| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| ·研究背景及意义 | 第11-12页 |
| ·肿瘤异质性的形成原因及特征 | 第12-15页 |
| ·拷贝数变异 | 第15-16页 |
| ·基因测序平台和现有研究方法 | 第16-18页 |
| ·本文的研究内容 | 第18-21页 |
| 第二章 SNP arrays和NGS基因信号 | 第21-27页 |
| ·SNP及SNP arrays技术 | 第21-22页 |
| ·LRR与BAF | 第22-25页 |
| ·NGS技术及信号 | 第25-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第三章 基于SNP arrays数据的肿瘤异质性及拷贝数变异检测 | 第27-43页 |
| ·HMM简介 | 第27-28页 |
| ·CHASE模型的设计及实现 | 第28-35页 |
| ·基因信号建模 | 第28-29页 |
| ·异质性肿瘤样品的HMM | 第29-31页 |
| ·SNP arrays信号的参数估计算法 | 第31-35页 |
| ·模拟数据的产生 | 第35页 |
| ·模拟数据的检测结果 | 第35-40页 |
| ·正常细胞、肿瘤亚克隆细胞比例及平均拷贝数的估计 | 第36-37页 |
| ·对肿瘤细胞拷贝数变异的检测 | 第37-39页 |
| ·一致性分析 | 第39-40页 |
| ·真实乳腺癌数据分析 | 第40-42页 |
| ·BLC_B1_T45乳腺癌数据 | 第40-41页 |
| ·CRL-2324乳腺癌数据分析 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第四章 基于成对NGS数据的肿瘤亚克隆比例及基因变异检测 | 第43-53页 |
| ·介绍 | 第43-44页 |
| ·SAPHH方法流程 | 第44-47页 |
| ·CBS 分段 | 第44-45页 |
| ·确定LRR基线 | 第45页 |
| ·高可信度基因片段的检测 | 第45-47页 |
| ·全基因组信号分析及模型选择 | 第47页 |
| ·模拟数据的产生 | 第47-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-50页 |
| ·肿瘤亚克隆变异基因型的检测结果 | 第48-49页 |
| ·估计肿瘤亚克隆基因变异和比例的性能 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-53页 |
| 第五章 总结与展望 | 第53-57页 |
| ·工作总结 | 第53-54页 |
| ·未来工作展望 | 第54-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第63页 |