谷子与锈菌互作的转录组和表达谱研究及相关基因表达分析
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-22页 |
| 1.1 谷子锈病研究概述 | 第13-16页 |
| 1.1.1 谷子锈病病原菌 | 第13-14页 |
| 1.1.2 谷子锈病的发生及其危害 | 第14页 |
| 1.1.3 谷子锈病发生的流行规律及其发病条件 | 第14-15页 |
| 1.1.4 谷子锈病的防治 | 第15-16页 |
| 1.2 病原菌与寄主间的相互作用 | 第16-18页 |
| 1.2.1 病程相关基因 | 第16页 |
| 1.2.2 蛋白激酶 | 第16-17页 |
| 1.2.3 转录因子 | 第17-18页 |
| 1.2.4 植物抗病基因 | 第18页 |
| 1.3 第二代测序技术 | 第18-20页 |
| 1.3.1 第二代测序技术概况 | 第18-19页 |
| 1.3.2 RNA-Seq技术 | 第19页 |
| 1.3.3 DGE技术 | 第19页 |
| 1.3.4 RNA-seq与DGE的关系 | 第19-20页 |
| 1.4 实时荧光定量PCR | 第20-21页 |
| 1.4.1 q RT-PCR的标记方法 | 第20页 |
| 1.4.2 q RT-PCR内参基因的选择 | 第20-21页 |
| 1.4.3 q RT-PCR技术的应用 | 第21页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第21-22页 |
| 2 谷子转录组测序及生物信息学分析 | 第22-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.1 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第22页 |
| 2.1.3 谷子品种及菌种 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 材料处理和取样 | 第22-23页 |
| 2.2.2 RNA提取及质量检测 | 第23-25页 |
| 2.2.3 转录组文库构建及测序 | 第25-26页 |
| 2.2.4 测序数据的生物信息学分析 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-39页 |
| 2.3.1 RNA样品的质量检测 | 第27-29页 |
| 2.3.2 测序产量和组装质量统计 | 第29-31页 |
| 2.3.3 Unigene的功能注释和功能分类 | 第31-39页 |
| 2.3.4 预测编码蛋白框CDS | 第39页 |
| 2.4 小结 | 第39-41页 |
| 3 谷子响应锈菌侵染的数字基因表达谱构建及分析 | 第41-73页 |
| 3.1 实验材料 | 第41页 |
| 3.1.1 主要仪器设备 | 第41页 |
| 3.1.2 主要试剂耗材 | 第41页 |
| 3.1.3 谷子品种及菌种 | 第41页 |
| 3.2 实验方法 | 第41-47页 |
| 3.2.1 材料处理和取样 | 第41-42页 |
| 3.2.2 RNA提取及质量检测 | 第42页 |
| 3.2.3 表达谱文库构建及测序 | 第42-43页 |
| 3.2.4 数字化基因表达谱信息分析流程 | 第43-47页 |
| 3.3 结果与分析 | 第47-71页 |
| 3.3.1 RNA样品的质量检测 | 第47页 |
| 3.3.2 表达谱测序结果与分析 | 第47-64页 |
| 3.3.3 谷子抗锈相关基因的识别 | 第64-71页 |
| 3.4 小结 | 第71-73页 |
| 4 谷子抗锈相关基因的筛选和初步验证 | 第73-85页 |
| 4.1 试验材料 | 第73页 |
| 4.1.1 主要仪器设备 | 第73页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第73页 |
| 4.1.3 谷子品种及菌种 | 第73页 |
| 4.2 试验方法 | 第73-76页 |
| 4.2.1 材料处理和取样 | 第73页 |
| 4.2.2 RNA提取及质量检测 | 第73-74页 |
| 4.2.3 引物设计 | 第74-75页 |
| 4.2.4 内参基因的选择 | 第75页 |
| 4.2.5 第一链c DNA的制备 | 第75页 |
| 4.2.6 荧光定量PCR检测 | 第75-76页 |
| 4.3 结果与分析 | 第76-84页 |
| 4.3.1 RNA样品的质量检测 | 第76页 |
| 4.3.2 候选基因表达分析 | 第76-84页 |
| 4.4 小结 | 第84-85页 |
| 讨论 | 第85-87页 |
| 结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-99页 |
| 附录 | 第99-100页 |
| 后记（含致谢） | 第100-101页 |
| 攻读学位期间取得的科研成果清单 | 第101页 |
