| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 海洋环境概况 | 第10页 |
| 1.2 海洋微生物研究现状 | 第10-12页 |
| 1.2.1 微生物多样性研究 | 第11页 |
| 1.2.2 微生物资源挖掘与研究 | 第11-12页 |
| 1.3 盐湖环境概况 | 第12页 |
| 1.4 盐湖环境微生物研究现状 | 第12-13页 |
| 1.4.1 盐湖微生物多样性研究 | 第12-13页 |
| 1.4.2 古菌基因组学研究 | 第13页 |
| 1.5 盐湖资源利用 | 第13-14页 |
| 1.6 微生物多相分类学 | 第14-15页 |
| 1.7 微生物组学研究 | 第15-17页 |
| 1.7.1 微生物基因组学 | 第15-16页 |
| 1.7.2 微生物转录组学 | 第16页 |
| 1.7.3 微生物宏基因组学 | 第16-17页 |
| 1.8 本研究的目的与意义 | 第17-18页 |
| 第二章 极端环境的微生物多相分类学研究 | 第18-55页 |
| 2.1 材料和方法 | 第18-20页 |
| 2.1.1 实验试剂及培养基 | 第18-20页 |
| 2.1.1.1 实验试剂 | 第18-19页 |
| 2.1.1.2 培养基(不包括分离单菌落配置的培养基) | 第19-20页 |
| 2.1.2 样品来源 | 第20页 |
| 2.2 菌株分离与培养 | 第20-23页 |
| 2.2.1 海水样品菌株的分离纯化 | 第20-21页 |
| 2.2.2 盐湖环境菌株的分离纯化 | 第21-22页 |
| 2.2.3 菌株保藏 | 第22-23页 |
| 2.3 表型特征 | 第23-25页 |
| 2.3.1 形态学特征 | 第23-24页 |
| 2.3.2 生长特征 | 第24-25页 |
| 2.4 生理生化特征 | 第25-30页 |
| 2.4.1 抗生素敏感实验 | 第25页 |
| 2.4.2 硝酸盐和亚硝酸盐还原 | 第25-26页 |
| 2.4.3 氧化酶实验 | 第26页 |
| 2.4.4 过氧化氢酶实验 | 第26页 |
| 2.4.5 淀粉水解实验 | 第26页 |
| 2.4.6 明胶水解实验 | 第26页 |
| 2.4.7 酪素水解实验 | 第26-27页 |
| 2.4.8 酪氨酸水解实验 | 第27页 |
| 2.4.9 吲哚产生实验 | 第27页 |
| 2.4.10 H2S产生实验 | 第27页 |
| 2.4.11 酯酶实验 | 第27-28页 |
| 2.4.12 纤维素水解实验 | 第28页 |
| 2.4.13 七叶苷水解实验 | 第28页 |
| 2.4.14 乙酰甲基甲醇(VP)和甲基红试验 | 第28页 |
| 2.4.15 细胞色素实验 | 第28页 |
| 2.4.16 厌氧生长实验 | 第28-29页 |
| 2.4.17 试剂盒检测生理生化指标 | 第29-30页 |
| 2.4.17.1 Biolog GN2 | 第29页 |
| 2.4.17.2 API ZYM | 第29-30页 |
| 2.4.17.3 API 20NE | 第30页 |
| 2.4.17.4 API 50CH | 第30页 |
| 2.5 化学分类研究 | 第30-33页 |
| 2.5.1 脂肪酸组成成分分析 | 第30-31页 |
| 2.5.2 呼吸醌成分分析 | 第31-32页 |
| 2.5.3 极性脂组分分析实验 | 第32-33页 |
| 2.5.3.1 极性脂的抽提 | 第32页 |
| 2.5.3.2 TLC分析 | 第32-33页 |
| 2.6 遗传特征 | 第33-39页 |
| 2.6.1 16S rRNA基因序列分析 | 第33-39页 |
| 2.6.1.1 16S rRNA基因少量提取、扩增及测序比对 | 第33-37页 |
| 2.6.1.2 基因组DNA大量抽提 | 第37页 |
| 2.6.1.3 基因组DNA的G+C mol%分析(HPLC法) | 第37-38页 |
| 2.6.1.4 DDH分析 | 第38-39页 |
| 2.7 结果与讨论 | 第39-54页 |
| 2.7.1 Muriicola属的菌株多相分类学结果 | 第39-46页 |
| 2.7.1.1 表型特征 | 第39-40页 |
| 2.7.1.2 生理生化特征 | 第40-42页 |
| 2.7.1.3 化学分类特征 | 第42-44页 |
| 2.7.1.4 遗传特征 | 第44-45页 |
| 2.7.1.5 新种描述 | 第45-46页 |
| 2.7.2 Muriicola属的菌株多相分类学研究 | 第46-54页 |
| 2.7.2.1 表型特征 | 第46-47页 |
| 2.7.2.2 生理生化特征 | 第47-50页 |
| 2.7.2.3 化学分类特征 | 第50-52页 |
| 2.7.2.4 遗传特征 | 第52-53页 |
| 2.7.2.5 新种描述 | 第53-54页 |
| 2.8 本章讨论 | 第54-55页 |
| 第三章 Maribacter thermophilus的基因组注释分析及一株Halorubrum属的古菌比较基因组学探究 | 第55-69页 |
| 3.1 材料和方法 | 第55-59页 |
| 3.1.1 实验用菌株 | 第55页 |
| 3.1.2 古菌Halorubrum sp.Hj-4培养基 | 第55页 |
| 3.1.3 基因组DNA的提取和质检 | 第55-56页 |
| 3.1.4 基因组测序及组装 | 第56页 |
| 3.1.5 基因组注释平台构建 | 第56-58页 |
| 3.1.5.1 RAST平台 | 第56页 |
| 3.1.5.2 自有平台搭建 | 第56-58页 |
| 3.1.5.2.1 基因组结构预测 | 第56-57页 |
| 3.1.5.2.1.1 Glimmer | 第56页 |
| 3.1.5.2.1.2 Prodigal | 第56-57页 |
| 3.1.5.2.2 基因功能注释 | 第57-58页 |
| 3.1.5.2.2.1 数据库直接比对 | 第57页 |
| 3.1.5.2.2.2 InterProscan | 第57页 |
| 3.1.5.2.2.3 非编码RNA的预测 | 第57-58页 |
| 3.1.5.2.2.3.1 tRNAscan | 第57页 |
| 3.1.5.2.2.3.2 RNAmmer | 第57页 |
| 3.1.5.2.2.3.3 rfam数据库的使用 | 第57-58页 |
| 3.1.5.2.2.4 KEGG注释 | 第58页 |
| 3.1.5.2.2.5 特异序列的预测和查找 | 第58页 |
| 3.1.5.2.2.6 其他分析 | 第58页 |
| 3.1.6 基因组数据的提交 | 第58-59页 |
| 3.1.7 比较基因组学方法探究 | 第59页 |
| 3.1.7.1 系统发育树的构建 | 第59页 |
| 3.1.7.2 基因结构比较 | 第59页 |
| 3.2 基因组分析结果 | 第59-65页 |
| 3.2.1 菌株Maribacter thermophilus测序项目及基本信息 | 第59-61页 |
| 3.2.2 基因组分析结果 | 第61-65页 |
| 3.3 基因组数据挖掘 | 第65-66页 |
| 3.4 比较基因组分析结果 | 第66-68页 |
| 3.4.1 arb分析结果 | 第66-67页 |
| 3.4.2 Mauve分析结果 | 第67-68页 |
| 3.5 本章小结 | 第68-69页 |
| 第四章 讨论和展望 | 第69-71页 |
| 4.1 讨论 | 第69页 |
| 4.2 展望 | 第69-71页 |
| 附录 基因组注释手册 | 第71-80页 |
| 参考文献 | 第80-83页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文(含待发表) | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
