| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-22页 |
| 1.1 密码子使用偏好性的概述 | 第10-11页 |
| 1.2 密码子使用偏好性的影响因素 | 第11-14页 |
| 1.2.1 基因的碱基组成 | 第11-12页 |
| 1.2.2 tRNA分子的丰度 | 第12页 |
| 1.2.3 基因的长度 | 第12-13页 |
| 1.2.4 基因表达水平 | 第13页 |
| 1.2.5 mRNA二级结构 | 第13页 |
| 1.2.6 氨基酸的亲疏水性以及芳香性 | 第13页 |
| 1.2.7 密码子碱基组成的上下文关系 | 第13-14页 |
| 1.2.8 基因水平重组 | 第14页 |
| 1.3 衡量密码子使用偏好性的常用指标 | 第14-16页 |
| 1.3.1 相对同义密码子使用频率(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU) | 第14页 |
| 1.3.2 密码子适应指数(Codon Adaptation Index,CAI) | 第14-15页 |
| 1.3.3 GC含量以及密码子各个位置的GC含量 | 第15页 |
| 1.3.4 有效密码子数(Effective Number of Codons, ENC) | 第15-16页 |
| 1.3.5 最优密码子频率(Frequency of Optimal codons,Fop) | 第16页 |
| 1.3.6 密码子偏好性指数(Codon Bias Index, CBI) | 第16页 |
| 1.4 研究密码子使用模式的意义 | 第16-17页 |
| 1.5 脊椎动物密码子偏好性的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.6 小鲵科简介 | 第18-19页 |
| 1.7 线粒体基因组概述 | 第19-20页 |
| 1.7.1 线粒体基因组的结构组成 | 第19-20页 |
| 1.7.2 线粒体基因组的结构特点 | 第20页 |
| 1.8 本研究的目的意义 | 第20-22页 |
| 第2章 小鲵科线粒体基因组中密码子使用偏好性及形成原因分析 | 第22-56页 |
| 2.1 小鲵科线粒体基因组中密码子使用偏好性比较 | 第22-35页 |
| 2.1.1 数据 | 第22页 |
| 2.1.2 方法 | 第22-24页 |
| 2.1.3 结果 | 第24-35页 |
| 2.1.4 讨论 | 第35页 |
| 2.2 小鲵科线粒体基因组中密码子使用偏性形成原因分析 | 第35-50页 |
| 2.2.1 数据 | 第35页 |
| 2.2.2 方法 | 第35-37页 |
| 2.2.3 结果 | 第37-45页 |
| 2.2.4 讨论 | 第45-50页 |
| 2.3 小鲵科线粒体基因组中密码子与反密码子的关系 | 第50-56页 |
| 2.3.1 数据与方法 | 第50页 |
| 2.3.2 结果 | 第50-54页 |
| 2.3.3 讨论 | 第54-56页 |
| 第3章 密码子的使用在构建系统发育关系中的应用 | 第56-62页 |
| 3.1 数据与方法 | 第56页 |
| 3.1.1 基于密码子偏好性的聚类分析 | 第56页 |
| 3.1.2 基于CDS构建系统发育 | 第56页 |
| 3.2 结果 | 第56-61页 |
| 3.2.1 基于密码子偏好性的聚类分析 | 第56-57页 |
| 3.2.2 基于CDS构建系统发育 | 第57-61页 |
| 3.3 讨论 | 第61-62页 |
| 第4章 总结 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第74页 |
