| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第11-23页 |
| ·关联分析 | 第11-16页 |
| ·连锁不平衡及关联分析的概念 | 第11-12页 |
| ·连锁不平衡的计算 | 第12页 |
| ·关联分析的优势 | 第12-13页 |
| ·关联分析的策略及统计方法 | 第13页 |
| ·关联分析的影响因素 | 第13-14页 |
| ·关联分析在植物上的应用 | 第14-16页 |
| ·关联分析在棉花上的应用 | 第16页 |
| ·密码子偏爱性 | 第16-22页 |
| ·密码子的使用模式 | 第17-18页 |
| ·研究密码子偏爱性的价值 | 第18页 |
| ·导致同义密码子偏爱性使用的原因 | 第18-20页 |
| ·衡量同义密码子使用偏爱性的指标 | 第20-22页 |
| ·本研究的目的意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-32页 |
| ·植物材料 | 第23-25页 |
| ·田间种植 | 第25页 |
| ·数据的调查 | 第25-26页 |
| ·产量及农艺相关性状的考察 | 第25页 |
| ·纤维品质的测定 | 第25-26页 |
| ·种子脂肪和蛋白含量的测定 | 第26页 |
| ·DNA 的提取 | 第26-27页 |
| ·SSR 扩增及扩增产物检测 | 第27-30页 |
| ·SSR 引物的选用 | 第27-28页 |
| ·SSR 反应体系及扩增程序 | 第28-29页 |
| ·电泳 | 第29-30页 |
| ·洗胶 | 第30页 |
| ·数据统计及分析 | 第30-32页 |
| ·关联分析分子标记数据的统计与分析方法 | 第30-31页 |
| ·密码子偏爱性数据的统计及分析方法 | 第31-32页 |
| 3 结果分析 | 第32-55页 |
| ·关联分析 | 第32-48页 |
| ·产量、纤维品质等性状的表型数据分析 | 第32-34页 |
| ·产量、品质等性状的相关分析 | 第34-37页 |
| ·遗传多样性及聚类分析 | 第37-38页 |
| ·群体结构分析 | 第38-40页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第40-41页 |
| ·性状和标记的关联分析 | 第41-44页 |
| ·优异等位变异的发掘 | 第44-48页 |
| ·15 个棉种密码子的偏爱性分析 | 第48-55页 |
| ·棉种密码子碱基组成及 PR2-plot 分析 | 第48-49页 |
| ·ENC 与 GC3s 描绘散点图(ENC-plot)分析 | 第49-52页 |
| ·蛋白编码基因密码子 RSCU 值及最优密码子分析 | 第52-54页 |
| ·基于密码子 RSCU 值的聚类分析 | 第54-55页 |
| 4 讨论 | 第55-62页 |
| ·群体结构与关联分析 | 第55-56页 |
| ·陆地棉中 SSR 位点间的连锁不平衡 | 第56-57页 |
| ·陆地棉表型性状与分子标记的关联分析 | 第57-58页 |
| ·优异关联位点及优异等位变异 | 第58-59页 |
| ·15 棉种 A、D 基因组密码子偏爱性讨论 | 第59-62页 |
| 5 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第70页 |