| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-32页 |
| ·水产养殖及其病害 | 第14页 |
| ·爱德华氏菌 | 第14-17页 |
| ·迟钝爱德华氏菌 | 第15页 |
| ·鲶鱼爱德华氏菌 | 第15-17页 |
| ·爱德华氏菌属分型 | 第17-20页 |
| ·Edwardsiella毒力基因及环境适应相关基因 | 第20-24页 |
| ·分泌系统 | 第20-22页 |
| ·双组分系统 | 第22-23页 |
| ·群体感应系统 | 第23页 |
| ·环境适应相关及其他毒力相关基因 | 第23-24页 |
| ·微生物基因组学及转录组学 | 第24-30页 |
| ·微生物基因组学 | 第25-27页 |
| ·微生物比较基因组学 | 第27-29页 |
| ·微生物转录组学 | 第29-30页 |
| ·本研究主要内容及意义 | 第30-32页 |
| 第2章 迟钝爱德华氏菌基因组分型和聚类分析 | 第32-48页 |
| ·前言 | 第32页 |
| ·实验材料 | 第32-35页 |
| ·实验菌株 | 第32页 |
| ·引物 | 第32-34页 |
| ·培养基和检测试剂 | 第34-35页 |
| ·分析软件 | 第35页 |
| ·实验方法 | 第35-39页 |
| ·E.tarda及E.ictaluri单克隆选取 | 第35页 |
| ·E.tarda及E.ictaluri菌株鉴定 | 第35-36页 |
| ·E.tarda及E.ictaluri基因组提取 | 第36页 |
| ·MLST PCR引物设计及PCR反应条件 | 第36页 |
| ·PFGE实验 | 第36-37页 |
| ·原始测序数据处理 | 第37页 |
| ·基因进化树构建 | 第37-38页 |
| ·dn/ds突变比例计算 | 第38页 |
| ·MLST亲缘关系及碱基多态性分析 | 第38页 |
| ·分辨力计算 | 第38-39页 |
| ·基因登录号 | 第39页 |
| ·实验结果 | 第39-46页 |
| ·Edwardsiella典型菌株API 20E鉴定结果 | 第39页 |
| ·E.tarda保守基因环境压力选择突变检验 | 第39-40页 |
| ·E.tarda MLST分型 | 第40页 |
| ·我国E.tarda菌群分型 | 第40-43页 |
| ·E.tarda PFGE分型 | 第43-44页 |
| ·E.tarda菌株系统发生树构建 | 第44-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第3章 Edwardsiella tarda EIB202全基因组测序 | 第48-74页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·实验材料 | 第48-50页 |
| ·菌种培养及菌种保藏 | 第48页 |
| ·基因组拼接引物 | 第48页 |
| ·培养基、试剂和仪器设备 | 第48-49页 |
| ·生物信息分析软件及主要数据库 | 第49-50页 |
| ·实验方法 | 第50-55页 |
| ·生长曲线测定 | 第50页 |
| ·用于透射负染色电镜观察的鞭毛样品制备 | 第50页 |
| ·基因组DNA提取及质量验证 | 第50页 |
| ·E.tarda EIB202基因组DNA建库及高通量测序 | 第50-51页 |
| ·Contig间关系确定及Contig引物设计 | 第51页 |
| ·Gap Closing相关PCR方法 | 第51-52页 |
| ·大片段DNA建库及测序 | 第52页 |
| ·基因组拼接及后续生物信息处理 | 第52-54页 |
| ·基因登录号 | 第54-55页 |
| ·实验结果 | 第55-71页 |
| ·基冈组抽提质量验证 | 第55页 |
| ·基冈组拼接 | 第55-57页 |
| ·基因组拼接验证 | 第57-58页 |
| ·基冈组概述 | 第58-61页 |
| ·种属进化关系 | 第61-62页 |
| ·基础代谢通路及分泌系统 | 第62-65页 |
| ·环境适应相关基因 | 第65-67页 |
| ·毒力相关基因 | 第67-70页 |
| ·比较基因组学初步分析 | 第70-71页 |
| ·讨论 | 第71-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第4章 E.tarda EIB202转录谱初步分析 | 第74-83页 |
| ·前言 | 第74页 |
| ·实验材料 | 第74-75页 |
| ·菌种培养及菌种保藏 | 第74页 |
| ·培养基、试剂和仪器设备 | 第74页 |
| ·生物信息分析软件及主要数据库 | 第74-75页 |
| ·实验方法 | 第75-77页 |
| ·RNA提取及质量验证 | 第75页 |
| ·RNA建库及高通量测序 | 第75页 |
| ·链特异性RNA测序分析 | 第75-76页 |
| ·登录号 | 第76-77页 |
| ·实验结果 | 第77-79页 |
| ·链特异性RNA测序 | 第77页 |
| ·操纵子及非翻译区预测 | 第77-78页 |
| ·转录谱差异分析 | 第78-79页 |
| ·讨论 | 第79-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 第5章 Ewdardsiella基因组重测序及比较基因组学研究 | 第83-119页 |
| ·前言 | 第83页 |
| ·实验材料 | 第83-86页 |
| ·菌株和培养基 | 第83-85页 |
| ·基因组拼接引物 | 第85-86页 |
| ·培养基、试剂和仪器设备 | 第86页 |
| ·生物信息分析软件及主要数据库 | 第86页 |
| ·实验方法 | 第86-93页 |
| ·E.tarda EIB202突变株构建 | 第86-87页 |
| ·Edwardsiella菌株毒力测定 | 第87页 |
| ·体内竞争实验 | 第87页 |
| ·胞外蛋白SDS PAGE实验 | 第87页 |
| ·基因组抽取及高通量测序 | 第87-88页 |
| ·MLSA PCR | 第88页 |
| ·Illumina Solexa模拟序列生成 | 第88页 |
| ·基因草图组装 | 第88-89页 |
| ·基因组草图编码区预测 | 第89页 |
| ·基因组草图注释及同源基因比对 | 第89页 |
| ·SNV筛选 | 第89-90页 |
| ·Edwardsiella菌株亲缘关系及进化分析 | 第90-91页 |
| ·Edwardsiella菌株分子进化分析 | 第91-92页 |
| ·统计分析 | 第92-93页 |
| ·序列登录号 | 第93页 |
| ·实验结果 | 第93-115页 |
| ·Edwardsiella重测序菌株概述及毒力鉴定 | 第93-95页 |
| ·基因组草图序列可靠性验证 | 第95-96页 |
| ·Edwardsiella菌株基因组基本信息 | 第96-97页 |
| ·Edwardsiella菌株比较基因组 | 第97-100页 |
| ·基因岛和水平转移序列分析 | 第100-101页 |
| ·Edwardsiella菌株进化分析 | 第101-105页 |
| ·功能基因比较分析 | 第105-108页 |
| ·Edwardsiella分子进化分析 | 第108-113页 |
| ·分子进化分析结果实验验证 | 第113-115页 |
| ·讨论 | 第115-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 第6章 结论和创新点 | 第119-122页 |
| ·主要结论 | 第119-120页 |
| ·论文创新点 | 第120页 |
| ·展望 | 第120-122页 |
| 缩略语 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-133页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
