| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-20页 |
| ·引言 | 第11-13页 |
| ·本文研究动机 | 第13-16页 |
| ·本文的研究思路 | 第16-18页 |
| ·本文的主要贡献 | 第18-19页 |
| ·本文的组织结构 | 第19-20页 |
| 第二章 蛋白质序列同源聚类及结构预测 | 第20-49页 |
| ·蛋白质结构 | 第20-30页 |
| ·蛋白质的构成 | 第20-22页 |
| ·蛋白质的层次结构 | 第22-27页 |
| ·蛋白质的分类 | 第27-30页 |
| ·蛋白质序列同源聚类 | 第30-37页 |
| ·基于序列比对的同源聚类 | 第30-34页 |
| ·基于profile的同源聚类 | 第34-35页 |
| ·基于隐马尔科夫模型的同源聚类 | 第35-36页 |
| ·基于机器学习的同源聚类 | 第36-37页 |
| ·蛋白质三维结构预测 | 第37-48页 |
| ·测定蛋白质三维结构的实验手段 | 第37-38页 |
| ·决定蛋白质三维结构的关键因素 | 第38-39页 |
| ·蛋白质三维结构预测方法 | 第39-43页 |
| ·同源建模预测算法 | 第43-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第三章 基于结构域相似性的蛋白质序列同源聚类算法 | 第49-62页 |
| ·蛋白质序列聚类问题定义 | 第49-52页 |
| ·多结构域蛋白质 | 第50-51页 |
| ·直系同源和旁系同源进化关系 | 第51-52页 |
| ·基于结构域相似性的蛋白质同源聚类算法 | 第52-58页 |
| ·已有的直系同源聚类算法 | 第53-55页 |
| ·基于结构域相似性的蛋白质直系同源聚类算法 | 第55-58页 |
| ·实验结果 | 第58-60页 |
| ·聚类验证 | 第58-59页 |
| ·实验结果分析 | 第59-60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 第四章 基于结构域聚类的蛋白质模板数据库 | 第62-78页 |
| ·常见的结构域数据库 | 第63-65页 |
| ·Swiss-Port数据库 | 第63-64页 |
| ·PIR数据库 | 第64页 |
| ·Pfam数据库 | 第64页 |
| ·InterPor数据库 | 第64-65页 |
| ·PDB数据库 | 第65页 |
| ·结构域聚类模板数据库的构建 | 第65-69页 |
| ·结构域聚类模板数据库的构建方法 | 第66-67页 |
| ·结构域聚类模板数据库的内容及格式 | 第67-68页 |
| ·结构域聚类数据库的统计分析 | 第68-69页 |
| ·基于结构固定的目标-模板序列比对算法 | 第69-76页 |
| ·结构域聚类模板库中的多结构比对 | 第69页 |
| ·基于结构固定的目标-模板序列比对算法 | 第69-71页 |
| ·基于结构固定的目标-模板序列比对算法的性能分析 | 第71-73页 |
| ·基于结构固定的目标-模板序列比对算法对结构预测的影响 | 第73-76页 |
| ·小结 | 第76-78页 |
| 第五章 蛋白质结构域模板的融合 | 第78-90页 |
| ·结构域聚类核心结构的提取 | 第78-83页 |
| ·核心结构问题的描述 | 第78-80页 |
| ·核心结构的提取 | 第80-81页 |
| ·核心结构的分析 | 第81-83页 |
| ·结构域模板的融合方法 | 第83-86页 |
| ·结构域搜索 | 第84-86页 |
| ·结构域空间结构的预测 | 第86页 |
| ·中间结果的融合优化 | 第86页 |
| ·实验分析 | 第86-89页 |
| ·小结 | 第89-90页 |
| 第六章 结束语 | 第90-92页 |
| ·本文工作总结 | 第90-91页 |
| ·未来工作展望 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 攻读博士学位期间的论文 | 第101页 |