| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 高通量测序技术阐述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 测序技术发展史 | 第10-11页 |
| 1.1.2 高通量测序技术的运用 | 第11页 |
| 1.1.3 高通量测序技术的前景 | 第11-12页 |
| 1.2 RNA编辑与miRNA简介 | 第12-13页 |
| 1.2.1 RNA编辑机制 | 第12-13页 |
| 1.2.2 miRNA作用机制 | 第13页 |
| 1.3 RNA编辑的生物学功能研究进展 | 第13-14页 |
| 1.4 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.5 研究意义 | 第15页 |
| 1.6 本文主要工作 | 第15-16页 |
| 1.7 论文结构安排 | 第16-18页 |
| 第二章 肺癌RNA编辑位点识别算法 | 第18-39页 |
| 2.1 肺癌底层数据简介 | 第18页 |
| 2.2 RNA-Seq序列比对以及参数设置 | 第18-22页 |
| 2.3 RNA编辑位点候选集合的构建 | 第22-25页 |
| 2.3.1 RNA-Seq比对结果的简单处理 | 第22页 |
| 2.3.2 RNA-Seq数据聚类分析 | 第22-23页 |
| 2.3.3 RNA-Seq数据错配位点识别 | 第23-25页 |
| 2.4 RNA编辑位点候选集合的过滤 | 第25-32页 |
| 2.4.1 滤除已知SNP位点 | 第25-26页 |
| 2.4.2 滤除RNA-Seq序列 5’和 3’末端 6nt位点 | 第26页 |
| 2.4.3 滤除同库重复序列 | 第26-27页 |
| 2.4.4 滤除可靠性较差位点 | 第27-28页 |
| 2.4.5 确定错配位点的替换类型 | 第28页 |
| 2.4.6 滤除位于剪接位点上下游位点 | 第28-29页 |
| 2.4.7 滤除癌突变位点 | 第29页 |
| 2.4.8 滤除旁系同源以及SSR内位点 | 第29-31页 |
| 2.4.9 滤除随机错误 | 第31-32页 |
| 2.5 特异性A-to-I RNA编辑位点的筛选策略 | 第32-36页 |
| 2.6 RNA编辑位点算法性能的评估 | 第36-37页 |
| 2.7 本章小结 | 第37-39页 |
| 第三章 特异性编辑位点的功能分析 | 第39-56页 |
| 3.1 基因的功能性注释分析 | 第39-40页 |
| 3.2 特异性RNA编辑事件对氨基酸的影响 | 第40-44页 |
| 3.2.1 筛选影响氨基酸的编辑位点策略 | 第40-41页 |
| 3.2.2 特异性RNA编辑事件对氨基酸的影响 | 第41-44页 |
| 3.3 特异性编辑事件对miRNA的影响 | 第44-55页 |
| 3.3.1 miRBase数据库和mi Randa软件简介 | 第44页 |
| 3.3.2 miRNA筛选策略 | 第44-45页 |
| 3.3.3 RNA编辑对miRNA靶向作用分类 | 第45-50页 |
| 3.3.4 RNA编辑事件影响miRNA的靶向作用 | 第50-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第四章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 4.1 总结 | 第56-57页 |
| 4.2 展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 攻读硕士期间发表论文 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 附录 | 第65-71页 |
