| 0 前言 | 第1-13页 |
| 1 分子生物学知识概论 | 第13-17页 |
| ·DNA，RNA和蛋白 | 第13-14页 |
| ·中心定理与遗传密码 | 第14-17页 |
| 2 RNA二级结构及子结构的计数 | 第17-41页 |
| ·基本概念和引理 | 第18-22页 |
| ·RNA二级结构和子结构的定义 | 第18-20页 |
| ·基本引理 | 第20-22页 |
| ·限制端环基数的RNA二级结构及子结构的计数 | 第22-29页 |
| ·递推关系 | 第23-27页 |
| ·渐近值 | 第27-29页 |
| ·一般情形 | 第29-35页 |
| ·递推关系 | 第29-32页 |
| ·渐近计数 | 第32-35页 |
| ·发夹环和三叶草结构的计数 | 第35-41页 |
| ·发夹环 | 第35-38页 |
| ·三叶草结构的计数 | 第38-41页 |
| 3 RNA二级结构的最小自由能计算 | 第41-49页 |
| ·不带假结的RNA二级结构的最小自由能 | 第41-44页 |
| ·带假结的二级结构的最小自由能计算 | 第44-49页 |
| 4 序列比对 | 第49-59页 |
| ·mRNA序列与蛋白序列的对比 | 第50-55页 |
| ·LCS问题 | 第55-59页 |
| ·最长公共子序列(Longest common subsequence) | 第55-56页 |
| ·最大公共子结构(Largest Common substructure) | 第56-59页 |
| 5 生物序列的相似性分析 | 第59-103页 |
| ·特征序列表示法 | 第60-73页 |
| ·蛋白序列的特征表示 | 第60-69页 |
| ·DNA序列的特征表示 | 第69-73页 |
| ·3D图形表示 | 第73-86页 |
| ·表示方法一 | 第73-82页 |
| ·表示方法二 | 第82-86页 |
| ·2D图形表示 | 第86-89页 |
| ·4D表示 | 第89-95页 |
| ·三联体的6D表示法 | 第95-101页 |
| ·小结 | 第101-103页 |
| 6 RNA二级结构的相似性分析 | 第103-125页 |
| ·3D图形表示法 | 第105-110页 |
| ·4D表示法 | 第110-117页 |
| ·7D表示 | 第117-125页 |
| 7 参考文献 | 第125-135页 |