| 摘要 | 第6-11页 |
| ABSTRACT | 第11-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-90页 |
| 引言 | 第20-21页 |
| 1.1 哺乳动物及其肠道菌群的共进化研究进展 | 第21-32页 |
| 1.1.1 哺乳动物的进化及肠道的形态学特征 | 第21-23页 |
| 1.1.2 人类的进化和饮食的现代化 | 第23-25页 |
| 1.1.3 哺乳动物进化与肠道菌群的相互关系研究进展 | 第25-29页 |
| 1.1.4 人类进化对肠道菌群的影响研究进展 | 第29-31页 |
| 1.1.5 哺乳动物肠道菌群进化过程中可能面临的选择压力 | 第31-32页 |
| 1.2 肠道菌群与哺乳动物宿主健康的相互关系研究进展 | 第32-49页 |
| 1.2.1 肠道菌群的代谢对哺乳动物宿主健康的影响研究进展 | 第33-43页 |
| 1.2.2 哺乳动物肠道核心菌群的研究进展 | 第43-46页 |
| 1.2.3 维持哺乳动物宿主健康的生态系统服务理论 | 第46-47页 |
| 1.2.4 肠道菌群失调与哺乳动物宿主疾病的相互关系研究进展 | 第47-49页 |
| 1.3 研究肠道菌群的具体方法和相关分析技术进展 | 第49-60页 |
| 1.3.1 肠道微生物分子生态学常用技术 | 第49-51页 |
| 1.3.2 第二代和第三代高通量测序技术进展 | 第51-56页 |
| 1.3.3 全微生物组关联分析方法研究进展 | 第56-60页 |
| 1.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 1.5 参考文献 | 第61-90页 |
| 第二章 中国健康年轻人群的肠道核心功能种属及其与生活方式、居住地域、民族来源等多重因素的相互关系 | 第90-159页 |
| 引言 | 第94-96页 |
| 2.1 材料与方法 | 第96-100页 |
| 2.1.1 研究对象的招募和采样 | 第96页 |
| 2.1.2 焦磷酸测序、序列预处理及生物信息学分析 | 第96-99页 |
| 2.1.3 统计学分析 | 第99页 |
| 2.1.4 核酸序列登录号 | 第99-100页 |
| 2.2 实验结果 | 第100-124页 |
| 2.2.1 研究人群 | 第100-102页 |
| 2.2.2 中国健康年轻人群肠道菌群的组成及多样性 | 第102-106页 |
| 2.2.3 多重因素对中国健康年轻人群肠道菌群结构的影响 | 第106-115页 |
| 2.2.4 中国健康年轻人群的所有个体共享一组属水平的肠道核心菌群 | 第115-122页 |
| 2.2.5 多重因素对肠道核心菌群精细组成的影响 | 第122-124页 |
| 2.3 讨论 | 第124-130页 |
| 2.4 本章小结 | 第130-131页 |
| 2.5 参考文献 | 第131-140页 |
| 本章附表 | 第140-159页 |
| 第三章 大熊猫肠道菌群的季节性结构变化及其与其它哺乳动物肠道菌群的比较 | 第159-218页 |
| 引言 | 第163-165页 |
| 3.1 材料与方法 | 第165-170页 |
| 3.1.1 样本选取 | 第165-166页 |
| 3.1.2 微生物元基因组DNA提取、PCR扩增与焦磷酸测序 | 第166-167页 |
| 3.1.3 从头（De novo）划分OTU及统计学分析 | 第167-168页 |
| 3.1.4 多个 16S r RNA基因序列集的合并、OTU划分及统计学分析 | 第168-169页 |
| 3.1.5 大熊猫肠道中消化纤维素细菌的推定 | 第169-170页 |
| 3.1.6 核酸序列登录号 | 第170页 |
| 3.2 实验结果 | 第170-190页 |
| 3.2.1 大熊猫肠道菌群的整体组成结构 | 第170-174页 |
| 3.2.2 大熊猫肠道菌群的个体间差异及其随季节发生的变化 | 第174-178页 |
| 3.2.3 野生、圈养大熊猫同其它哺乳动物肠道菌群的结构差异 | 第178-188页 |
| 3.2.4 大熊猫肠道中Clostridia纲的消化纤维素细菌的推定 | 第188-190页 |
| 3.3 讨论 | 第190-194页 |
| 3.4 本章小结 | 第194-195页 |
| 3.5 参考文献 | 第195-204页 |
| 本章附表 | 第204-218页 |
| 全文总结 | 第218-219页 |
| 论文的创新点 | 第219-220页 |
| 附录1 缩写及全称 | 第220-223页 |
| 附录2 溶液及培养基配方 | 第223-224页 |
| 附录3 仪器设备 | 第224-225页 |
| 致谢 | 第225-228页 |
| 博士期间已（待）发表的学术文章及参加的科研课题 | 第228-231页 |
| 已（待）发表的论文 | 第228-230页 |
| 学术会议论文 | 第230页 |
| 参加的科研课题 | 第230-231页 |
