超敏反应数据库的构建及数据分析
| 第一章 引言 | 第1-18页 |
| 1．1 超敏反应概述 | 第10页 |
| 1．2 病原菌诱导植物发生超敏反应的机理 | 第10-11页 |
| 1．3 生物信息学的应用 | 第11-14页 |
| 1．3．1 生物信息学概述 | 第12页 |
| 1．3．2 生物信息学研究的主要内容 | 第12-14页 |
| 1．4 诱导超敏反应相关基因的研究进展 | 第14-16页 |
| 1．4．1 病原菌中诱导超敏反应发生相关的基因 | 第14-15页 |
| 1．4．2 超敏反应相关基因的表达调控 | 第15-16页 |
| 1．5 目前需要解决的问题 | 第16-18页 |
| 1．5．1 数据库的构建 | 第16页 |
| 1．5．2 诱导超敏反应相关基因的来源问题 | 第16-17页 |
| 1．5．3 植物病原菌基因的表达水平 | 第17页 |
| 1．5．4 潜在药物靶标的可行性 | 第17-18页 |
| 第二章 超敏反应数据库的构建 | 第18-30页 |
| 2．1 美国国立生物技术信息中心 | 第19页 |
| 2．2 数据搜索与去除冗余 | 第19-20页 |
| 2．3 构建数据库所用到的计算机技术 | 第20-24页 |
| 2．3．1 数据库运作模式的选择 | 第20-21页 |
| 2．3．2 数据库构建及运行所用的计算机软件 | 第21-23页 |
| 2．3．3 HTML(超文本标注语言) | 第23-24页 |
| 2．4 数据库中主要的植物病原菌 | 第24-26页 |
| 2．4．1 欧文氏菌属(Erwinia) | 第24-25页 |
| 2．4．2 假单包菌属(Pseudomonas) | 第25页 |
| 2．4．3 黄单包菌属(Xanthomonas) | 第25-26页 |
| 2．4．4 青枯病原菌属(Ralstonia) | 第26页 |
| 2．5 数据库的构建过程 | 第26页 |
| 2．6 WEB页面设计和 PHP连接数据库的实现 | 第26-27页 |
| 2．7 数据库对外服务 | 第27页 |
| 2．8 数据库的功能简介和更新维护 | 第27页 |
| 2．9 小结 | 第27-29页 |
| 附图 | 第29-30页 |
| 第三章 hrp毒力岛基因的水平转移特征分析 | 第30-42页 |
| 3．1 细菌的毒力岛 | 第30-31页 |
| 3．2 水平转移基因及其识别 | 第31页 |
| 3．3 材料与方法 | 第31-33页 |
| 3．3．1 材料选择 | 第31-32页 |
| 3．3．2 用 Z’曲线来表示 GC含量的变化 | 第32页 |
| 3．3．3 计算密码子及氨基酸的使用偏好 | 第32-33页 |
| 3．4 结果分析 | 第33-35页 |
| 3．4．1 胡萝卜软腐欧文氏菌 | 第34页 |
| 3．4．2 烟草青枯病原菌 | 第34-35页 |
| 3．4．3 十字花科黑腐病菌 | 第35页 |
| 3．4．4 地毯草黄单胞菌 | 第35页 |
| 3．5 小结 | 第35-37页 |
| 附表 | 第37-38页 |
| 附图 | 第38-42页 |
| 第四章 病原菌基因组表达水平分析 | 第42-52页 |
| 4．1 材料选择 | 第42页 |
| 4．2 研究方法简述 | 第42-44页 |
| 4．2．1 基因群之间密码子使用差异的计算 | 第43页 |
| 4．2．2 基因表达的度量指标 | 第43-44页 |
| 4．2．3 高表达基因和外源基因的限定 | 第44页 |
| 4．3 结果分析 | 第44-47页 |
| 4．3．1 hrp基因的表达水平分析 | 第44页 |
| 4．3．2 鞭毛蛋白编码的表达 | 第44-45页 |
| 4．3．3 预测高丰度表达的基因的统计 | 第45-47页 |
| 4．4 讨论 | 第47-48页 |
| 附表 | 第48-52页 |
| 第五章 潜在的药物靶标及可行性讨论 | 第52-57页 |
| 5．1 创新药物靶标概述 | 第52-53页 |
| 5．2 潜在药物靶标寻找的思路 | 第53-54页 |
| 5．2．1 毒力基因 | 第53页 |
| 5．2．2 功能必需基因 | 第53页 |
| 5．2．3 功能未知的基因 | 第53页 |
| 5．2．4 跨膜运输蛋白 | 第53-54页 |
| 5．3 潜在药物靶标的分析 | 第54-57页 |
| 5．3．1 抑制病原菌的生命活动及侵染 | 第54-55页 |
| 5．3．2 增强植物的抗病能力 | 第55-57页 |
| 第六章 总结 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 发表论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
