| 摘要 | 第1-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-25页 |
| 1. 柴胡概述 | 第8-11页 |
| ·柴胡的地理分布及生态环境 | 第8页 |
| ·化学成分 | 第8-9页 |
| ·皂苷类 | 第8页 |
| ·挥发油类 | 第8-9页 |
| ·黄酮类 | 第9页 |
| ·多糖类 | 第9页 |
| ·其他 | 第9页 |
| ·药理作用 | 第9-10页 |
| ·抗病毒、抗炎作用 | 第9页 |
| ·解热作用 | 第9页 |
| ·保肝作用 | 第9页 |
| ·抗肿瘤作用 | 第9-10页 |
| ·柴胡皂苷类成分的生物合成途径 | 第10-11页 |
| 2. 高通量测序技术研究进展 | 第11-21页 |
| ·第一代测序技术 | 第11-12页 |
| ·化学降解法 | 第11页 |
| ·DNA链末端合成终止法 | 第11-12页 |
| ·第二代测序技术 | 第12-15页 |
| ·454测序技术 | 第12-13页 |
| ·SOLiD测序技术 | 第13-14页 |
| ·Solexa测序法 | 第14-15页 |
| ·第三代测序技术 | 第15-20页 |
| ·并行单分子合成测序技术 | 第16页 |
| ·单分子即时合成测序技术 | 第16-17页 |
| ·纳米孔单分子技术 | 第17页 |
| ·基于FRET的测序技术 | 第17页 |
| ·半导体测序技术 | 第17-20页 |
| ·高通量测序技术的应用 | 第20-21页 |
| ·全基因组从头测序 | 第20页 |
| ·全基因组的重测序 | 第20页 |
| ·小RNAs测序 | 第20页 |
| ·降解组测序 | 第20页 |
| ·染色质免疫共沉淀测序 | 第20页 |
| ·基因组DNA甲基化分析 | 第20页 |
| ·转录组测序 | 第20-21页 |
| 3. 转录组测序 | 第21-23页 |
| ·转录组概念 | 第21页 |
| ·转录组研究方法 | 第21-23页 |
| ·基因芯片技术(DNA microarray) | 第21页 |
| ·表达序列标签技术(Express Sequence Tags,EST) | 第21页 |
| ·基因表达系列的分析技术(Serial analysis of gene expression,SAGE) | 第21页 |
| ·大规模平行的测序技术(Massively parallel signature sequencing,MPSS) | 第21页 |
| ·RNA测序技术(RNA sequencing,RNA-Seq) | 第21-23页 |
| ·RNA-Seq原理及基本步骤 | 第21-22页 |
| ·RNA-Seq技术优势 | 第22-23页 |
| 4. 研究目的和意义 | 第23-24页 |
| 5. 拟进行的技术路线 | 第24-25页 |
| 第二章 试验材料与方法 | 第25-29页 |
| 1. 试验材料 | 第25页 |
| ·试验材料 | 第25页 |
| ·主要试验试剂及试验仪器 | 第25页 |
| 2. 试验方法 | 第25-26页 |
| ·柴胡总RNA提取方法 | 第25-26页 |
| ·总RNA样品检测 | 第26页 |
| ·cDNA文库的制备 | 第26页 |
| 3. 柴胡转录组数据处理 | 第26页 |
| ·数据过滤 | 第26页 |
| ·序列拼接 | 第26页 |
| 4. 柴胡转录组数据分析 | 第26-29页 |
| ·BLAST比对 | 第26-27页 |
| ·Unigene的蛋白功能注释 | 第27页 |
| ·Unigene的COG分类 | 第27页 |
| ·Unigene的GO分类 | 第27页 |
| ·Unigene代谢通路分析 | 第27-28页 |
| ·ORF预测 | 第28页 |
| ·SSR位点查找分析 | 第28页 |
| ·编码蛋白框(CDS)预测 | 第28页 |
| ·基因表达丰度分析 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-52页 |
| 1. RNA提取质量检测 | 第29页 |
| 2. 测序数据统计与评估 | 第29-32页 |
| ·质量值的分布检查 | 第29-30页 |
| ·碱基分布检查 | 第30-32页 |
| 3. 数据组装 | 第32-35页 |
| 4. 基因功能注释 | 第35-52页 |
| ·Unigene的蛋白功能注释 | 第36-37页 |
| ·Unigene的COG分类 | 第37-38页 |
| ·Unigene的GO分类 | 第38-41页 |
| ·Unigene的KEGG注释 | 第41-45页 |
| ·ORF预测 | 第45-46页 |
| ·SSR分析 | 第46-47页 |
| ·编码蛋白框(CDS)预测 | 第47-48页 |
| ·基因表达分析 | 第48-52页 |
| ·插入片段分布 | 第48-49页 |
| ·测序饱和度分析 | 第49-50页 |
| ·测序随机性统计分析 | 第50-51页 |
| ·基因表达量分析 | 第51-52页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第52-54页 |
| 1. 讨论 | 第52-53页 |
| 2. 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-59页 |
| Abstract | 第59-61页 |
| 附录A | 第61-62页 |
| 附录B | 第62-63页 |
| 研究生期间发表论文 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
