| 符号说明 | 第4-9页 |
| 中文摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-24页 |
| 1.1 转录组与转录组学 | 第12-13页 |
| 1.1.1 二代测序技术 | 第12页 |
| 1.1.2 转录组测序 | 第12-13页 |
| 1.2 热激蛋白 | 第13-15页 |
| 1.2.1 热激蛋白的发现 | 第13页 |
| 1.2.2 植物HSP的分类和特点 | 第13-14页 |
| 1.2.3 植物HSP功能 | 第14页 |
| 1.2.3.1 HSP影响植物正常的生长发育 | 第14页 |
| 1.2.3.2 某些HSP具有分子伴侣的功能 | 第14页 |
| 1.2.3.3 HSP可以增加植物的耐热力 | 第14页 |
| 1.2.4 植物HSP的表达调控 | 第14-15页 |
| 1.2.4.1 热休克元件 | 第14-15页 |
| 1.2.4.2 植物HSP反式作用元件（HSF） | 第15页 |
| 1.3 基因的转录 | 第15-18页 |
| 1.3.1 基因的转录过程 | 第15页 |
| 1.3.2 RNAP II的结构 | 第15页 |
| 1.3.3 CTD结构域及其功能 | 第15-18页 |
| 1.4 RNAP II转录暂停 | 第18-20页 |
| 1.4.1 基因转录受RNAP II暂停的调控 | 第18-19页 |
| 1.4.2 RNAP II在HSP基因转录过程暂停 | 第19页 |
| 1.4.3 RNAP II暂停的机理的研究 | 第19-20页 |
| 1.5 CTD磷酸化与RNAP II暂停的联系 | 第20-21页 |
| 1.6 光对根发育的影响 | 第21-23页 |
| 1.6.1 光是根发育重要的环境因子 | 第21页 |
| 1.6.2 光敏色素与根的关系 | 第21-23页 |
| 1.7 生长素对根发育的影响 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-28页 |
| 2.1.1 拟南芥材料及生长条件 | 第24页 |
| 2.1.2 玉米材料及生长条件 | 第24-25页 |
| 2.1.3 菌株与质粒 | 第25页 |
| 2.1.4 操作基因及PCR引物 | 第25页 |
| 2.1.5 实验用酶及试剂 | 第25-28页 |
| 2.1.5.1 实验用酶 | 第25页 |
| 2.1.5.2 实验试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.5.3 各种试剂及ATS培养基配方 | 第26-28页 |
| 2.1.6 RNA-seq测序材料 | 第28页 |
| 2.1.7 RNA-seq测序数据 | 第28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-40页 |
| 2.2.1 RNA-seq测序数据处理 | 第28-33页 |
| 2.2.1.1 比对 | 第30-31页 |
| 2.2.1.2 汇总比对的reads | 第31页 |
| 2.2.1.3 标准化 | 第31-32页 |
| 2.2.1.4 差异表达 | 第32页 |
| 2.2.1.5 后期系统生物学分析 | 第32页 |
| 2.2.1.6 本实验所用软件 | 第32页 |
| 2.2.1.7 玉米与拟南芥同源基因比对 | 第32-33页 |
| 2.2.1.8 对差异表达基因GO分析 | 第33页 |
| 2.2.2 预测与RNAP II暂停相关的元件 | 第33页 |
| 2.2.2.1 获取card1-1 突变体上调与下调的基因的启动子区与基因编码序列 | 第33页 |
| 2.2.2.2 获取所有HSPs、持家基因的启动子区与基因编码序列 | 第33页 |
| 2.2.2.3 利用所获得的序列进行motif预测 | 第33页 |
| 2.2.3 对预测的motif进行统计分析 | 第33页 |
| 2.2.4 植物总DNA的提取 | 第33-34页 |
| 2.2.5 构建植物转基因表达载体的步骤 | 第34-37页 |
| 2.2.5.1 PCR引物设计 | 第34页 |
| 2.2.5.2 PCR扩增目的片段 | 第34-35页 |
| 2.2.5.3 酶切反应和目的片段回收 | 第35-36页 |
| 2.2.5.4 连接反应 | 第36页 |
| 2.2.5.5 菌落PCR | 第36-37页 |
| 2.2.5.6 酶切鉴定表达载体及测序 | 第37页 |
| 2.2.5.7 定点突变 | 第37页 |
| 2.2.5.8 构建表达载体 | 第37页 |
| 2.2.6 大肠杆菌DH5α 感受态细胞的转化 | 第37-38页 |
| 2.2.7 根癌农杆菌GV3101感受态细胞的转化 | 第38页 |
| 2.2.8 拟南芥的栽培与转化 | 第38-39页 |
| 2.2.8.1 拟南芥的栽培 | 第38页 |
| 2.2.8.2 拟南芥的转化 | 第38-39页 |
| 2.2.9 转基因拟南芥阳性植株的筛选 | 第39页 |
| 2.2.10 对T2代苗进行GUS染色 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-55页 |
| 3.1 基于拟南芥参考基因组序列的生物信息学分析 | 第40-49页 |
| 3.1.1 通过RNA-seq寻找card1-1 与Con的差异表达基因 | 第40-41页 |
| 3.1.2 上调基因启动子区功能元件的分析 | 第41页 |
| 3.1.3 PPRE存在于HSP基因启动子区 | 第41-42页 |
| 3.1.4 PPRE在全基因相应启动子区普遍存在 | 第42-43页 |
| 3.1.5 PPRE在HSP基因中起着负调控作用 | 第43-49页 |
| 3.2 基于玉米参考基因组序列的生物信息学分析 | 第49-55页 |
| 3.2.1 各玉米品种密植与稀植情况下的表型分析 | 第49-50页 |
| 3.2.2 通过RNA-seq寻找不同密度种植差异表达基因 | 第50-52页 |
| 3.2.3 拟南芥与玉米同源基因的比对 | 第52页 |
| 3.2.4 差异表达基因的GO分析 | 第52-55页 |
| 4 讨论 | 第55-57页 |
| 5 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
