| 摘要 | 第5-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-27页 |
| 1.1 鰋鮡鱼类研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 鮡科鱼类基本情况介绍 | 第14页 |
| 1.1.2 鰋鮡鱼类研究情况介绍 | 第14-18页 |
| 1.2 高通量测序、线粒体基因组及目标序列捕获技术 | 第18-21页 |
| 1.2.1 高通量测序技术 | 第18页 |
| 1.2.2 线粒体基因组的进化 | 第18-19页 |
| 1.2.3 目标序列捕获 | 第19-21页 |
| 1.3 系统发育基因组学 | 第21-23页 |
| 1.4 转录组学 | 第23-25页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第25-27页 |
| 第2章 基于线粒体基因组研究鮡科鱼类的生物地理及高原适应进化 | 第27-47页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.2.1 样品采集、处理及外类群选择 | 第28-29页 |
| 2.2.2 实验器材 | 第29页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第29-30页 |
| 2.2.4 实验步骤 | 第30-33页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第33-35页 |
| 2.3 结果 | 第35-44页 |
| 2.3.1 鮡科鱼类系统发育关系 | 第35-37页 |
| 2.3.2 鮡科鱼类分化时间估算 | 第37-38页 |
| 2.3.3 鰋鮡鱼类地理分布的祖先重建 | 第38-40页 |
| 2.3.4 鰋鮡鱼类的快速进化 | 第40-42页 |
| 2.3.5 正向选择基因 | 第42-44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-47页 |
| 2.4.1 鰋鮡鱼类的起源、扩散及西藏东南部水体分化格局 | 第44-45页 |
| 2.4.2 线粒体的高原适应进化 | 第45-47页 |
| 第3章 Gene Capture及其在鮡科鱼类系统发育中的应用 | 第47-70页 |
| 3.1 引言 | 第47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-57页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第47-49页 |
| 2.2.2 实验器材 | 第49页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第49-50页 |
| 3.2.4 探针设计 | 第50-51页 |
| 3.2.5 实验步骤 | 第51-55页 |
| 3.2.6 数据分析 | 第55-57页 |
| 3.3 结果 | 第57-64页 |
| 3.3.1 测序及组装 | 第57-61页 |
| 3.3.2 系统发育分析 | 第61-63页 |
| 3.3.3 分化时间估算 | 第63-64页 |
| 3.4 讨论 | 第64-70页 |
| 3.4.1 鮡科鱼类系统关系的稳定性探讨 | 第64-69页 |
| 3.4.2 西藏东南部的水系分化格局 | 第69-70页 |
| 第4章 鰋鮡鱼类的比较转录组研究青藏高原鱼类的适应进化 | 第70-86页 |
| 4.1 引言 | 第70页 |
| 4.2 材料与方法 | 第70-75页 |
| 4.2.1 动物伦理学说明 | 第70页 |
| 4.2.2 样本采集和RNA提取 | 第70-71页 |
| 4.2.3 cDNA文库构建和Illumina测序 | 第71-72页 |
| 4.2.4 生物信息分析 | 第72-75页 |
| 4.3 结果 | 第75-83页 |
| 4.3.1 Illumina测序和de novo组装 | 第75-77页 |
| 4.3.2 基因功能注释 | 第77-79页 |
| 4.3.3 寻找直系同源基因 | 第79-80页 |
| 4.3.4 鰋鮡鱼类的快速进化 | 第80-83页 |
| 4.3.5 快速进化与正向选择基因 | 第83页 |
| 4.4 讨论 | 第83-86页 |
| 参考文献 | 第86-97页 |
| 附录 | 第97-168页 |
| 附录Ⅰ 用于线粒体基因组及基因捕获测序研究中的接头、引物以及blocking oligos序列 | 第97-98页 |
| 附录Ⅱ 用于线粒体基因组和基因捕获测序中的索引序列 | 第98-99页 |
| 附录Ⅲ 基因捕获文库检测结果 | 第99-126页 |
| 附录Ⅴ 3 个鰋鮡鱼类及黄颡鱼中的快速进化基因 | 第126-148页 |
| 附录Ⅵ 3 个鰋鮡及黄颡鱼中的正向选择基因 | 第148-165页 |
| 附录Ⅶ 鰋鮡鱼类及黄颡鱼FEGs的功能富集 | 第165-168页 |
| 致谢 | 第168-170页 |
| 在学期间所发表的文章 | 第170-171页 |
| 个人简历 | 第171页 |
