| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 文献综述 | 第8-12页 |
| ·细菌性软腐病菌及其它植物致病菌基因组研究现状 | 第8-9页 |
| ·通过代谢网络重构来寻找和验证药物作用靶标的研究现状 | 第9-10页 |
| ·国内外农药研发的现状、研究趋势及存在问题 | 第10-11页 |
| ·本课题的研究意义 | 第11-12页 |
| 2 胡萝卜软腐欧文氏菌代谢网络的重构 | 第12-18页 |
| ·引言 | 第12-14页 |
| ·材料与方法 | 第14-16页 |
| ·基于全基因组尺度的代谢网络重构过程 | 第14页 |
| ·代谢网络构建技术 | 第14页 |
| ·代谢网络的初步构建 | 第14-15页 |
| ·反应方向的修正 | 第15页 |
| ·通用代谢物的剔除 | 第15页 |
| ·网络的可视化 | 第15-16页 |
| ·结果与分析 | 第16-18页 |
| ·小世界效应 | 第17-18页 |
| ·无标度网络 | 第18页 |
| 3 胡萝卜软腐欧文氏菌靶标的筛选 | 第18-21页 |
| ·引言 | 第18-19页 |
| ·材料与方法 | 第19-20页 |
| ·用Cytoscape筛选代谢网络中重要的节点 | 第19-20页 |
| ·与TTD靶标数据库的同源比对 | 第20页 |
| ·流平衡分析 | 第20页 |
| ·结果与分析 | 第20-21页 |
| 4 靶标Upps三维结构的同源模建 | 第21-26页 |
| ·引言 | 第21-22页 |
| ·材料与方法 | 第22-23页 |
| ·同源模建的软件平台 | 第22-23页 |
| ·靶标Upps三维结构的同源模建过程 | 第23页 |
| ·结果与分析 | 第23-26页 |
| 5 虚拟筛选 | 第26-30页 |
| ·引言 | 第26页 |
| ·材料与方法 | 第26-30页 |
| ·虚拟筛选的硬件平台 | 第27页 |
| ·虚拟筛选的软件平台和筛选流程 | 第27-28页 |
| ·小分子数据库的准备 | 第28页 |
| ·用DOCK进行初筛 | 第28-29页 |
| ·用AutoDock进行精筛 | 第29页 |
| ·目筛 | 第29-30页 |
| ·虚拟筛选的结果 | 第30页 |
| 6 全文总结 | 第30-32页 |
| 参考文献 | 第32-38页 |
| 附录 | 第38-44页 |
| 致谢 | 第44-45页 |
| 作者简介 | 第45页 |