2.1.2.3 mRNA的提取 | 第25页 |
| 2.1.3 数据分析 | 第25-29页 |
| 2.1.3.1 原始数据的获得和筛选 | 第25-26页 |
| 2.1.3.2 差异基因的分析 | 第26-27页 |
| 2.1.3.3 定量PCR验证 | 第27-29页 |
| 2.1.3.4 GO富集分析和pathway分析 | 第29页 |
| 2.2 实验结果 | 第29-36页 |
| 2.2.1 细菌感染实验 | 第29-30页 |
| 2.2.2 测序序列的筛查 | 第30页 |
| 2.2.3 鉴定和分析差异表达基因 | 第30-34页 |
| 2.2.4 基因本体论富集分析 | 第34页 |
| 2.2.5 定量PCR验证差异表达基因 | 第34-36页 |
| 2.3 讨论 | 第36-43页 |
| 第三章 基于全基因的识别鉴定鲤鱼A型清道夫受体基因家族 | 第43-56页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第43页 |
| 3.1.2 鲤鱼A型清道夫受体基因家族的鉴定和序列分析 | 第43页 |
| 3.1.3 A型清道夫受体基因家族的系统进化分析 | 第43-44页 |
| 3.1.4 A型清道夫受体基因在鲤鱼不同发育时期和健康鱼组织中的表达 | 第44页 |
| 3.1.5 A型清道夫受体基因在鲤鱼受嗜水气单胞菌感染过程中肠和脾脏的表达 | 第44-45页 |
| 3.2 实验结果 | 第45-53页 |
| 3.2.1 鉴定鲤鱼A型清道夫受体 | 第45-47页 |
| 3.2.2 鲤鱼A型清道夫受体基因的系统进化和线性分析 | 第47-49页 |
| 3.2.3 鲤鱼A型清道夫受体基因的加倍 | 第49-50页 |
| 3.2.4 A型清道夫受体基因在鲤鱼早期发育阶段的表达 | 第50-51页 |
| 3.2.5 A型清道夫受体基因在健康鲤鱼各个组织中的表达 | 第51-52页 |
| 3.2.6 A型清道夫受体基因在鲤鱼感染嗜水气单胞菌后肠和脾脏中的表达 | 第52-53页 |
| 3.3 讨论 | 第53-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 论文发表情况 | 第65页 |
